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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The JABAWS system</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>The</strong> <strong><em>JA</em></strong>va <strong><em>B</em></strong>ioinformatics
  27 <strong><em>A</em></strong>nalysis <strong><em>W</em></strong>eb <strong><em>S</em></strong>ervices
  28 <strong>system</strong> (<strong>JABAWS</strong>)<br>
  29 Jalview includes a client for interacting with programmatic (SOAP) web
  30 services for the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>
  31 service model, developed at the University of Dundee by Peter Troshin
  32 and Geoff Barton. This is an open source system that provides a
  33 framework for wrapping command line bioinformatics analysis programs
  34 that enables them to be executed locally or on a cluster using data and
  35 analysis parameters provided by a program linked with the JABA engine directly or
  36 accessing it remotely <em>via</em> its web services interface.</p>
  37 <p>The list of JABAWS servers known to the Jalview desktop is shown
  38 in the <a href="webServicesPrefs.html">Web Services Preferences
  39 Panel</a>, and detailed information about a particular service is available
  40 from the help text and web pages accessible from its <a
  41         href="webServicesParams.html">job parameters dialog box</a>.</p>
  42 <p><strong>Obtaining JABAWS</strong><br>
  43 One of the aims of JABAWS is to enable you to easily perform
  44 computationally intensive bioinformatics analysis tasks using your own
  45 computational facilities. It can be installed on a workstation to
  46 provide stand-alone execution of analysis programs, or as a job
  47 submission engine - enabling larger numbers of jobs to be handled. If
  48 you would like to download and install JABAWS for your own use, please
  49 go to <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws</a>
  50 for more information.</p>
  51 <p><strong>Configuring your own JABAWS services for use by
  52 Jalview</strong><br>
  53 Once you have downloaded and installed JABAWS, and verified it is
  54 working, all that is needed is to add the URL for your JABAWS server(s) to
  55 the list in the <a href="webServicesPrefs.html">Web Services
  56 Preferences Panel</a>. After adding your service and saving your preferences
  57 or hitting the 'refresh web services' button, you should be able to
  58 submit jobs to the server via the alignment window's web services menu.
  59 Your JABAWS servers list is stored in your Jalview preferences, so you
  60 will only have to configure Jalview once for each new server.</p>
  61 <p><em>Support for accessing JABAWS servers was introduced in
  62 Jalview 2.6.</em></p>
  63 <p><em>Option for adding JABAWS servers which fails validation
  64 was introduced from version 2.8.2 </em></p>
  65 </body>
  66 </html>