src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  27 import java.awt.*;
  28 import java.awt.event.*;
  29
  30 import jalview.analysis.*;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32
  33 import jalview.appletgui.*;
  34 import jalview.structure.*;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  38         MouseMotionListener, StructureListener
  39 {
  40
  41   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  42
  43   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  44
  45   boolean redrawneeded = true;
  46
  47   int omx = 0;
  48
  49   int mx = 0;
  50
  51   int omy = 0;
  52
  53   int my = 0;
  54
  55   public PDBfile pdb;
  56
  57   PDBEntry pdbentry;
  58
  59   int bsize;
  60
  61   Image img;
  62
  63   Graphics ig;
  64
  65   Dimension prefsize;
  66
  67   float[] centre = new float[3];
  68
  69   float[] width = new float[3];
  70
  71   float maxwidth;
  72
  73   float scale;
  74
  75   String inStr;
  76
  77   String inType;
  78
  79   boolean bysequence = true;
  80
  81   boolean depthcue = true;
  82
  83   boolean wire = false;
  84
  85   boolean bymolecule = false;
  86
  87   boolean zbuffer = true;
  88
  89   boolean dragging;
  90
  91   int xstart;
  92
  93   int xend;
  94
  95   int ystart;
  96
  97   int yend;
  98
  99   int xmid;
 100
 101   int ymid;
 102
 103   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 104
 105   public SequenceI[] sequence;
 106
 107   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 108
 109   String appletToolTip = null;
 110
 111   int toolx, tooly;
 112
 113   PDBChain mainchain;
 114
 115   Vector highlightRes;
 116
 117   boolean pdbAction = false;
 118
 119   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 120
 121   boolean errorLoading = false;
 122
 123   boolean seqColoursReady = false;
 124
 125   FeatureRenderer fr;
 126
 127   AlignmentPanel ap;
 128
 129   StructureSelectionManager ssm;
 130
 131   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 132           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 133
 134   {
 135     this.ap = ap;
 136     this.pdbentry = pdbentry;
 137     this.sequence = seq;
 138
 139     ssm = StructureSelectionManager
 140             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 141
 142     try
 143     {
 144       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 145
 146       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 147         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 148
 149     } catch (Exception ex)
 150     {
 151       ex.printStackTrace();
 152       return;
 153     }
 154
 155     pdbentry.setId(pdb.id);
 156
 157     ssm.addStructureViewerListener(this);
 158
 159     colourBySequence();
 160
 161     int max = -10;
 162     int maxchain = -1;
 163     int pdbstart = 0;
 164     int pdbend = 0;
 165     int seqstart = 0;
 166     int seqend = 0;
 167
 168     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 169     SequenceI sequence = seq[0];
 170
 171     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 172     {
 173
 174       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 175               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 176                       .getSequenceAsString());
 177       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 178               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 179               + "\n\n");
 180
 181       // Now lets compare the sequences to get
 182       // the start and end points.
 183       // Align the sequence to the pdb
 184       // TODO: DNa/Pep switch
 185       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 186               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 187               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).isNa ? AlignSeq.DNA
 188                       : AlignSeq.PEP);
 189       as.calcScoreMatrix();
 190       as.traceAlignment();
 191       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 192       {
 193         public void print(String x)
 194         {
 195           mappingDetails.append(x);
 196         }
 197
 198         public void println()
 199         {
 200           mappingDetails.append("\n");
 201         }
 202       };
 203
 204       as.printAlignment(ps);
 205
 206       if (as.maxscore > max)
 207       {
 208         max = as.maxscore;
 209         maxchain = i;
 210
 211         pdbstart = as.seq2start;
 212         pdbend = as.seq2end;
 213         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 214         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 215       }
 216
 217       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 218       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 219     }
 220
 221     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 222
 223     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 224     mainchain.pdbend = pdbend;
 225     mainchain.seqstart = seqstart;
 226     mainchain.seqend = seqend;
 227     mainchain.isVisible = true;
 228     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 229     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 230     this.pdb = pdb;
 231     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 232
 233     // Initialize the matrices to identity
 234     for (int i = 0; i < 3; i++)
 235     {
 236       for (int j = 0; j < 3; j++)
 237       {
 238         if (i != j)
 239         {
 240           idmat.addElement(i, j, 0);
 241           objmat.addElement(i, j, 0);
 242         }
 243         else
 244         {
 245           idmat.addElement(i, j, 1);
 246           objmat.addElement(i, j, 1);
 247         }
 248       }
 249     }
 250
 251     addMouseMotionListener(this);
 252     addMouseListener(this);
 253
 254     addKeyListener(new KeyAdapter()
 255     {
 256       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 257       {
 258         doKeyPressed(evt);
 259       }
 260     });
 261
 262     findCentre();
 263     findWidth();
 264
 265     setupBonds();
 266
 267     scale = findScale();
 268   }
 269
 270   Vector visiblebonds;
 271
 272   void setupBonds()
 273   {
 274     seqColoursReady = false;
 275     // Sort the bonds by z coord
 276     visiblebonds = new Vector();
 277
 278     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 279     {
 280       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 281       {
 282         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 283
