src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  27 import java.awt.*;
  28 import java.awt.event.*;
  29 import javax.swing.*;
  30
  31 import jalview.analysis.*;
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.structure.*;
  35
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  37         MouseMotionListener, StructureListener
  38 {
  39   boolean redrawneeded = true;
  40
  41   int omx = 0;
  42
  43   int mx = 0;
  44
  45   int omy = 0;
  46
  47   int my = 0;
  48
  49   public PDBfile pdb;
  50
  51   PDBEntry pdbentry;
  52
  53   int bsize;
  54
  55   Image img;
  56
  57   Graphics ig;
  58
  59   Dimension prefsize;
  60
  61   float[] centre = new float[3];
  62
  63   float[] width = new float[3];
  64
  65   float maxwidth;
  66
  67   float scale;
  68
  69   String inStr;
  70
  71   String inType;
  72
  73   boolean bysequence = true;
  74
  75   boolean depthcue = true;
  76
  77   boolean wire = false;
  78
  79   boolean bymolecule = false;
  80
  81   boolean zbuffer = true;
  82
  83   boolean dragging;
  84
  85   int xstart;
  86
  87   int xend;
  88
  89   int ystart;
  90
  91   int yend;
  92
  93   int xmid;
  94
  95   int ymid;
  96
  97   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  98
  99   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 100
 101   public SequenceI[] sequence;
 102
 103   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 104
 105   PDBChain mainchain;
 106
 107   Vector highlightRes;
 108
 109   boolean pdbAction = false;
 110
 111   boolean seqColoursReady = false;
 112
 113   jalview.gui.FeatureRenderer fr;
 114
 115   Color backgroundColour = Color.black;
 116
 117   AlignmentPanel ap;
 118
 119   StructureSelectionManager ssm;
 120
 121   String errorMessage;
 122
 123   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 124           AlignmentPanel ap, String protocol)
 125   {
 126     this.ap = ap;
 127     this.pdbentry = pdbentry;
 128     this.sequence = seq;
 129
 130     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 131
 132     try
 133     {
 134       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 135
 136       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 137         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 138
 139     } catch (Exception ex)
 140     {
 141       ex.printStackTrace();
 142       return;
 143     }
 144
 145     if (pdb == null)
 146     {
 147       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 148       return;
 149     }
 150     pdbentry.setId(pdb.id);
 151
 152     ssm.addStructureViewerListener(this);
 153
 154     colourBySequence();
 155
 156     int max = -10;
 157     int maxchain = -1;
 158     int pdbstart = 0;
 159     int pdbend = 0;
 160     int seqstart = 0;
 161     int seqend = 0;
 162
 163     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 164     SequenceI sequence = seq[0];
 165
 166     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 167     {
 168
 169       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 170               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 171                       .getSequenceAsString());
 172       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 173               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 174               + "\n\n");
 175
 176       // Now lets compare the sequences to get
 177       // the start and end points.
