help/html/menus/alwselect.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><body>
  23 <p><strong>Alignment Window Select Menu</strong></p>
  24 <ul>
  25
  26   <li><a href="../features/search.html"><strong>Find... (Control F)</strong></a><br>
  27     <em>Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or residue
  28     position within the alignment and create new sequence features from the queries.
  29     </em>
  30   <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
  31     </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
  32     Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></em></li>
  33         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
  34         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
  35         alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
  36         will be deselected. </em><em> <br>
  37         Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
  38         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
  39         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
  40         current selection. </em></li>
  41         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
  42         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
  43         column selection. </em></li>
  44         <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong>
  45         <em>Create a group containing the currently selected sequences.</em></li>
  46   <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong>
  47   <em>Ungroup the currently selected sequence group. (Create/Remove group new in Jalview 2.8.1)</em></li>
  48         <li><strong>Make Groups for selection<br/></strong>
  49         <em>The currently selected groups of the alignment will be subdivided according to the contents of the currently selected region. <br/>Use this to subdivide an alignment based on the different combinations of residues observed at specific positions. (new in jalview 2.5)</em></li>
  50 <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
  51   </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
  52   <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
  53
  54 </ul>
  55 </body>
  56 </html>