src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.Conservation;
  25 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  36 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  37 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  38 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  39 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  40 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  41 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  42 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  43 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  44 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  45 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  46 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  47 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.UrlLink;
  50
  51 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  52 import java.awt.Frame;
  53 import java.awt.Menu;
  54 import java.awt.MenuItem;
  55 import java.awt.event.ActionEvent;
  56 import java.awt.event.ActionListener;
  57 import java.awt.event.ItemEvent;
  58 import java.awt.event.ItemListener;
  59 import java.util.Vector;
  60
  61 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  62         ActionListener, ItemListener
  63 {
  64   Menu groupMenu = new Menu();
  65
  66   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  67
  68   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  69
  70   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  71
  72   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  73
  74   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  75
  76   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  77
  78   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  79
  80   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  81
  82   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  83
  84   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  87
  88   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  89
  90   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  91
  92   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  93
  94   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  95
  96   final AlignmentPanel ap;
  97
  98   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  99
 100   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 103
 104   Menu colourMenu = new Menu();
 105
 106   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 107
 108   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 109
 110   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 111
 112   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 113
 114   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 115
 116   MenuItem copy = new MenuItem(
 117           MessageManager.getString("label.jalview_copy"));
 118
 119   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_cut"));
 120
 121   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 122           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 123
 124   MenuItem toLower = new MenuItem(
 125           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 126
 127   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 128           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 129
 130   Menu outputmenu = new Menu();
 131
 132   Menu seqMenu = new Menu();
 133
 134   MenuItem pdb = new MenuItem();
 135
 136   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 137
 138   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 139
 140   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 141           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 142
 143   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 144           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 145
 146   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 147           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 148
 149   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 151
 152   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 153           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 154
 155   Sequence seq;
 156
 157   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 158
 159   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 160
 161   /**
 162    * index of sequence to be revealed
 163    */
 164   int revealSeq_index = -1;
 165
 166   Menu menu1 = new Menu();
 167
 168   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 169   {
 170     // /////////////////////////////////////////////////////////
 171     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 172     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 173     //
 174     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 175     // ////////////////////////////////////////////////////////
 176
 177     this.ap = apanel;
 178     this.seq = seq;
 179
 180     try
 181     {
 182       jbInit();
 183     } catch (Exception e)
 184     {
 185       e.printStackTrace();
 186     }
 187
 188     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 189     {
 190       MenuItem item = new MenuItem(
 191               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 192
 193       item.addActionListener(this);
 194       outputmenu.add(item);
 195     }
 196
 197     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 198
 199     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 200     {
 201       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 202               "label.name_param", new String[]
 203               { sg.getName() }));
 204       showText.setState(sg.getDisplayText());
 205       showColourText.setState(sg.getColourText());
 206       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 207       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 208       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 209       {
 210         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 211         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 212       }
 213       else
 214       {
 215         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 216         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 217       }
 218
 219     }
 220     else
 221     {
 222       remove(hideSeqs);
 223       remove(groupMenu);
 224     }
 225
 226     if (links != null && links.size() > 0)
 227     {
 228       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 229       String link;
 230       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 231       {
 232         link = links.elementAt(i).toString();
 233         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 234         if (!urlLink.isValid())
 235         {
 236           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 237           continue;
 238         }
 239         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 240         // link.indexOf("|"));
 241         final String label = urlLink.getLabel();
 242         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 243         {
 244
 245           // collect matching db-refs
 246           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 247                   seq.getDBRef(), new String[]
 248                   { target });
 249           // collect id string too
 250           String id = seq.getName();
 251           String descr = seq.getDescription();
 252           if (descr != null && descr.length() < 1)
 253           {
 254             descr = null;
 255           }
 256           if (dbr != null)