 178       // Align the sequence to the pdb
 179       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 180               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");
 181       as.calcScoreMatrix();
 182       as.traceAlignment();
 183       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 184       {
 185         public void print(String x)
 186         {
 187           mappingDetails.append(x);
 188         }
 189
 190         public void println()
 191         {
 192           mappingDetails.append("\n");
 193         }
 194       };
 195
 196       as.printAlignment(ps);
 197
 198       if (as.maxscore > max)
 199       {
 200         max = as.maxscore;
 201         maxchain = i;
 202
 203         pdbstart = as.seq2start;
 204         pdbend = as.seq2end;
 205         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 206         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 207       }
 208
 209       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 210       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 211     }
 212
 213     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 214
 215     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 216     mainchain.pdbend = pdbend;
 217     mainchain.seqstart = seqstart;
 218     mainchain.seqend = seqend;
 219     mainchain.isVisible = true;
 220
 221     this.pdb = pdb;
 222     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 223
 224     addMouseMotionListener(this);
 225     addMouseListener(this);
 226
 227     addKeyListener(new KeyAdapter()
 228     {
 229       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 230       {
 231         keyPressed(evt);
 232       }
 233     });
 234
 235     findCentre();
 236     findWidth();
 237
 238     setupBonds();
 239
 240     scale = findScale();
 241
 242     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 243     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 244     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 245   }
 246
 247   Vector visiblebonds;
 248
 249   void setupBonds()
 250   {
 251     seqColoursReady = false;
 252     // Sort the bonds by z coord
 253     visiblebonds = new Vector();
 254
 255     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 256     {
 257       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 258       {
 259         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 260
 261         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 262         {
 263           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 264         }
 265       }
 266     }
 267
 268     updateSeqColours();
 269     seqColoursReady = true;
 270     redrawneeded = true;
 271     repaint();
 272   }
 273
 274   public void findWidth()
 275   {
 276     float[] max = new float[3];
 277     float[] min = new float[3];
 278
 279     max[0] = (float) -1e30;
 280     max[1] = (float) -1e30;
 281     max[2] = (float) -1e30;
 282
 283     min[0] = (float) 1e30;
 284     min[1] = (float) 1e30;
 285     min[2] = (float) 1e30;
 286
 287     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 288     {
 289       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 290       {
 291         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 292
 293         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 294         {
 295           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 296
 297           if (tmp.start[0] >= max[0])
 298           {
 299             max[0] = tmp.start[0];
 300           }
 301
 302           if (tmp.start[1] >= max[1])
 303           {
 304             max[1] = tmp.start[1];
 305           }
 306
 307           if (tmp.start[2] >= max[2])
 308           {
 309             max[2] = tmp.start[2];
 310           }
 311
 312           if (tmp.start[0] <= min[0])
 313           {
 314             min[0] = tmp.start[0];
 315           }
 316
 317           if (tmp.start[1] <= min[1])
 318           {
 319             min[1] = tmp.start[1];
 320           }
 321
 322           if (tmp.start[2] <= min[2])
 323           {
 324             min[2] = tmp.start[2];
 325           }
 326
 327           if (tmp.end[0] >= max[0])
 328           {
 329             max[0] = tmp.end[0];
 330           }
 331
 332           if (tmp.end[1] >= max[1])
 333           {
 334             max[1] = tmp.end[1];
 335           }
 336
 337           if (tmp.end[2] >= max[2])
 338           {
 339             max[2] = tmp.end[2];
 340           }
 341
 342           if (tmp.end[0] <= min[0])
 343           {
 344             min[0] = tmp.end[0];
 345           }
 346
 347           if (tmp.end[1] <= min[1])
 348           {
 349             min[1] = tmp.end[1];
 350           }
 351
 352           if (tmp.end[2] <= min[2])
 353           {
 354             min[2] = tmp.end[2];
 355           }
 356         }
 357       }
 358     }
 359     /*
 360      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 361      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 362      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 363      */
 364
 365     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 366     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 367     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 368
 369     maxwidth = width[0];
 370
 371     if (width[1] > width[0])
 372     {
 373       maxwidth = width[1];
 374     }
 375
 376     if (width[2] > width[1])
 377     {
 378       maxwidth = width[2];
 379     }
 380
 381     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 382   }
 383
 384   public float findScale()
 385   {
 386     int dim;
 387     int width;
 388     int height;
 389
 390     if (getWidth() != 0)
 391     {
 392       width = getWidth();
 393       height = getHeight();
 394     }
 395     else
 396     {
 397       width = prefsize.width;
 398       height = prefsize.height;
 399     }
 400
 401     if (width < height)
 402     {
 403       dim = width;
 404     }
 405     else
 406     {
 407       dim = height;
 408     }
 409
 410     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 411   }
 412
 413   public void findCentre()
 414   {
 415     float xtot = 0;
 416     float ytot = 0;
 417     float ztot = 0;
 418
 419     int bsize = 0;
 420
 421     // Find centre coordinate
 422     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 423     {
 424       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 425       {
 426         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 427
 428         bsize += bonds.size();
 429
 430         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 431         {
 432           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 433                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 434
 435           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 436                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 437
 438           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 439                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 440         }
