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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>PDB Viewing</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence
  27 via the <strong>"Structure&rarr;"</strong> submenu from a
  28 sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.</p>
  29 <p>The following menu entries are provided for viewing structure data<br>
  30   <ul>
  31     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View
  32         Structure&#8594;</strong> submenu allows a single PDB structure to be chosen
  33       for display from the available structures for a sequence.
  34     </li>
  35     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
  36         structures
  37     </strong> option will open a new window containing all structures associated
  38       with the current selection, superposed according to the currently selected region of the alignment.<br/><em>This
  39       capability was added in Jalview 2.7</em>
  40     </li>
  41     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
  42         representative structures
  43     </strong> option will open a new window containing exactly one structure per
  44       currently selected sequence.<br />
  45     <em>The View representative structures option was introduced in
  46         Jalview 2.8.1</em></li>
  47   </ul>
  48   <br>
  49 </p>
  50
  51 <p>If a single pdb
  52 structure is selected, one of the following will happen:</p>
  53
  54 <ul>
  55         <li>If no structures are open, then an interactive display of the
  56         structure will be opened in a new window</li>
  57
  58         <li>If another structure is already shown for the current
  59         alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  60                 href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
  61         the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>)</li>
  62
  63         <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
  64         to associate the sequence with an existing view of the selected
  65         structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
  66
  67         <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
  68         PDB viewer</a> help page for more information about the display.</li>
  69 </ul>
  70         <p><strong>Associating PDB files with Sequences</strong></p>
  71         <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
  72 ID and select "Structure<strong>&rarr;</strong> Associate Structure with
  73 Sequence", and one of the submenus:</p>
  74
  75 <ul>
  76         <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or
  77         network and associate it with the selected sequence. PDB files
  78         associated in this way will also be saved in the <a
  79                 href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>.<br>
  80         </li>
  81
  82         <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the
  83         EBI, to fetch the PDB file with the entered Id.<br>
  84         </li>
  85
  86         <li>Discover PDB Ids - Jalview uses the sequence's ID to query WSDBFetch, provided by the
  87         EBI, and any enabled DAS servers, to discover PDB ids associated with the sequence.</li>
  88 </ul>
  89
  90 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  91 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  92         href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with
  93 this service are automatically associated with their source database
  94 entry. For PDB sequences, simply select PDB as the database and enter
  95 your known PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
  96 Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file as
  97 you would an alignment file. The sequences of any peptide chains will be
  98 extracted from the file and viewed in the alignment window.</p>
  99
 100 <p>
 101 <strong>Associating a large number of PDB files to sequences
 102 in an alignment</strong><br /> It is often the case when working with
 103 structure alignments that you will have a directory of PDB files, and
 104 an alignment involving one or more of the structures. If you drag a
 105 number of PDB files onto an alignment in the Jalview desktop, Jalview
 106 will give you the option of associating PDB files with sequences that
 107 have the same filename. This means, for example, you can automatically
 108 associate PDB files with names like '1gaq.pdb' with sequences that
 109 have an ID like '1gaq'.
 110 <br/><em>Note: This feature was added in Jalview 2.7</em>
 111 </p>
 112 <p><em>Note for jalview applet users:<br>
 113 Due to the applet security constraints, PDB Files can currently only be
 114 imported by cut and paste of the PDB file text into the text box opened
 115 by the 'From File' entry of the structure menu.</em></p>
 116
 117 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 118 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
 119 with sequence features from a group named with the associated PDB
 120 accession number or file name. Each feature gives the corresponding PDB
 121 Residue Number for each mapped residue in the sequence. The display of
 122 these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 123 Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 124 Settings dialog box</a>.</p>
 125
 126 <p><em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 127 files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>
 128 Structures imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
 129 highlighted or coloured when they are displayed in structure views,
 130 especially if they contain more than one PDB structure. See the bug
 131 report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em></p>
 132 </body>
 133 </html>
 134