help/html/menus/desktopMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Desktop Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Desktop Menus</strong></p>
  28 <ul>
  29         <li><em> <strong>File</strong></em>
  30         <ul>
  31                 <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See more on <a
  32                         href="../io/index.html">file formats</a>) </em>
  33                 <ul>
  34                         <li><strong>File (Control O)</strong><br>
  35                         <em>open file(s) on your local file system</em></li>
  36                         <li><strong>URL</strong><br>
  37                         <em>open a file from a website. The URL MUST start with http://</em></li>
  38                         <li><strong>Textbox</strong><br>
  39                         <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>
  40                 </ul>
  41                 </li>
  42                 <li><strong>Fetch Sequence<br>
  43                 </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  44                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  45                 the European Bioinformatics Institute.</em></li>
  46                 <li><strong>Save Project</strong><br>
  47                 <em>Saves all currently open alignment windows with their current
  48                 view settings and any associated trees, as a <a
  49                         href="../features/jalarchive.html">Jalview Archive</a> (which has a
  50                 .jar extension).</em></li>
  51                 <li><strong>Load Project</strong><br>
  52                 <em>Loads Jalview archives <strong>only</strong>.</em></li>
  53                 <li><strong>Quit</strong><br>
  54         <em>Close Jalview. <br>
  55         <strong>Note - any annotation you have made on alignments will be lost
  56         unless you Save your work before quitting.</strong></em><br>
  57       </li>
  58         </ul>
  59         </li>
  60         <li><strong>Tools</strong>
  61         <ul>
  62                 <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>
  63                 </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new alignment
  64                 windows.</em></li>
  65                 <li><strong>Show Memory Usage<br></strong>
  66                 <em>When ticked, the currently available memory will be displayed in the
  67                 bottom right of the desktop background area.<br>
  68                 See the <a href="../memory.html">help on jalview memory settings</a> for more information.</em></li>
  69                 <li><strong>Collect Garbage<br></strong>
  70                 <em>Selecting this will initiate the Java Virtual Machine garbage collector, which might help free up some memory... perhaps.
  71                 </em></li>
  72                 <li><strong>Java Console<br/></strong>
  73                 <em>Toggles the display of a the Jalview Java Console window. This setting will be remembered in your user preferences.</em></li>
  74                 <li><strong>Jalview News<br/></strong>
  75                 <em>Opens the <a href="../webServices/newsreader.html">Jalview News</a> dialog box. </em></li>
  76                 <li><strong>Groovy Console...<em> (only available if groovy is on the classpath)</em><br></strong>
  77                 <em>Open's the <a href="../groovy.html">Groovy Console</a> for interactive scripting.</em><strong><br></strong></li>
  78
  79         </ul>
  80         </li>
  81         <li><strong>Vamsas</strong>
  82         <em>For more details, read the <a href="../vamsas/index.html">Jalview VAMSAS documentation</a>.<br/>
  83         When no session is active, the menu provides options for initiating a new VAMSAS session:</em>
  84         <ul>
  85         <li><strong>Connect to<br/></strong>
  86         <em>Connect to one of the existing sessions available.</em></li>
  87         <li><strong>New VAMSAS session<br/></strong>
  88         <em>Initiates a new local VAMSAS session.</em></li>
  89         <li><strong>Load VAMSAS session...<br/></strong>
  90         <em>Opens a file browser allowing you to choose a VAMSAS document to import into a new local session.</em></li>
  91         </ul>
  92         <em>When Jalview is joined to a VAMSAS session, the menu contains the following:</em>
  93         <ul>
  94         <li><strong>Session Update<br/></strong>
  95         <em>Sends alignment data in the Jalview desktop to the VAMSAS session.</em></li>
  96         <li><strong>Save VAMSAS Session...<br/></strong>
  97         <em>Saves the current session to a VAMSAS document archive.</em></li>
  98         <li><strong>Stop VAMSAS Session<br/></strong>
  99         <em>Disconnects from the current session. You may be asked if you want to save the current session's data if no other VAMSAS clients are connected.</em></li>
 100         </ul>
 101         </li>
 102         <li><strong>Help </strong>
 103         <ul>
 104                 <li><strong>About<br>
 105                 </strong><em>Displays the version and creation date of the application, as
 106                 well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>
 107                 <li><strong>Documentation<br>
 108                 </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages
 109                 with a table of contents. </em><strong><br>
 110                 </strong></li>
 111         </ul>
 112         </li>
 113         <li><strong>Window</strong><br>
 114         <em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a
 115         corresponding menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu
 116         that will bring the window to the top of the pile when it is selected.
 117         <ul>
 118                 <li><strong>Close All</strong><br>
 119                 Close all alignment and analysis windows.<br><strong>Note: This will erase all alignments from memory, and cannot be undone!</strong></li>
 120                 <li><strong>Raise Associated Windows</strong><br>
 121                 Bring all windows associated with the current alignment to the top of the pile.
 122                 </li>
 123                 <li><strong>Minimise Associated Windows</strong><br>
 124                 Hide all windows related to the current alignment behind icons on the Jalview Desktop.
 125                 </ul>
 126                 </em></li>
 127         </ul>
 128 </body>
 129 </html>