 441       }
 442     }
 443
 444     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 445     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 446     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 447   }
 448
 449   public void paintComponent(Graphics g)
 450   {
 451     super.paintComponent(g);
 452
 453     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 454     {
 455       g.setColor(Color.black);
 456       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 457       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 458               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 459       return;
 460     }
 461
 462     // Only create the image at the beginning -
 463     // this saves much memory usage
 464     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 465             || (prefsize.height != getHeight()))
 466
 467     {
 468       prefsize.width = getWidth();
 469       prefsize.height = getHeight();
 470
 471       scale = findScale();
 472       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 473       ig = img.getGraphics();
 474       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 475
 476       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 477               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 478
 479       redrawneeded = true;
 480     }
 481
 482     if (redrawneeded)
 483     {
 484       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 485       redrawneeded = false;
 486     }
 487
 488     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 489
 490     pdbAction = false;
 491   }
 492
 493   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 494   {
 495     g.setColor(backgroundColour);
 496     g.fillRect(0, 0, width, height);
 497     drawScene(g);
 498     drawLabels(g);
 499   }
 500
 501   public void updateSeqColours()
 502   {
 503     if (pdbAction)
 504     {
 505       return;
 506     }
 507
 508     colourBySequence();
 509
 510     redrawneeded = true;
 511     repaint();
 512   }
 513
 514   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 515   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 516   void colourBySequence()
 517   {
 518     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 519
 520     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 521
 522     boolean showFeatures = false;
 523     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 524     {
 525       if (fr == null)
 526       {
 527         fr = new FeatureRenderer(ap);
 528       }
 529
 530       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 531
 532       showFeatures = true;
 533     }
 534
 535     PDBChain chain;
 536     if (bysequence && pdb != null)
 537     {
 538       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 539       {
 540         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 541
 542         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 543         {
 544           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 545           tmp.startCol = Color.lightGray;
 546           tmp.endCol = Color.lightGray;
 547           if (chain != mainchain)
 548           {
 549             continue;
 550           }
 551
 552           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 553           {
 554             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 555             {
 556               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 557               {
 558                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 559                 if (pos > 0)
 560                 {
 561                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 562                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 563                   if (showFeatures)
 564                   {
 565                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 566                             sequence[s], pos);
 567                   }
 568                 }
 569                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 570                 if (pos > 0)
 571                 {
 572                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 573                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 574                   if (showFeatures)
 575                   {
 576                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 577                             sequence[s], pos);
 578                   }
 579                 }
 580
 581               }
 582             }
 583           }
 584         }
 585       }
 586     }
 587   }
 588
 589   Zsort zsort;
 590
 591   public void drawScene(Graphics g)
 592   {
 593     if (zbuffer)
 594     {
 595       if (zsort == null)
 596       {
 597         zsort = new Zsort();
 598       }
 599
 600       zsort.Zsort(visiblebonds);
 601     }
 602
 603     Bond tmpBond = null;
 604     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 605     {
 606       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 607
 608       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 609       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 610
 611       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 612       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 613
 614       xmid = (xend + xstart) / 2;
 615       ymid = (yend + ystart) / 2;
 616       if (depthcue && !bymolecule)
 617       {
 618         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 619         {
 620
 621           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 622           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 623           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 624           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 625
 626         }
 627         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 628         {
 629           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 630           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 631
 632           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 633           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 634         }
 635         else
 636         {
 637           g.setColor(tmpBond.startCol);
 638           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 639
 640           g.setColor(tmpBond.endCol);
 641           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 642         }
 643       }
 644       else if (depthcue && bymolecule)
 645       {
 646         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 647         {
 648           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 649           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 650         }
 651         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 652         {
 653           g.setColor(Color.green.darker());
 654           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 655         }
 656         else
 657         {
 658           g.setColor(Color.green);
