help/html/colourSchemes/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>Colouring by Conservation</title></head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Colouring by Conservation</strong></p>
  25 <p>This is an approach to alignment colouring which highlights
  26   regions of an alignment where physicochemical properties are
  27   conserved. It is based on the one used in
  28   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis (Livingstone
  29   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  30   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9
  31   No. 6 (745-756)). See the <a href="../calculations/conservation.html">conservation calculation</a> help page for
  32   a more thorough explanation of the calculation.
  33 </p>
  34 <p>For an already coloured alignment, the conservation index at each
  35   alignment position is used to modify the shading intensity of the
  36   colour at that position. This means that the most conserved columns
  37   in each group have the most intense colours, and the least conserved
  38   are the palest. The slider controls the contrast between these
  39   extremes.</p>
  40 <p>Conservation can be calculated over all sequences in an alignment, or just
  41   within specific groups (such as those defined by
  42   <a href="../calculations/tree.html">phylogenetic tree partitioning</a>).
  43   The option 'apply to all groups' controls whether the contrast
  44   slider value will be applied to the indices for the currently
  45   selected group, or all groups defined over the alignment.</p>
  46 </body>
  47 </html>