 257           {
 258             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 259             {
 260               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 261               {
 262                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 263                 // string with this link
 264                 id = null;
 265               }
 266               // create Bare ID link for this RUL
 267               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 268                       true);
 269               if (urls != null)
 270               {
 271                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 272                 {
 273                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 274                 }
 275               }
 276             }
 277           }
 278           if (id != null)
 279           {
 280             // create Bare ID link for this RUL
 281             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 282             if (urls != null)
 283             {
 284               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 285               {
 286                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 287               }
 288             }
 289             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 290           }
 291           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 292           // URL links
 293           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 294           {
 295             // create link for this URL from description only if regex matches
 296             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 297             if (urls != null)
 298             {
 299               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 300               {
 301                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 302               }
 303             }
 304           }
 305         }
 306         else
 307         {
 308           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 309         }
 310         /*
 311          * final String url;
 312          *
 313          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 314          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 315          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 316          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 317          *
 318          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 319          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 320          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 321          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 322          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 323          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 324          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 325          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 326          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 327          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 328          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 329          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 330          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 331          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 332          */
 333       }
 334       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 335       {
 336         if (seq != null)
 337         {
 338           seqMenu.add(linkMenu);
 339         }
 340         else
 341         {
 342           add(linkMenu);
 343         }
 344       }
 345     }
 346     // TODO: add group link menu entry here
 347     if (seq != null)
 348     {
 349       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 350       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 351               "label.represent_group_with", new String[]
 352               { seq.getName() }));
 353     }
 354     else
 355     {
 356       remove(seqMenu);
 357     }
 358
 359     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 360     {
 361       remove(revealAll);
 362       remove(revealSeq);
 363     }
 364     else
 365     {
 366       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 367
 368       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 369               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 370       {
 371         revealSeq_index = index;
 372       }
 373       else
 374       {
 375         remove(revealSeq);
 376       }
 377     }
 378   }
 379
 380   /**
 381    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 382    *
 383    * @param linkMenu
 384    * @param target
 385    *          - menu label string
 386    * @param url
 387    *          - url to open
 388    */
 389   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 390           final String url)
 391   {
 392     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 393   }
 394
 395   /**
 396    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 397    *
 398    * @param linkMenu
 399    * @param target
 400    *          - URL target window
 401    * @param label
 402    *          - menu label string
 403    * @param url
 404    *          - url to open
 405    */
 406   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 407           final String label, final String url)
 408   {
 409     MenuItem item = new MenuItem(label);
 410     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 411     {
 412       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 413       {
 414         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 415       }
 416     });
 417     linkMenu.add(item);
 418   }
 419
 420   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 421   {
 422     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 423     {
 424       abovePIDColour_itemStateChanged();
 425     }
 426     else if (evt.getSource() == showColourText)
 427     {
 428       showColourText_itemStateChanged();
 429     }
 430     else if (evt.getSource() == showText)
 431     {
 432       showText_itemStateChanged();
 433     }
 434     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 435     {
 436       showBoxes_itemStateChanged();
 437     }
 438     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 439     {
 440       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 441     }
 442   }
 443
 444   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 445   {
 446     Object source = evt.getSource();
 447     if (source == clustalColour)
 448     {
 449       clustalColour_actionPerformed();
 450     }
 451     else if (source == zappoColour)
 452     {
 453       zappoColour_actionPerformed();
 454     }
 455     else if (source == taylorColour)
 456     {
 457       taylorColour_actionPerformed();
 458     }
 459     else if (source == hydrophobicityColour)
 460     {
 461       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 462     }
 463     else if (source == helixColour)
 464     {
 465       helixColour_actionPerformed();
 466     }
 467     else if (source == strandColour)
 468     {
 469       strandColour_actionPerformed();
 470     }
 471     else if (source == turnColour)
 472     {
 473       turnColour_actionPerformed();
 474     }
 475     else if (source == buriedColour)
 476     {
 477       buriedColour_actionPerformed();
 478     }
 479     else if (source == nucleotideMenuItem)
 480     {
 481       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 482     }
 483
