src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.util.UrlLink;
  32 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  33 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  34
  35 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  36         ActionListener, ItemListener
  37 {
  38   Menu groupMenu = new Menu();
  39
  40   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  55
  56   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  57
  58   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  59
  60   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  63
  64   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  65
  66   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  67
  68   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  69
  70   final AlignmentPanel ap;
  71
  72   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
  75
  76   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  77
  78   Menu colourMenu = new Menu();
  79
  80   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
  89
  90   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_copy"));
  91
  92   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_cut"));
  93
  94   MenuItem toUpper = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
  95
  96   MenuItem toLower = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
  97
  98   MenuItem toggleCase = new MenuItem(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
  99
 100   Menu outputmenu = new Menu();
 101
 102   Menu seqMenu = new Menu();
 103
 104   MenuItem pdb = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 107
 108   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 109
 110   MenuItem sequenceName = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 111
 112   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 113
 114   MenuItem editSequence = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 115
 116   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 117
 118   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 119
 120   Sequence seq;
 121
 122   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 123
 124   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 125
 126   /**
 127    * index of sequence to be revealed
 128    */
 129   int revealSeq_index = -1;
 130
 131   Menu menu1 = new Menu();
 132
 133   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 134   {
 135     // /////////////////////////////////////////////////////////
 136     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 137     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 138     //
 139     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 140     // ////////////////////////////////////////////////////////
 141
 142     this.ap = apanel;
 143     this.seq = seq;
 144
 145     try
 146     {
 147       jbInit();
 148     } catch (Exception e)
 149     {
 150       e.printStackTrace();
 151     }
 152
 153     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 154     {
 155       MenuItem item = new MenuItem(
 156               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 157
 158       item.addActionListener(this);
 159       outputmenu.add(item);
 160     }
 161
 162     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 163
 164     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 165     {
 166       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.name_param", new String[]{sg.getName()}));
 167       showText.setState(sg.getDisplayText());
 168       showColourText.setState(sg.getColourText());
 169       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 170       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 171       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 172       {
 173         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 174         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 175       } else {
 176         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 177         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 178       }
 179
 180     }
 181     else
 182     {
 183       remove(hideSeqs);
 184       remove(groupMenu);
 185     }
 186
 187     if (links != null && links.size() > 0)
 188     {
 189       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 190       String link;
 191       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 192       {
 193         link = links.elementAt(i).toString();
 194         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 195         if (!urlLink.isValid())
 196         {
 197           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 198           continue;
 199         }
 200         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 201         // link.indexOf("|"));
 202         final String label = urlLink.getLabel();
 203         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 204         {
 205
 206           // collect matching db-refs
 207           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 208                   seq.getDBRef(), new String[]
 209                   { target });
 210           // collect id string too
 211           String id = seq.getName();
 212           String descr = seq.getDescription();
 213           if (descr != null && descr.length() < 1)
 214           {
 215             descr = null;
 216           }
 217           if (dbr != null)
 218           {
 219             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 220             {
 221               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 222               {
 223                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 224                 // string with this link
 225                 id = null;
 226               }
 227               // create Bare ID link for this RUL
 228               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 229                       true);
 230               if (urls != null)
 231               {
 232                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 233                 {
 234                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 235                 }
 236               }
 237             }
 238           }
 239           if (id != null)
 240           {
 241             // create Bare ID link for this RUL
 242             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 243             if (urls != null)
 244             {
 245               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 246               {
 247                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 248               }
 249             }
 250             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 251           }
 252           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 253           // URL links
 254           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 255           {
 256             // create link for this URL from description only if regex matches
 257             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 258             if (urls != null)
 259             {
 260               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 261               {
 262                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 263               }
 264             }
 265           }
 266         }
 267         else
 268         {
 269           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 270         }
 271         /*
 272          * final String url;
 273          *
 274          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 275          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 276          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 277          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 278          *
 279          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 280          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 281          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 282          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 283          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 284          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 285          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 286          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 287          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 288          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 289          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 290          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 291          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 292          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 293          */
 294       }
 295       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 296       {
 297         if (seq != null)
 298         {
 299           seqMenu.add(linkMenu);
 300         }
 301         else
 302         {
 303           add(linkMenu);
 304         }
 305       }
 306     }
 307     // TODO: add group link menu entry here
 308     if (seq != null)
 309     {
 310       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 311       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{seq.getName()}));
 312     }
 313     else
 314     {
 315       remove(seqMenu);
 316     }
 317
 318     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 319     {
 320       remove(revealAll);
 321       remove(revealSeq);
