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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  -->
  21 <!DOCTYPE html>
  22 <html>
  23 <head>
  24 <meta charset="ISO-8859-1">
  25 <title>RNAalifold Web Service</title>
  26 </head>
  27 <body>
  28         <strong>RNAalifold RNA Alignment Secondary Structure
  29                 Prediction Service</strong>
  30         <p>
  31                 RNAalifold analyses the pattern of base pair conservation in an RNA
  32                 alignment in order to predict a consensus secondary structure.<br>It
  33                 is part of the <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/">Vienna
  34                         RNA</a> Secondary Structure Prediction and Comparison Package. It was
  35                 described in 2008 by Ivo L. Hofacker, Sebastian Will, Andreas R.
  36                 Gruber, and Peter F. Stadler, <em>RNAalifold: Improved consensus
  37                         structure prediction for RNA alignments</em> (BMC Bioinformatics, 9:474,
  38                 2008). Download the paper at <a
  39                         href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474">http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474</a>.
  40         </p>
  41         <p>
  42                 <strong>Running RNAalifold from Jalview</strong><br />
  43         <p>
  44                 Jalview supports access to RNAalifold services provided by JABA 2.1
  45                 servers. To enable RNAalifold predictions for an RNA alignment, go to
  46                 <strong>Webservices&rarr;Secondary Structure Prediction</strong> and
  47                 select <strong>RNAalifold prediction</strong> to run with current
  48                 defaults, and <strong>Change settings ...</strong> to adjust
  49                 prediction parameters. The RNA secondary structure prediction for the
  50                 alignment will be shown as alignment annotation, and any edits will
  51                 trigger the prediction to be recalculated.
  52         <p>
  53                 <Strong>RNAalifold prediction parameters</Strong> <br /> JABAWS and
  54                 Jalview only provide access to a selection of the RNAalifold
  55                 arguments. For a full description, see the documentation at <a
  56                         href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html">http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html</a>.
  57         </p>
  58         <p>
  59                 <strong>Supported Arguments which give alternate structures</strong>
  60         </p>
  61         <p>
  62                 <em>Partition Function (-p)</em><br /> Calculate the Partition
  63                 Function and base pairing probability matrix in addition to the mfe
  64                 structure. A coarse representation of the pair probabilities in the
  65                 form of a pseudo bracket notation, as well as the centroid structure
  66                 derived from the pair probabilities are displayed. The most likely
  67                 base pairings are stored in a separate file by RNAalifold and
  68                 represented in Jalview by a bar graph annotation line labeled
  69                 'Contact Probabilities'.
  70         </p>
  71         <p>
  72                 <em>Maximum Expected Accuracy Structure (--MEA)</em><br /> Calculate
  73                 an MEA structure where the expected Accuracy is computed from the base
  74                 pair probabilities. A more detailed description can be found in the <strong>RNAfold</strong>
  75                 program documentation at <a
  76                         href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html">http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html</a>.
  77         </p>
  78         <p>
  79                 <strong>Example RNAalifold Structure Annotation rows</strong>
  80         <p>
  81         <div align="center">
  82                 <img src="RNAalifoldAnnotationRows.png" width="500" height="216">
  83         </div>
  84         <p>
  85 </body>
  86 </html>