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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Modeller PIR Format IO</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Modeller PIR Format IO</strong></p>
  27 <p>The homology modelling program, <a
  28 href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a special form
  29 of the PIR format where information about sequence numbering and chain
  30 codes are written into the 'description' line between the PIR protein
  31 tag and the protein alignment entry:</p>
  32 <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  33 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  34 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  35 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  36 ---------------------*
  37 &gt;P1;PDB|1FER|_
  38 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  39 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  40 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  41 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  42 </pre>
  43 <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  44 Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  45 numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  46 information is always stored in the sequence description string - so
  47 no information is lost if this parsing process fails.</p>
  48 <p>The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a href="../features/preferences.html">Preferences dialog
  49 box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
  50 files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
  51 information in the description string of an alignment is appended to
  52 an automatically generated modeller description line for that
  53 sequence.</p>
  54 <p>The general format used for generating the Modeller/PIR sequence
  55 description line is shown below :
  56 <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  57 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  58   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  59   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em></pre>
  60 The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  61 presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  62 PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  63 already existed when the sequence was imported into Jalview.
  64 </body>
  65 </html>