 484     else if (source == userDefinedColour)
 485     {
 486       userDefinedColour_actionPerformed();
 487     }
 488     else if (source == PIDColour)
 489     {
 490       PIDColour_actionPerformed();
 491     }
 492     else if (source == BLOSUM62Colour)
 493     {
 494       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 495     }
 496     else if (source == noColourmenuItem)
 497     {
 498       noColourmenuItem_actionPerformed();
 499     }
 500     else if (source == conservationMenuItem)
 501     {
 502       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 503     }
 504     else if (source == unGroupMenuItem)
 505     {
 506       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 507     }
 508
 509     else if (source == createGroupMenuItem)
 510     {
 511       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 512     }
 513
 514     else if (source == sequenceName)
 515     {
 516       editName();
 517     }
 518     else if (source == sequenceDetails)
 519     {
 520       showSequenceDetails();
 521     }
 522     else if (source == selSeqDetails)
 523     {
 524       showSequenceSelectionDetails();
 525     }
 526     else if (source == pdb)
 527     {
 528       addPDB();
 529     }
 530     else if (source == hideSeqs)
 531     {
 532       hideSequences(false);
 533     }
 534     else if (source == repGroup)
 535     {
 536       hideSequences(true);
 537     }
 538     else if (source == revealSeq)
 539     {
 540       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 541     }
 542     else if (source == revealAll)
 543     {
 544       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 545     }
 546
 547     else if (source == editGroupName)
 548     {
 549       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 550               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 551               "Group Description", ap.alignFrame,
 552               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 553
 554       if (dialog.accept)
 555       {
 556         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 557         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 558       }
 559
 560     }
 561     else if (source == copy)
 562     {
 563       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 564     }
 565     else if (source == cut)
 566     {
 567       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 568     }
 569     else if (source == editSequence)
 570     {
 571       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 572
 573       if (sg != null)
 574       {
 575         if (seq == null)
 576         {
 577           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 578         }
 579
 580         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 581                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 582                 "Edit Sequence ", null,
 583
 584                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 585
 586         if (dialog.accept)
 587         {
 588           EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 589                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 590                           ap.av.getGapCharacter()),
 591                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 592                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 593                   ap.av.getAlignment());
 594
 595           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 596
 597           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 598                   .getSequences());
 599         }
 600       }
 601     }
 602     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 603     {
 604       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 605       Vector regions = new Vector();
 606       if (sg != null)
 607       {
 608         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 609                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 610
 611         String description;
 612         int caseChange;
 613
 614         if (source == toggleCase)
 615         {
 616           description = "Toggle Case";
 617           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 618         }
 619         else if (source == toUpper)
 620         {
 621           description = "To Upper Case";
 622           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 623         }
 624         else
 625         {
 626           description = "To Lower Case";
 627           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 628         }
 629
 630         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 631                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 632                 startEnd, caseChange);
 633
 634         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 635
 636         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 637                 .getSequences());
 638
 639       }
 640     }
 641     else if (source == sequenceFeature)
 642     {
 643       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 644       if (sg == null)
 645       {
 646         return;
 647       }
 648
 649       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 650       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 651       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 652
 653       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 654       {
 655         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 656         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 657         if (start <= end)
 658         {
 659           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 660           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 661                   end, "Jalview");
 662           rsize++;
 663         }
 664       }
 665       rseqs = new SequenceI[rsize];
 666       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 667       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 668       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 669       features = tfeatures;
 670       seqs = rseqs;
 671
 672       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 673               features, true, ap))
 674       {
 675         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 676         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 677         ap.highlightSearchResults(null);
 678       }
 679     }
 680     else
 681     {
 682       outputText(evt);
 683     }
 684
 685   }
 686
 687   void outputText(ActionEvent e)
 688   {
 689     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 690
 691     Frame frame = new Frame();
 692     frame.add(cap);
 693     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 694             "label.selection_output_command", new String[]
 695             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 696     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 697     // now returns a full copy of sequence data
 698     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 699
 700     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 701             e.getActionCommand(),
 702             ap.av.showJVSuffix, ap.av, true));
 703
 704   }
 705
 706   protected void showSequenceSelectionDetails()
 707   {
 708     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 709   }
 710
 711   protected void showSequenceDetails()
 712   {
 713     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 714     { seq });
 715   }
 716
