src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.schemes.ScoreMatrix;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 public abstract class PairwiseSeqScoreModel implements ScoreModelI
  29 {
  30   abstract public int getPairwiseScore(char c, char d);
  31
  32   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  33   {
  34     String[] sequenceString = seqData
  35             .getSequenceStrings(Comparison.GapChars.charAt(0));
  36     int noseqs = sequenceString.length;
  37     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  38
  39     int maxscore = 0;
  40     int end = sequenceString[0].length();
  41     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  42     {
  43       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  44       {
  45         int score = 0;
  46
  47         for (int k = 0; k < end; k++)
  48         {
  49           try
  50           {
  51             score += getPairwiseScore(sequenceString[i].charAt(k),
  52                     sequenceString[j].charAt(k));
  53           } catch (Exception ex)
  54           {
  55             System.err.println("err creating " + getName() + " tree");
  56             ex.printStackTrace();
  57           }
  58         }
  59
  60         distance[i][j] = (float) score;
  61
  62         if (score > maxscore)
  63         {
  64           maxscore = score;
  65         }
  66       }
  67     }
  68
  69     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  70     {
  71       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  72       {
  73         distance[i][j] = (float) maxscore - distance[i][j];
  74         distance[j][i] = distance[i][j];
  75       }
  76     }
  77     return distance;
  78   }
  79
  80   abstract public int[][] getMatrix();
  81 }