help/html/calculations/quality.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>Alignment Quality Annotation</title></head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Alignment Quality Annotation</strong></p>
  25 <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
  26 quantitative alignment
  27 annotations displayed below the columns of a multiple sequence
  28 alignment (and can be used to shade the alignment). It is an ad-hoc
  29 measure of the likelihood of observing the mutations (if any) in a
  30 particular column of the alignment.</p>
  31 <p>
  32 More precisely, the quality score is inversely proportional to the
  33 average cost of all pairs of mutations observed in a particular column
  34 of the alignment - a high alignment quality score for a column would
  35 suggest that there are no mutations, or most mutations observed are
  36 favourable.
  37 </p>
  38
  39 <p><em>The Algorithm</em><br>
  40 The quality score is calculated for each column in an alignment by
  41 summing, for all mutations, the ratio of the two BLOSUM 62 scores for
  42 a mutation pair and each residue's conserved BLOSUM62 score (which
  43 is higher). This value is normalised for each column, and then plotted
  44 on a scale from 0 to 1.
  45 </p>
  46 <p>
  47 Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substition matrices
  48 should, in theory, maximise alignment quality for an un-gapped
  49 alignment, and locally maximise quality for gapped alignments.
  50 </p>
  51 </body>
  52 </html>