 717   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 718   {
 719
 720     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 721
 722     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 723     for (SequenceI seq : sequences)
 724     {
 725       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 726               "label.annotation_for_displayid", new String[]
 727               { seq.getDisplayId(true) }));
 728       new SequenceAnnotationReport(null)
 729               .createSequenceAnnotationReport(
 730                       contents,
 731                       seq,
 732                       true,
 733                       true,
 734                       false,
 735                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 736                               : null);
 737       contents.append("</p>");
 738     }
 739     Frame frame = new Frame();
 740     frame.add(cap);
 741     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 742             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 743                     : "Selection"), 600, 500);
 744     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 745             new String[]
 746             { contents.toString() }));
 747   }
 748
 749   void editName()
 750   {
 751     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 752             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 753             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 754             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 755
 756     if (dialog.accept)
 757     {
 758       seq.setName(dialog.getName());
 759       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 760       ap.paintAlignment(false);
 761     }
 762   }
 763
 764   void addPDB()
 765   {
 766     if (seq.getPDBId() != null)
 767     {
 768       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 769
 770       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 771       {
 772         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 773         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 774       }
 775       else
 776       {
 777         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 778         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 779       }
 780
 781     }
 782     else
 783     {
 784       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 785       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 786       cap.setPDBImport(seq);
 787       Frame frame = new Frame();
 788       frame.add(cap);
 789       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 790               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new String[]
 791               { seq.getName() }), 400, 300);
 792     }
 793   }
 794
 795   private void jbInit() throws Exception
 796   {
 797     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 798     sequenceFeature.addActionListener(this);
 799
 800     editGroupName.addActionListener(this);
 801     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 802             .getString("action.remove_group"));
 803     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 804
 805     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 806             .getString("action.create_group"));
 807     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 808
 809     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 810             .getString("label.nucleotide"));
 811     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 812     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 813     abovePIDColour.addItemListener(this);
 814     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 815     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 816     showBoxes.setState(true);
 817     showBoxes.addItemListener(this);
 818     sequenceName.addActionListener(this);
 819     sequenceDetails.addActionListener(this);
 820     selSeqDetails.addActionListener(this);
 821     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 822             .getString("label.show_non_conversed"));
 823     displayNonconserved.setState(false);
 824     displayNonconserved.addItemListener(this);
 825     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 826     showText.addItemListener(this);
 827     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 828     showColourText.addItemListener(this);
 829     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 830     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 831     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 832     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 833     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 834             "label.represent_group_with", new String[]
 835             { "" }));
 836     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 837     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 838     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 839     add(groupMenu);
 840     this.add(seqMenu);
 841     this.add(hideSeqs);
 842     this.add(revealSeq);
 843     this.add(revealAll);
 844     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 845     groupMenu.add(editMenu);
 846     groupMenu.add(outputmenu);
 847     groupMenu.add(sequenceFeature);
 848     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 849     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 850     groupMenu.add(menu1);
 851
 852     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 853     colourMenu.add(clustalColour);
 854     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 855     colourMenu.add(PIDColour);
 856     colourMenu.add(zappoColour);
 857     colourMenu.add(taylorColour);
 858     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 859     colourMenu.add(helixColour);
 860     colourMenu.add(strandColour);
 861     colourMenu.add(turnColour);
 862     colourMenu.add(buriedColour);
 863     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 864     colourMenu.add(userDefinedColour);
 865     colourMenu.addSeparator();
 866     colourMenu.add(abovePIDColour);
 867     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 868
 869     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
 870     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 871
 872     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));
 873     clustalColour.addActionListener(this);
 874     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 875     zappoColour.addActionListener(this);
 876     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 877     taylorColour.addActionListener(this);
 878     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 879     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 880     helixColour.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 881     helixColour.addActionListener(this);
 882     strandColour.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 883     strandColour.addActionListener(this);
 884     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 885     turnColour.addActionListener(this);
 886     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 887     buriedColour.addActionListener(this);
 888     abovePIDColour.setLabel(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));
 889
 890     userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 891     userDefinedColour.addActionListener(this);
 892     PIDColour.setLabel(MessageManager.getString("action.percentage_identity"));
 893     PIDColour.addActionListener(this);
