help/html/menus/alwcolour.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
  23
  24 <body>
  25 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>
  26   <ul>
  27     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
  28       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour
  29       will be applied to all currently defined groups.<br>
  30       </em></li>
  31       <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
  32   Text ...</a></strong><em><br>
  33       Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for light and dark background, and the intensity threshold for transition between them.
  34       </em></li>
  35     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage
  36       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,
  37       Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>
  38       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
  39       a description of all colour schemes.</em><br>
  40     </li>
  41     <li><strong>By Conservation<br>
  42       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
  43       by Conservation</a>.</em><br>
  44     </li>
  45     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
  46       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
  47       Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option
  48       appears to be doing nothing!</em><br>
  49     </li>
  50     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
  51       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage
  52       Identity</a></em><strong>.<br>
  53       </strong></li>
  54     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
  55       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.
  56       Useful if the window has been closed.<br>
  57       </em></li>
  58     <li><strong>By Annotation</strong><br>
  59       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.
  60       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
  61     </li>
  62     <li><strong>By RNA Helices</strong><br>
  63                 <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file. See
  64                 <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA Helices
  65                 Colouring</a>.</em><br>
  66                 </li>
  67   </ul>
  68 </body>
  69 </html>