help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  21  -->
  22 <head><title>RNA Helices Colouring</title></head>
  23
  24 <body>
  25 <p><strong> RNA Helices Colouring </strong></p>
  26 <p>An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured
  27    based on its helices.  The helices are determined from the
  28    secondary structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons)
  29    written in WUSS notation
  30    that specifies base pairing. See <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format">
  31    Wikipedia</a> or <a href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html">
  32    Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm files and WUSS notation.</p>
  33 Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;
  34   By RNA Helices&quot; to colour the alignment by RNA helices. <br>
  35   <br>
  36 <p><em>Features</em></p>
  37 <ul>
  38 <li>Colours are generated randomly for the number of helices present.
  39 Reselect the "By RNA Helices" option to generate another set of random colors. </li>
  40 <li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
  41 Purine/Pyrimidine colour scheme</a>. </li>
  42 <li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation panel is WUSS notation present
  43 in the input file.</li>
  44 </ul>
  45
  46
  47
  48   <div align="center">
  49   <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140"> </div>
  50
  51
  52 </body>
  53 </html>