 894     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 895     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 896     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.conservation"));
 897
 898     editMenu.add(copy);
 899     copy.addActionListener(this);
 900     editMenu.add(cut);
 901     cut.addActionListener(this);
 902
 903     editMenu.add(editSequence);
 904     editSequence.addActionListener(this);
 905
 906     editMenu.add(toUpper);
 907     toUpper.addActionListener(this);
 908     editMenu.add(toLower);
 909     toLower.addActionListener(this);
 910     editMenu.add(toggleCase);
 911     seqMenu.add(sequenceName);
 912     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 913
 914     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 915     {
 916       seqMenu.add(pdb);
 917     }
 918     seqMenu.add(repGroup);
 919     menu1.add(editGroupName);
 920     menu1.add(colourMenu);
 921     menu1.add(showBoxes);
 922     menu1.add(showText);
 923     menu1.add(showColourText);
 924     menu1.add(displayNonconserved);
 925     toggleCase.addActionListener(this);
 926     pdb.addActionListener(this);
 927     hideSeqs.addActionListener(this);
 928     repGroup.addActionListener(this);
 929     revealAll.addActionListener(this);
 930     revealSeq.addActionListener(this);
 931   }
 932
 933   void refresh()
 934   {
 935     ap.paintAlignment(true);
 936   }
 937
 938   protected void clustalColour_actionPerformed()
 939   {
 940     SequenceGroup sg = getGroup();
 941     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 942     refresh();
 943   }
 944
 945   protected void zappoColour_actionPerformed()
 946   {
 947     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 948     refresh();
 949   }
 950
 951   protected void taylorColour_actionPerformed()
 952   {
 953     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 954     refresh();
 955   }
 956
 957   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 958   {
 959     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 960     refresh();
 961   }
 962
 963   protected void helixColour_actionPerformed()
 964   {
 965     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 966     refresh();
 967   }
 968
 969   protected void strandColour_actionPerformed()
 970   {
 971     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 972     refresh();
 973   }
 974
 975   protected void turnColour_actionPerformed()
 976   {
 977     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 978     refresh();
 979   }
 980
 981   protected void buriedColour_actionPerformed()
 982   {
 983     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 984     refresh();
 985   }
 986
 987   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 988   {
 989     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 990     refresh();
 991   }
 992
 993   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 994   {
 995     SequenceGroup sg = getGroup();
 996     if (sg.cs == null)
 997     {
 998       return;
 999     }
1000
1001     if (abovePIDColour.getState())
1002     {
1003       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1004               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1005       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1006               .getName());
1007
1008       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1009
1010       SliderPanel.showPIDSlider();
1011
1012     }
1013     else
1014     // remove PIDColouring
1015     {
1016       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1017     }
1018
1019     refresh();
1020
1021   }
1022
1023   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1024   {
1025     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1026   }
1027
1028   protected void PIDColour_actionPerformed()
1029   {
1030     SequenceGroup sg = getGroup();
1031     sg.cs = new PIDColourScheme();
1032     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1033             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1034     refresh();
1035   }
1036
1037   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1038   {
1039     SequenceGroup sg = getGroup();
1040
1041     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1042
1043     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1044             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1045
1046     refresh();
1047   }
1048
1049   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1050   {
1051     getGroup().cs = null;
1052     refresh();
1053   }
1054
1055   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1056   {
1057     SequenceGroup sg = getGroup();
1058     if (sg.cs == null)
1059     {
1060       return;
1061     }
1062
1063     if (conservationMenuItem.getState())
1064     {
1065
1066       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1067               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1068                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1069                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1070       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1071       SliderPanel.showConservationSlider();
1072     }
1073     else
1074     // remove ConservationColouring
1075     {
1076       sg.cs.setConservation(null);
1077     }
1078
1079     refresh();
1080   }
1081
1082   SequenceGroup getGroup()
1083   {
1084     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1085
1086     // this method won't add a new group if it already exists
1087     if (sg != null)
1088     {
1089       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1090     }
1091
1092     return sg;
1093   }
1094
1095   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1096   {
1097     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1098     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1099     ap.av.setSelectionGroup(null);
1100     ap.paintAlignment(true);
1101   }
1102
1103   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1104   {
1105     getGroup(); // implicitly create group
1106     refresh();
1107   }
1108
1109   public void showColourText_itemStateChanged()
1110   {
1111     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1112     refresh();
1113   }
1114
1115   public void showText_itemStateChanged()
1116   {
1117     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1118     refresh();
1119   }
1120
1121   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1122   {
1123     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1124     refresh();
1125   }
1126
1127   public void showBoxes_itemStateChanged()
1128   {
1129     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1130     refresh();
1131   }
1132
1133   void hideSequences(boolean representGroup)
1134   {
1135     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1136     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1137     {
1138       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1139       { seq });
1140       return;
1141     }
1142
1143     ap.av.setSelectionGroup(null);
1144
1145     if (representGroup)
1146     {
1147       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1148
1149       return;
1150     }
1151
1152     int gsize = sg.getSize();
1153     SequenceI[] hseqs;
1154
1155     hseqs = new SequenceI[gsize];
1156
1157     int index = 0;
1158     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1159     {
1160       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1161     }
1162
1163     ap.av.hideSequence(hseqs);
1164     ap.av.sendSelection();
1165   }
1166
1167 }