help/html/features/multipleViews.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Multiple Alignment Views</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Multiple Alignment Views</strong></p>
  27 <p>Multiple alignment views allow the same alignment to be viewed
  28 independently in many different ways simultaneously. Each view is an
  29 independent visualization of the same alignment, so each may have a
  30 different ordering, colouring, row and column hiding and sequence
  31 feature and annotation display setting, but alignment, feature and
  32 annotation edits are common to all, since this affects the underlying
  33 data.</p>
  34 <p>Create a new view using the <strong>&quot;View&#8594;New
  35 View&quot;</strong> menu item, or by pressing <strong>Control+T</strong>. A newly
  36 created view will be identical to the view it was created from, but any
  37 changes to the way the alignment is coloured or displayed will only
  38 affect the new view.</p>
  39 <!--  TODO sharing selections between views -->
  40 <p>A particular view may focus on some specific aspect of an
  41 alignment - for example, hiding all but the region of an alignment
  42 containing a particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's
  43 tab opens the View Name dialog box, allowing it to be renamed to
  44 something more meaningful.</p>
  45 <p><strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong></p>
  46 <p>Multiple views of an alignment are, by default, gathered together
  47 as tabs within a single alignment window. They can be viewed
  48 simultanously by pressing <strong>X</strong> (or via <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>)
  49 to expand each view into its own linked alignment window. Expanded views
  50 are gathered back into into a single tabbed alignment window by pressing
  51 <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>).
  52 </p>
  53 <p><strong>Hidden Sequence Representatives and Multiple
  54 Views</strong></p>
  55 <p>There are some unexpected interactions between hidden sequence
  56 representatives and their display in multiple views. See the
  57 corresponding entry in the <a href="hiddenRegions.html">documentation
  58 for hidden regions</a>.</p>
  59 <p><strong>Structure and Analysis Viewers and Multiple
  60 Views</strong></p>
  61 <p>A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
  62 default associated with just that view. However, the <a
  63         href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a> <strong>&quot;View&#8594;Associate
  64 leaves&quot;</strong> submenu allows a tree's view association to be changed to
  65 to any or all other views.</p>
  66 <p>The results of a <a href="../calculations/pca.html">PCA
  67 calculation</a> on a particular view may also be associated with other
  68 views, using the PCA Viewer's <strong>&quot;View&#8594;Associate
  69 Nodes&quot;</strong> submenu.</p>
  70 <p><a href="jmol.html">PDB Structure Viewers</a>
  71 opened on a structure associated with a sequence in a particular view are now (as of Jalview 2.3) associated with the same sequence in all views. This means that when 'Colour by Sequence' is selected in the structure view, the colour will be updated to the colours given in the view with the current input focus.
  72 <!--
  73  also, by default, only be associated
  74 with the sequence as it is displayed in that view. The
  75 &quot;View&#8594;Associate View&quot; submenu allows the association of
  76 alternative views.</p> -->
  77 <p><em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em></p>
  78 </body>
  79 </html>