 659           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 660         }
 661       }
 662       else if (!depthcue && !bymolecule)
 663       {
 664         g.setColor(tmpBond.startCol);
 665         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 666         g.setColor(tmpBond.endCol);
 667         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 668       }
 669       else
 670       {
 671         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 672       }
 673
 674       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 675       {
 676         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 677                 .brighter());
 678         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 679       }
 680
 681       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 682       {
 683         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 684                 .brighter());
 685         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 686       }
 687
 688     }
 689
 690   }
 691
 692   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 693   {
 694     if (!wire)
 695     {
 696       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 697       {
 698         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 699         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 700         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 701       }
 702       else
 703       {
 704         g.setColor(g.getColor().brighter());
 705         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 706         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 707         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 708       }
 709     }
 710     else
 711     {
 712       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 713     }
 714   }
 715
 716   public Dimension minimumsize()
 717   {
 718     return prefsize;
 719   }
 720
 721   public Dimension preferredsize()
 722   {
 723     return prefsize;
 724   }
 725
 726   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 727   {
 728     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 729     {
 730       scale = (float) (scale * 1.1);
 731       redrawneeded = true;
 732       repaint();
 733     }
 734     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 735     {
 736       scale = (float) (scale * 0.9);
 737       redrawneeded = true;
 738       repaint();
 739     }
 740   }
 741
 742   public void mousePressed(MouseEvent e)
 743   {
 744     pdbAction = true;
 745     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 746     if (fatom != null)
 747     {
 748       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 749
 750       redrawneeded = true;
 751       repaint();
 752       if (foundchain != -1)
 753       {
 754         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 755         if (chain == mainchain)
 756         {
 757           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 758           {
 759             if (highlightRes == null)
 760             {
 761               highlightRes = new Vector();
 762             }
 763
 764             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + ""))
 765             {
 766               highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 767             }
 768             else
 769             {
 770               highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 771             }
 772           }
 773         }
 774       }
 775
 776     }
 777     mx = e.getX();
 778     my = e.getY();
 779     omx = mx;
 780     omy = my;
 781     dragging = false;
 782   }
 783
 784   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 785   {
 786     pdbAction = true;
 787     if (highlightBond1 != null)
 788     {
 789       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 790       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 791       highlightBond1 = null;
 792       highlightBond2 = null;
 793     }
 794
 795     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 796
 797     PDBChain chain = null;
 798     if (foundchain != -1)
 799     {
 800       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 801       if (chain == mainchain)
 802       {
 803         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 804       }
 805     }
 806
 807     if (fatom != null)
 808     {
 809       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 810               + fatom.resName);
 811     }
 812     else
 813     {
 814       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 815       this.setToolTipText(null);
 816     }
 817   }
 818
 819   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 820   {
 821   }
 822
 823   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 824   {
 825   }
 826
 827   public void mouseExited(MouseEvent e)
 828   {
 829   }
 830
 831   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 832   {
 833     int x = evt.getX();
 834     int y = evt.getY();
 835     mx = x;
 836     my = y;
 837
 838     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 839     objmat.setIdentity();
 840
 841     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 842     {
 843       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 844     }
 845     else
 846     {
 847       objmat.rotatex((float) ((my - omy)));
 848       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 849     }
 850
 851     // Alter the bonds
 852     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 853     {
 854       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 855
 856       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 857       {
 858         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 859
 860         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 861         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 862
 863         // Now apply the rotation matrix
 864         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 865         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 866
 867         // Now translate back again
 868         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 869       }
 870     }
 871
 872     objmat = null;
 873
 874     omx = mx;
 875     omy = my;
 876
 877     dragging = true;
 878
 879     redrawneeded = true;
 880
 881     repaint();
 882   }
 883
 884   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 885   {
 886     dragging = false;
 887     return;
 888   }
 889
 890   void drawLabels(Graphics g)
 891   {
 892
 893     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 894     {
 895       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 896
 897       if (chain.isVisible)
 898       {
 899         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 900
 901         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 902         {
 903           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 904
 905           if (tmpBond.at1.isSelected)
 906           {
 907             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 908           }