 284         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 285         {
 286           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 287         }
 288       }
 289     }
 290     seqColoursReady = true;
 291     colourBySequence();
 292     redrawneeded = true;
 293     repaint();
 294   }
 295
 296   public void findWidth()
 297   {
 298     float[] max = new float[3];
 299     float[] min = new float[3];
 300
 301     max[0] = (float) -1e30;
 302     max[1] = (float) -1e30;
 303     max[2] = (float) -1e30;
 304
 305     min[0] = (float) 1e30;
 306     min[1] = (float) 1e30;
 307     min[2] = (float) 1e30;
 308
 309     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 310     {
 311       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 312       {
 313         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 314
 315         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 316         {
 317           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 318
 319           if (tmp.start[0] >= max[0])
 320           {
 321             max[0] = tmp.start[0];
 322           }
 323
 324           if (tmp.start[1] >= max[1])
 325           {
 326             max[1] = tmp.start[1];
 327           }
 328
 329           if (tmp.start[2] >= max[2])
 330           {
 331             max[2] = tmp.start[2];
 332           }
 333
 334           if (tmp.start[0] <= min[0])
 335           {
 336             min[0] = tmp.start[0];
 337           }
 338
 339           if (tmp.start[1] <= min[1])
 340           {
 341             min[1] = tmp.start[1];
 342           }
 343
 344           if (tmp.start[2] <= min[2])
 345           {
 346             min[2] = tmp.start[2];
 347           }
 348
 349           if (tmp.end[0] >= max[0])
 350           {
 351             max[0] = tmp.end[0];
 352           }
 353
 354           if (tmp.end[1] >= max[1])
 355           {
 356             max[1] = tmp.end[1];
 357           }
 358
 359           if (tmp.end[2] >= max[2])
 360           {
 361             max[2] = tmp.end[2];
 362           }
 363
 364           if (tmp.end[0] <= min[0])
 365           {
 366             min[0] = tmp.end[0];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[1] <= min[1])
 370           {
 371             min[1] = tmp.end[1];
 372           }
 373
 374           if (tmp.end[2] <= min[2])
 375           {
 376             min[2] = tmp.end[2];
 377           }
 378         }
 379       }
 380     }
 381
 382     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 383     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 384     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 385
 386     maxwidth = width[0];
 387
 388     if (width[1] > width[0])
 389     {
 390       maxwidth = width[1];
 391     }
 392
 393     if (width[2] > width[1])
 394     {
 395       maxwidth = width[2];
 396     }
 397
 398     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 399   }
 400
 401   public float findScale()
 402   {
 403     int dim;
 404     int width;
 405     int height;
 406
 407     if (getSize().width != 0)
 408     {
 409       width = getSize().width;
 410       height = getSize().height;
 411     }
 412     else
 413     {
 414       width = prefsize.width;
 415       height = prefsize.height;
 416     }
 417
 418     if (width < height)
 419     {
 420       dim = width;
 421     }
 422     else
 423     {
 424       dim = height;
 425     }
 426
 427     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 428   }
 429
 430   public void findCentre()
 431   {
 432     float xtot = 0;
 433     float ytot = 0;
 434     float ztot = 0;
 435
 436     int bsize = 0;
 437
 438     // Find centre coordinate
 439     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 440     {
 441       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 442       {
 443         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 444
 445         bsize += bonds.size();
 446
 447         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 448         {
 449           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 450                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 451
 452           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 453                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 454
 455           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 456                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 457         }
 458       }
 459     }
 460
 461     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 462     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 463     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 464   }
 465
 466   public void paint(Graphics g)
 467   {
 468
 469     if (errorLoading)
 470     {
 471       g.setColor(Color.white);
 472       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 473       g.setColor(Color.black);
 474       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 475       g.drawString(
 476               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 477               getSize().height / 2);
 478       return;
 479     }
 480
 481     if (!seqColoursReady)
 482     {
 483       g.setColor(Color.black);
 484       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 485       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 486               getSize().height / 2);
 487       return;
 488     }
 489
 490     // Only create the image at the beginning -
 491     // this saves much memory usage
 492     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 493             || (prefsize.height != getSize().height))
 494     {
 495
 496       try
 497       {
 498         prefsize.width = getSize().width;
 499         prefsize.height = getSize().height;
 500
 501         scale = findScale();
 502         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 503         ig = img.getGraphics();
 504
 505         redrawneeded = true;
 506       } catch (Exception ex)
 507       {
 508         ex.printStackTrace();
 509       }
 510     }
 511
 512     if (redrawneeded)
 513     {
 514       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 515       redrawneeded = false;
 516     }
 517     if (appletToolTip != null)
 518     {
 519       ig.setColor(Color.red);
 520       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 521     }
 522
 523     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 524
 525     pdbAction = false;
 526   }
 527
 528   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 529   {
