help/html/menus/alwview.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
   8 <ul>
   9   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  10     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  11   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  12     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  13     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  14   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  15     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  16     on the current alignment window. </em></li>
  17   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
  18     All hidden Columns / Sequences will be revealed. </em></li>
  19   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
  20     Hides the currently selected Columns / Sequences</em></li>
  21   <li><strong>Show Annotations<br>
  22     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  23     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  24     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  25   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  26     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  27   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  28     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  29     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  30     from DAS annotation servers.</em></li>
  31   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  32     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  33     current alignment view and any named properties defined on the
  34     whole alignment.</em></li>
  35   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  36     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  37     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  38     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  39 </ul>
  40 <p>&nbsp;</p>
  41 </body>
  42 </html>