help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <title>Jalview Command Line Arguments
   3 </title>
   4 <body>
   5  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
   6  Arguments</strong></p>
   7  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
   8  line</a> for more information.<br>
   9  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  10  <tr >
  11  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  12  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  13  </tr>
  14
  15  <tr>
  16  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  17  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  18  of users default.</div></td>
  19  </tr>
  20  <tr>
  21  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  22  <td><div align="left">
  23  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  24  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  25  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  26
  27  </div></td>
  28  </tr>
  29         <tr>
  30                 <td>
  31                 <div align="center">-annotations FILE</div>
  32                 </td>
  33                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  34                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  35                 description.</td>
  36         </tr>
  37         <tr>
  38                 <td>
  39                 <div align="center">-tree FILE</div>
  40                 <td>
  41                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  42                 the alignment</div>
  43                 </td>
  44         </tr>
  45         <tr>
  46                 <td>
  47                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  48                 <td>
  49                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  50                 any Jalview user questionnaires</div>
  51                 </td>
  52         </tr>
  53         <tr>
  54                 <td>
  55                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  56                 <td>
  57                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  58                 </td>
  59         </tr>
  60         <tr><td>
  61                 <div align="center">-nousagestats</div>
  62                 <td>
  63                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  64                 </td>
  65         </tr>
  66         <tr><td>
  67         <div align="center">-[no]sortbytree</div>
  68                 <td>
  69                 <div align="left">Enable or disable automatic sorting of associated view when a new tree is displayed</div>
  70                 </td>
  71         </tr>
  72         <tr>
  73                 <td>
  74                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
  75                 <td>
  76                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
  77                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
  78                 for all alignments<br>
  79                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
  80                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
  81                 </td>
  82         </tr>
  83         <tr>
  84                 <td>
  85                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
  86                 <td>
  87                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
  88                 and display them</div>
  89                 </td>
  90         </tr>
  91         <tr>
  92                 <td>
  93                 <div align="center">-groovy FILE</div>
  94                 <td>
  95                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
  96                 arguments have been processed</div>
  97                 </td>
  98         </tr>
  99         <tr>
 100         <td>
 101                 <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE or URL</div>
 102                 <td>
 103                 <div align="left">Import the given vamsas document into a new session.<br><em>New in 2.5</em></div>
 104                 </td>
 105         </tr>
 106         <tr>
 107                 <td>
 108                 <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
 109                 <td>
 110                 <div align="left">Join the given vamsas session<br>If a document was also specified, this will be imported first and then committed as new data from Jalview to the specified session (Experimental - not yet enabled!).<em>New in 2.5</em></div></div>
 111                 </td>
 112         </tr>
 113         <tr>
 114                 <td>
 115                 <div align="center">-groovy FILE</div>
 116                 <td>
 117                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
 118                 arguments have been processed</div>
 119                 </td>
 120         </tr>
 121         <tr>
 122                 <td>
 123                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 124                 </td>
 125
 126                 <td>
 127                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 128                 </td>
 129         </tr>
 130         <tr>
 131  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 132  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 133  </tr>
 134  <tr>
 135  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 136
 137  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 138  </tr>
 139  <tr>
 140  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 141  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 142  </tr>
 143  <tr>
 144  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 145
 146  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 147  </tr>
 148  <tr>
 149  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 150  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 151  </tr>
 152  <tr>
 153  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 154  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 155  </tr>
 156  <tr>
 157  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 158
 159  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 160  </tr>
 161  <tr>
 162  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 163  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 164  </tr>
 165  <tr>
 166  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 167
 168  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 169  image.</div></td>
 170  </tr>
 171  <tr>
 172  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 173  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 174  </tr>
 175  </table>
 176 </body>
 177 </html>