 530     ig.setColor(Color.black);
 531     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 532     drawScene(ig);
 533     drawLabels(ig);
 534   }
 535
 536   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 537   {
 538     bysequence = false;
 539     pdb.setColours(cs);
 540     redrawneeded = true;
 541     repaint();
 542   }
 543
 544   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 545   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 546   void colourBySequence()
 547   {
 548     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 549
 550     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 551
 552     boolean showFeatures = false;
 553     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 554     {
 555       if (fr == null)
 556       {
 557         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 558       }
 559
 560       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 561
 562       showFeatures = true;
 563     }
 564
 565     PDBChain chain;
 566     if (bysequence && pdb != null)
 567     {
 568       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 569       {
 570         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 571
 572         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 573         {
 574           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 575           tmp.startCol = Color.lightGray;
 576           tmp.endCol = Color.lightGray;
 577           if (chain != mainchain)
 578           {
 579             continue;
 580           }
 581
 582           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 583           {
 584             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 585             {
 586               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 587               {
 588                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 589                 if (pos > 0)
 590                 {
 591                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 592                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 593                   if (showFeatures)
 594                   {
 595                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 596                             sequence[s], pos);
 597                   }
 598                 }
 599                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 600                 if (pos > 0)
 601                 {
 602                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 603                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 604                   if (showFeatures)
 605                   {
 606                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 607                             sequence[s], pos);
 608                   }
 609                 }
 610
 611               }
 612             }
 613           }
 614         }
 615       }
 616     }
 617   }
 618
 619   Zsort zsort;
 620
 621   public void drawScene(Graphics g)
 622   {
 623     if (zbuffer)
 624     {
 625       if (zsort == null)
 626       {
 627         zsort = new Zsort();
 628       }
 629
 630       zsort.Zsort(visiblebonds);
 631     }
 632
 633     Bond tmpBond = null;
 634     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 635     {
 636       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 637
 638       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 639       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 640
 641       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 642       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 643
 644       xmid = (xend + xstart) / 2;
 645       ymid = (yend + ystart) / 2;
 646
 647       if (depthcue && !bymolecule)
 648       {
 649         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 650         {
 651           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 652           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 653
 654           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 655           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 656         }
 657         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 658         {
 659           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 660           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 661
 662           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 663           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 664         }
 665         else
 666         {
 667           g.setColor(tmpBond.startCol);
 668           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 669
 670           g.setColor(tmpBond.endCol);
 671           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 672         }
 673
 674       }
 675       else if (depthcue && bymolecule)
 676       {
 677         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 678         {
 679           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 681         }
 682         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 683         {
 684           g.setColor(Color.green.darker());
 685           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 686         }
 687         else
 688         {
 689           g.setColor(Color.green);
 690           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 691         }
 692       }
 693       else if (!depthcue && !bymolecule)
 694       {
 695         g.setColor(tmpBond.startCol);
 696         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 697         g.setColor(tmpBond.endCol);
 698         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 699       }
 700       else
 701       {
 702         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 703       }
 704
 705       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 706       {
 707         g.setColor(Color.white);
 708         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 709       }
 710
 711       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 712       {
 713         g.setColor(Color.white);
 714         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 715       }
 716
 717     }
 718   }
 719
 720   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 721   {
 722     if (!wire)
 723     {
 724       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 725       {
