help/html/features/seqmappings.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Mapping Between Different Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Mapping Between Different Sequences</strong></p>
  27 <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between sequences in different
  28   domains, based on alignment, or by the use of explicit mappings provided by
  29   databases. </p>
  30 <p>The most familiar mapping is the one used to identify
  31 the coordinates corresponding to a displayed sequence when
  32 viewing a PDB file associated with a sequence (see
  33 <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing PDB Files&quot;</a>
  34 for more information.</p>
  35 <p>The newest form of mapping supported by Jalview is the
  36 correspondence between DNA and protein sequences. This mapping
  37 can be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records
  38 retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>,
  39 and allows sequence features to be mapped directly from Uniprot
  40 das sources to their coding region on EMBL sequence records.
  41 </body>
  42 </html>