src/com/stevesoft/pat/wrap/RandomAccessFileWrap.java

   1 //
   2 // This software is now distributed according to
   3 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
   4 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
   5 // the details.
   6 //    -- Happy Computing!
   7 //
   8 package com.stevesoft.pat.wrap;
   9
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.io.RandomAccessFile;
  14
  15 import com.stevesoft.pat.BasicStringBufferLike;
  16 import com.stevesoft.pat.Regex;
  17 import com.stevesoft.pat.StringLike;
  18
  19 /**
  20  * Provides a wrapper for a RandomAccessFile so that it can be searched by
  21  * Regex.
  22  */
  23 public class RandomAccessFileWrap implements StringLike
  24 {
  25
  26   long offset = 0;
  27
  28   public void setOffset(long o)
  29   {
  30     offset = o;
  31     i0 = iend = 0;
  32   }
  33
  34   public long getOffset()
  35   {
  36     return offset;
  37   }
  38
  39   RandomAccessFile raf;
  40
  41   int i0 = 0, iend = 0;
  42
  43   byte[] buf = new byte[1024];
  44
  45   public int getBufferSize()
  46   {
  47     return buf.length;
  48   }
  49
  50   public void setBufferSize(int bs)
  51   {
  52     buf = new byte[bs];
  53     i0 = iend = 0;
  54   }
  55
  56   public RandomAccessFileWrap(String file) throws IOException
  57   {
  58     this.raf = new RandomAccessFile(file, "r");
  59   }
  60
  61   public RandomAccessFileWrap(RandomAccessFile raf)
  62   {
  63     this.raf = raf;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public char charAt(int i)
  68   {
  69     if (i >= i0 && i < iend)
  70     {
  71       return (char) buf[i - i0];
  72     }
  73
  74     try
  75     {
  76       i0 = i - 5;
  77       // if(i0+offset<0) i0=(int)(-offset);
  78       if (i0 < 0)
  79       {
  80         i0 = 0;
  81       }
  82       raf.seek(i0 + offset);
  83       iend = i0 + raf.read(buf, 0, buf.length);
  84
  85       if (i >= i0 && i < iend)
  86       {
  87         return (char) buf[i - i0];
  88       }
  89     } catch (Throwable t)
  90     {
  91     }
  92
  93     throw new ArrayIndexOutOfBoundsException(MessageManager
  94             .formatMessage("exception.out_of_bounds_for_file", new String[]
  95             { Integer.valueOf(i).toString(), Integer.valueOf(i0).toString(),
  96                 Integer.valueOf(iend).toString() }));
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String toString()
 101   {
 102     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_implemented"));
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public int length()
 107   {
 108     try
 109     {
 110       long len = raf.length() - offset;
 111       if (len > Integer.MAX_VALUE)
 112       {
 113         return Integer.MAX_VALUE;
 114       }
 115       return (int) len;
 116     } catch (IOException ioe)
 117     {
 118       return 0;
 119     }
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public String substring(int i1, int i2)
 124   {
 125     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 126     for (int i = i1; i < i2; i++)
 127     {
 128       sb.append(charAt(i));
 129     }
 130     return sb.toString();
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public Object unwrap()
 135   {
 136     return raf;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * @j2sIgnore
 141    *
 142    * @param files
 143    * @throws IOException
 144    */
 145   public static void main(String[] files) throws IOException
 146   {
 147     for (int i = 0; i < files.length; i++)
 148     {
 149       RandomAccessFileWrap fw = new RandomAccessFileWrap(
 150               new RandomAccessFile(files[i], "r"));
 151       Regex r = new Regex("toString\\(\\) *(?@{})");
 152       r.setGFlag(true);
 153       r.optimize();
 154       System.out.print(files[i] + " ");
 155       int j = 0;
 156       do
 157       {
 158         if (r.searchFrom(fw, j))
 159         {
 160           System.out.println("Matched at index: " + r.matchedFrom());
 161           j = r.matchedTo();
 162         }
 163         else
 164         {
 165           System.out.println("not found");
 166         }
 167         System.out.println(r.stringMatched());
 168       } while (r.didMatch());
 169     }
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public BasicStringBufferLike newStringBufferLike()
 174   {
 175     return new StringBufferWrap();
 176   }
 177
 178   @Override
 179   public int indexOf(char c)
 180   {
 181     for (int i = 0; i < length(); i++)
 182     {
 183       if (charAt(i) == c)
 184       {
 185         return i;
 186       }
 187     }
 188     return -1;
 189   }
 190 }