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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
  27         <p>
  28                 Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Alignment</strong>
  29                 submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
  30                 When an entry from one of these menus is selected, either the
  31                 currently selected residues, or the whole sequence set (if there is no
  32                 selection or only one sequence is selected) will be submitted for
  33                 multiple sequence alignment.
  34         </p>
  35         <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
  36 available:
  37 <ul>
  38         <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from
  39         the input</li>
  40         <li><em>realignment</em> - where any aligned sequences will be
  41         used by the service to construct a profile based alignment of the
  42         remaining unaligned sequences.</li>
  43 </ul>
  44         <strong>JABAWS Alignment services</strong><br> Most alignment services are
  45         provided by the
  46         <a href="JABAWS.html">JABAWS framework</a>, which allows you to
  47         customise the precise parameters used when running each alignment
  48         prgoram. In addition to the 'Default settings', you may choose from a
  49         range of alignment preset settings, or create your own using the
  50         <a href="webServicesParams.html">'Edit Settings And Run ..' dialog
  51                 box</a>.
  52         </p>
  53         <p><strong>Alignment programs supported by JABAWS</strong>. <br/>Versions shown are those bundled with JABAWS 2.01 - if you are using a different server, check its home page to find out which versions are provided.<ul>
  54   <li><a href="http://www.clustal.org/">Clustal Omega and Clustal W</a> (version 2.0.12)</li>
  55   <li><a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">Mafft</a> (version 6.8.57b)</li>
  56   <li><a href="http://www.drive5.com/muscle">Muscle</a> (version 3.8.31) </li>
  57   <li><a href="http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html">Tcoffee</a> (version 8.99) </li>
  58   <li><a href="http://probcons.stanford.edu/">Probcons</a> (version 1.12)</li>
  59         </ul>
  60 </p>
  61
  62 <p><strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden
  63 columns</strong><br>
  64 Multiple alignment services are 'column separable' analysis operations.
  65 If the input contains <a href="../features/hiddenRegions.html">hidden
  66 columns</a> then each visible segment of the input sequence set will be
  67 submitted for alignment separately, and the results concatenated (with
  68 the hidden regions preserved) once all alignment functions have
  69 completed. Each sub-job's state is reported in its own tab:
  70 <p>
  71 <center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment
  72 sub jobs running at once</strong>
  73 <center>
  74 </p>
  75 <center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>
  76 </p>
  77 </body>
  78 </html>