 726         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 727         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 728         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 729       }
 730       else
 731       {
 732         g.setColor(g.getColor().brighter());
 733         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 734         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 735         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 736       }
 737     }
 738     else
 739     {
 740       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 741     }
 742   }
 743
 744   public Dimension minimumsize()
 745   {
 746     return prefsize;
 747   }
 748
 749   public Dimension preferredsize()
 750   {
 751     return prefsize;
 752   }
 753
 754   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 755   {
 756     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 757     {
 758       scale = (float) (scale * 1.1);
 759       redrawneeded = true;
 760       repaint();
 761     }
 762     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 763     {
 764       scale = (float) (scale * 0.9);
 765       redrawneeded = true;
 766       repaint();
 767     }
 768   }
 769
 770   public void mousePressed(MouseEvent e)
 771   {
 772     pdbAction = true;
 773     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 774     if (fatom != null)
 775     {
 776       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 777
 778       redrawneeded = true;
 779       repaint();
 780       if (foundchain != -1)
 781       {
 782         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 783         if (chain == mainchain)
 784         {
 785           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 786           {
 787             if (highlightRes == null)
 788             {
 789               highlightRes = new Vector();
 790             }
 791
 792             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 793             {
 794               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 795             }
 796             else
 797             {
 798               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 799             }
 800           }
 801         }
 802       }
 803
 804     }
 805     mx = e.getX();
 806     my = e.getY();
 807     omx = mx;
 808     omy = my;
 809     dragging = false;
 810   }
 811
 812   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 813   {
 814     pdbAction = true;
 815     if (highlightBond1 != null)
 816     {
 817       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 818       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 819       highlightBond1 = null;
 820       highlightBond2 = null;
 821     }
 822
 823     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 824
 825     PDBChain chain = null;
 826     if (foundchain != -1)
 827     {
 828       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 829       if (chain == mainchain)
 830       {
 831         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 832       }
 833     }
 834
 835     if (fatom != null)
 836     {
 837       toolx = e.getX();
 838       tooly = e.getY();
 839
 840       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 841               + fatom.resName;
 842       redrawneeded = true;
 843       repaint();
 844     }
 845     else
 846     {
 847       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 848       appletToolTip = null;
 849       redrawneeded = true;
 850       repaint();
 851     }
 852   }
 853
 854   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 855   {
 856   }
 857
 858   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 859   {
 860   }
 861
 862   public void mouseExited(MouseEvent e)
 863   {
 864   }
 865
 866   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 867   {
 868     int x = evt.getX();
 869     int y = evt.getY();
 870     mx = x;
 871     my = y;
 872
 873     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 874     objmat.setIdentity();
 875
 876     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 877     {
 878       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 879     }
 880     else
 881     {
 882       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 883       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 884     }
 885
 886     // Alter the bonds
 887     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 888     {
 889       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 890
 891       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 892       {
 893         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 894
 895         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 896         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 897
 898         // Now apply the rotation matrix
 899         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 900         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 901
 902         // Now translate back again
 903         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 904       }
 905     }
 906
 907     objmat = null;
 908
 909     omx = mx;
 910     omy = my;
 911
 912     dragging = true;
 913
 914     redrawneeded = true;
 915
 916     repaint();
 917   }
 918
 919   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 920   {
 921     dragging = false;
 922     return;
 923   }
 924
 925   void drawLabels(Graphics g)
 926   {
 927
 928     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 929     {
 930       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 931
 932       if (chain.isVisible)
 933       {
 934         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 935
 936         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 937         {
 938           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 939
 940           if (tmpBond.at1.isSelected)
 941           {
 942             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 943           }
 944
 945           if (tmpBond.at2.isSelected)
 946           {
 947
 948             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 949           }
 950         }
 951       }
 952     }
 953   }
 954
 955   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 956   {
 957     g.setFont(font);
 958
 959     if (n == 1)
 960     {
 961       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 962       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 963
 964       g.setColor(Color.red);
 965       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 966     }