 909
 910           if (tmpBond.at2.isSelected)
 911           {
 912
 913             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 914           }
 915         }
 916       }
 917     }
 918   }
 919
 920   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 921   {
 922     g.setFont(font);
 923     g.setColor(Color.red);
 924     if (n == 1)
 925     {
 926       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 927       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 928
 929       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 930     }
 931
 932     if (n == 2)
 933     {
 934       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 935       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 936
 937       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 938     }
 939   }
 940
 941   int foundchain = -1;
 942
 943   public Atom findAtom(int x, int y)
 944   {
 945     Atom fatom = null;
 946
 947     foundchain = -1;
 948
 949     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 950     {
 951       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 952       int truex;
 953       Bond tmpBond = null;
 954
 955       if (chain.isVisible)
 956       {
 957         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 958
 959         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 960         {
 961           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 962
 963           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 964
 965           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 966           {
 967             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 968
 969             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 970             {
 971               fatom = tmpBond.at1;
 972               foundchain = ii;
 973               break;
 974             }
 975           }
 976         }
 977
 978         // Still here? Maybe its the last bond
 979
 980         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 981
 982         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 983         {
 984           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 985
 986           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 987           {
 988             fatom = tmpBond.at2;
 989             foundchain = ii;
 990             break;
 991           }
 992         }
 993
 994       }
 995
 996       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
 997       {
 998         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 999       }
1000     }
1001
1002     return fatom;
1003   }
1004
1005   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1006
1007   public void highlightRes(int ii)
1008   {
1009     if (!seqColoursReady)
1010     {
1011       return;
1012     }
1013
1014     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1015     {
1016       return;
1017     }
1018
1019     int index = -1;
1020     Bond tmpBond;
1021     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1022     {
1023       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1024       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1025       {
1026         if (highlightBond1 != null)
1027         {
1028           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1029         }
1030
1031         if (highlightBond2 != null)
1032         {
1033           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1034         }
1035
1036         highlightBond1 = null;
1037         highlightBond2 = null;
1038
1039         if (index > 0)
1040         {
1041           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1042           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1043         }
1044
1045         if (index != mainchain.bonds.size())
1046         {
1047           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1048           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1049         }
1050
1051         break;
1052       }
1053     }
1054
1055     redrawneeded = true;
1056     repaint();
1057   }
1058
1059   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1060   {
1061     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1062     {
1063       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1064       chain.isVisible = b;
1065     }
1066     mainchain.isVisible = true;
1067     findCentre();
1068     setupBonds();
1069   }
1070
1071   // ////////////////////////////////
1072   // /StructureListener
1073   public String[] getPdbFile()
1074   {
1075     return new String[]
1076     { pdbentry.getFile() };
1077   }
1078
1079   String lastMessage;
1080
1081   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1082   {
1083     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1084       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1085
1086     lastMessage = pdbResNum + chain;
1087   }
1088
1089   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1090
1091   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1092
1093   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1094           String pdbfile)
1095   {
1096     if (!seqColoursReady)
1097     {
1098       return;
1099     }
1100
1101     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1102     {
1103       return;
1104     }
1105
1106     int index = -1;
1107     Bond tmpBond;
1108     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1109     {
1110       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1111       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1112       {
1113         if (highlightBond1 != null)
1114         {
1115           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1116         }
1117
1118         if (highlightBond2 != null)
1119         {
1120           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1121         }
1122
1123         highlightBond1 = null;
1124         highlightBond2 = null;
1125
1126         if (index > 0)
1127         {
1128           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1129           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1130         }
1131
1132         if (index != mainchain.bonds.size())
1133         {
1134           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1135           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1136         }
1137
1138         break;
1139       }
1140     }
1141
1142     redrawneeded = true;
1143     repaint();
1144   }
1145
1146   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1147           String pdbfile)
1148   {
1149     return Color.white;
1150     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1151     // return null;
1152
1153     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1154   }
1155
1156   public void updateColours(Object source)
1157   {
1158     colourBySequence();
1159     redrawneeded = true;
1160     repaint();
1161   }
1162
1163   @Override
1164   public void releaseReferences(Object svl)
1165   {
1166     // TODO Auto-generated method stub
1167
1168   }
1169
1170 }