src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.appletgui.*;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  30         ActionListener, ItemListener
  31 {
  32   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  33
  34   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  35           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  36   {
  37     try
  38     {
  39       jbInit();
  40     } catch (Exception ex)
  41     {
  42       ex.printStackTrace();
  43     }
  44
  45     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  46
  47     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  48     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  49
  50     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  51             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  52
  53     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  54
  55   }
  56
  57   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  58   {
  59     if (evt.getSource() == mapping)
  60     {
  61       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  62               false, null);
  63       Frame frame = new Frame();
  64       frame.add(cap);
  65       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"),
  66               500, 600);
  67       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  68
  69     }
  70     else if (evt.getSource() == charge)
  71     {
  72       pdbcanvas.bysequence = false;
  73       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  74     }
  75
  76     else if (evt.getSource() == chain)
  77     {
  78       pdbcanvas.bysequence = false;
  79       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
  80     }
  81     else if (evt.getSource() == seqButton)
  82     {
  83       pdbcanvas.bysequence = true;
  84       pdbcanvas.colourBySequence();
  85
  86     }
  87     else if (evt.getSource() == zappo)
  88     {
  89       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  90     }
  91     else if (evt.getSource() == taylor)
  92     {
  93       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
  94     }
  95     else if (evt.getSource() == hydro)
  96     {
  97       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
  98     }
  99     else if (evt.getSource() == helix)
 100     {
 101       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 102     }
 103     else if (evt.getSource() == strand)
 104     {
 105       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 106     }
 107     else if (evt.getSource() == turn)
 108     {
 109       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 110     }
 111     else if (evt.getSource() == buried)
 112     {
 113       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 114     }
 115     else if (evt.getSource() == user)
 116     {
 117       pdbcanvas.bysequence = false;
 118       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 119     }
 120
 121     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 122     pdbcanvas.repaint();
 123
 124   }
 125
 126   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 127   {
 128     if (evt.getSource() == allchains)
 129     {
 130       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 131     }
 132     else if (evt.getSource() == wire)
 133     {
 134       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 135     }
 136     else if (evt.getSource() == depth)
 137     {
 138       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 139     }
 140     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 141     {
 142       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 143     }
 144     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 145     pdbcanvas.repaint();
 146   }
 147
 148   private void jbInit() throws Exception
 149   {
 150     setMenuBar(jMenuBar1);
 151     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 152     coloursMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.colours"));
 153     mapping.setLabel(MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 154     mapping.addActionListener(this);
 155     wire.setLabel(MessageManager.getString("label.wireframe"));
 156     wire.addItemListener(this);
 157     depth.setState(true);
 158     depth.setLabel(MessageManager.getString("label.depthcue"));
 159     depth.addItemListener(this);
 160     zbuffer.setState(true);
 161     zbuffer.setLabel(MessageManager.getString("label.z_buffering"));
 162     zbuffer.addItemListener(this);
 163     charge.setLabel(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 164     charge.addActionListener(this);
 165     hydro.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 166     hydro.addActionListener(this);
 167     chain.setLabel(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 168     chain.addActionListener(this);
 169     seqButton.setLabel(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 170     seqButton.addActionListener(this);
 171     allchains.setLabel(MessageManager.getString("label.all_chains_visible"));
 172     allchains.addItemListener(this);
 173     viewMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 174     zappo.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 175     zappo.addActionListener(this);
 176     taylor.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 177     taylor.addActionListener(this);
 178     helix.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 179     helix.addActionListener(this);
 180     strand.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 181     strand.addActionListener(this);
 182     turn.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 183     turn.addActionListener(this);
 184     buried.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 185     buried.addActionListener(this);
 186     user.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 187     user.addActionListener(this);
 188     jMenuBar1.add(fileMenu);
 189     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 190     jMenuBar1.add(viewMenu);
 191     fileMenu.add(mapping);
 192     ;
 193
 194     coloursMenu.add(seqButton);
 195     coloursMenu.add(chain);
 196     coloursMenu.add(charge);
 197     coloursMenu.add(zappo);
 198     coloursMenu.add(taylor);
 199     coloursMenu.add(hydro);
 200     coloursMenu.add(helix);
 201     coloursMenu.add(strand);
 202     coloursMenu.add(turn);
 203     coloursMenu.add(buried);
 204     coloursMenu.add(user);
 205     viewMenu.add(wire);
 206     viewMenu.add(depth);
 207     viewMenu.add(zbuffer);
 208     viewMenu.add(allchains);
 209     allchains.setState(true);
 210   }
 211
 212   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 213
 214   Menu fileMenu = new Menu();
 215
 216   Menu coloursMenu = new Menu();
 217
 218   MenuItem mapping = new MenuItem();
 219
 220   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 221
 222   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 223
 224   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 225
 226   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 227
 228   MenuItem charge = new MenuItem();
 229
 230   MenuItem hydro = new MenuItem();
 231
 232   MenuItem chain = new MenuItem();
 233
 234   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 235
 236   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 237
 238   Menu viewMenu = new Menu();
 239
 240   MenuItem turn = new MenuItem();
 241
 242   MenuItem strand = new MenuItem();
 243
 244   MenuItem helix = new MenuItem();
 245
 246   MenuItem taylor = new MenuItem();
 247
 248   MenuItem zappo = new MenuItem();
 249
 250   MenuItem buried = new MenuItem();
 251
 252   MenuItem user = new MenuItem();
 253
 254   // End StructureListener
 255   // //////////////////////////
 256
 257 }