 967
 968     if (n == 2)
 969     {
 970       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 971       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 972
 973       g.setColor(Color.red);
 974       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 975     }
 976   }
 977
 978   int foundchain = -1;
 979
 980   public Atom findAtom(int x, int y)
 981   {
 982     Atom fatom = null;
 983
 984     foundchain = -1;
 985
 986     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 987     {
 988       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 989       int truex;
 990       Bond tmpBond = null;
 991
 992       if (chain.isVisible)
 993       {
 994         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 995
 996         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 997         {
 998           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 999
1000           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1001
1002           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1003           {
1004             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1005
1006             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1007             {
1008               fatom = tmpBond.at1;
1009               foundchain = ii;
1010               break;
1011             }
1012           }
1013         }
1014
1015         // Still here? Maybe its the last bond
1016
1017         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1018
1019         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1020         {
1021           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1022
1023           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1024           {
1025             fatom = tmpBond.at2;
1026             foundchain = ii;
1027             break;
1028           }
1029         }
1030
1031       }
1032
1033       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1034       {
1035         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1036       }
1037     }
1038
1039     return fatom;
1040   }
1041
1042   public void update(Graphics g)
1043   {
1044     paint(g);
1045   }
1046
1047   public void highlightRes(int ii)
1048   {
1049     if (!seqColoursReady)
1050     {
1051       return;
1052     }
1053
1054     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1055     {
1056       return;
1057     }
1058
1059     int index = -1;
1060     Bond tmpBond;
1061     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1062     {
1063       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1064       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1065       {
1066         if (highlightBond1 != null)
1067         {
1068           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1069         }
1070
1071         if (highlightBond2 != null)
1072         {
1073           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1074         }
1075
1076         highlightBond1 = null;
1077         highlightBond2 = null;
1078
1079         if (index > 0)
1080         {
1081           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1082           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1083         }
1084
1085         if (index != mainchain.bonds.size())
1086         {
1087           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1088           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1089         }
1090
1091         break;
1092       }
1093     }
1094
1095     redrawneeded = true;
1096     repaint();
1097   }
1098
1099   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1100   {
1101     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1102     {
1103       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1104       chain.isVisible = b;
1105     }
1106     mainchain.isVisible = true;
1107     findCentre();
1108     setupBonds();
1109   }
1110
1111   // ////////////////////////////////
1112   // /StructureListener
1113   public String[] getPdbFile()
1114   {
1115     return new String[]
1116     { pdbentry.getFile() };
1117   }
1118
1119   String lastMessage;
1120
1121   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1122   {
1123     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1124       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1125
1126     lastMessage = pdbResNum + chain;
1127   }
1128
1129   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1130
1131   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1132
1133   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1134           String pdbfile)
1135   {
1136     if (!seqColoursReady)
1137     {
1138       return;
1139     }
1140
1141     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1142     {
1143       return;
1144     }
1145
1146     int index = -1;
1147     Bond tmpBond;
1148     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1149     {
1150       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1151       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1152       {
1153         if (highlightBond1 != null)
1154         {
1155           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1156         }
1157
1158         if (highlightBond2 != null)
1159         {
1160           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1161         }
1162
1163         highlightBond1 = null;
1164         highlightBond2 = null;
1165
1166         if (index > 0)
1167         {
1168           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1169           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1170         }
1171
1172         if (index != mainchain.bonds.size())
1173         {
1174           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1175           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1176         }
1177
1178         break;
1179       }
1180     }
1181
1182     redrawneeded = true;
1183     repaint();
1184   }
1185
1186   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1187           String pdbfile)
1188   {
1189     return Color.white;
1190     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1191     // return null;
1192
1193     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1194   }
1195
1196   public void updateColours(Object source)
1197   {
1198     colourBySequence();
1199     redrawneeded = true;
1200     repaint();
1201   }
1202
1203   @Override
1204   public void releaseReferences(Object svl)
1205   {
1206     // TODO Auto-generated method stub
1207
1208   }
1209
1210 }