 322     }
 323     else
 324     {
 325       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 326
 327       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 328               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 329       {
 330         revealSeq_index = index;
 331       }
 332       else
 333       {
 334         remove(revealSeq);
 335       }
 336     }
 337   }
 338
 339   /**
 340    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 341    *
 342    * @param linkMenu
 343    * @param target
 344    *          - menu label string
 345    * @param url
 346    *          - url to open
 347    */
 348   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 349           final String url)
 350   {
 351     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 352   }
 353
 354   /**
 355    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 356    *
 357    * @param linkMenu
 358    * @param target
 359    *          - URL target window
 360    * @param label
 361    *          - menu label string
 362    * @param url
 363    *          - url to open
 364    */
 365   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 366           final String label, final String url)
 367   {
 368     MenuItem item = new MenuItem(label);
 369     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 370     {
 371       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 372       {
 373         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 374       }
 375     });
 376     linkMenu.add(item);
 377   }
 378
 379   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 380   {
 381     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 382     {
 383       abovePIDColour_itemStateChanged();
 384     }
 385     else if (evt.getSource() == showColourText)
 386     {
 387       showColourText_itemStateChanged();
 388     }
 389     else if (evt.getSource() == showText)
 390     {
 391       showText_itemStateChanged();
 392     }
 393     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 394     {
 395       showBoxes_itemStateChanged();
 396     }
 397     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 398     {
 399       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 400     }
 401   }
 402
 403   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 404   {
 405     Object source = evt.getSource();
 406     if (source == clustalColour)
 407     {
 408       clustalColour_actionPerformed();
 409     }
 410     else if (source == zappoColour)
 411     {
 412       zappoColour_actionPerformed();
 413     }
 414     else if (source == taylorColour)
 415     {
 416       taylorColour_actionPerformed();
 417     }
 418     else if (source == hydrophobicityColour)
 419     {
 420       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 421     }
 422     else if (source == helixColour)
 423     {
 424       helixColour_actionPerformed();
 425     }
 426     else if (source == strandColour)
 427     {
 428       strandColour_actionPerformed();
 429     }
 430     else if (source == turnColour)
 431     {
 432       turnColour_actionPerformed();
 433     }
 434     else if (source == buriedColour)
 435     {
 436       buriedColour_actionPerformed();
 437     }
 438     else if (source == nucleotideMenuItem)
 439     {
 440       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 441     }
 442
 443     else if (source == userDefinedColour)
 444     {
 445       userDefinedColour_actionPerformed();
 446     }
 447     else if (source == PIDColour)
 448     {
 449       PIDColour_actionPerformed();
 450     }
 451     else if (source == BLOSUM62Colour)
 452     {
 453       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 454     }
 455     else if (source == noColourmenuItem)
 456     {
 457       noColourmenuItem_actionPerformed();
 458     }
 459     else if (source == conservationMenuItem)
 460     {
 461       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 462     }
 463     else if (source == unGroupMenuItem)
 464     {
 465       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 466     }
 467
 468     else if (source == createGroupMenuItem)
 469     {
 470       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 471     }
 472
 473     else if (source == sequenceName)
 474     {
 475       editName();
 476     }
 477     else if (source == sequenceDetails)
 478     {
 479       showSequenceDetails();
 480     }
 481     else if (source == selSeqDetails)
 482     {
 483       showSequenceSelectionDetails();
 484     }
 485     else if (source == pdb)
 486     {
 487       addPDB();
 488     }
 489     else if (source == hideSeqs)
 490     {
 491       hideSequences(false);
 492     }
 493     else if (source == repGroup)
 494     {
 495       hideSequences(true);
 496     }
 497     else if (source == revealSeq)
 498     {
 499       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 500     }
 501     else if (source == revealAll)
 502     {
 503       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 504     }
 505
 506     else if (source == editGroupName)
 507     {
 508       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 509               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 510               "Group Description", ap.alignFrame,
 511               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 512
 513       if (dialog.accept)
 514       {
 515         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 516         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 517       }
 518
 519     }
 520     else if (source == copy)
 521     {
 522       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 523     }
 524     else if (source == cut)
 525     {
 526       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 527     }
 528     else if (source == editSequence)
 529     {
 530       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 531
 532       if (sg != null)
 533       {
 534         if (seq == null)
 535           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 536
 537         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 538                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 539                 "Edit Sequence ", null,
 540
 541                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 542
 543         if (dialog.accept)
 544         {
 545           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 546                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 547                           ap.av.getGapCharacter()),
 548                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 549                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 550                   ap.av.getAlignment());
 551
 552           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 553
 554           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 555                   .getSequences());
 556         }
 557       }
 558     }
 559     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 560     {
 561       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 562       Vector regions = new Vector();
 563       if (sg != null)
 564       {
 565         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 566                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 567
 568         String description;
 569         int caseChange;
 570
 571         if (source == toggleCase)
 572         {
 573           description = "Toggle Case";
 574           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 575         }
 576         else if (source == toUpper)
 577         {
 578           description = "To Upper Case";
 579           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 580         }
 581         else
 582         {
 583           description = "To Lower Case";
 584           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 585         }
 586
 587         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 588                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 589                 startEnd, caseChange);
 590
 591         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 592
 593         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 594                 .getSequences());
 595
 596       }
 597     }
 598     else if (source == sequenceFeature)
 599     {
 600       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 601       if (sg == null)
 602       {
 603         return;
 604       }
 605
 606       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 607       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 608       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 609
 610       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 611       {
 612         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 613         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 614         if (start <= end)
 615         {
 616           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 617           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 618                   end, "Jalview");
 619           rsize++;
 620         }
 621       }
 622       rseqs = new SequenceI[rsize];
 623       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 624       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 625       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 626       features = tfeatures;
 627       seqs = rseqs;
 628
 629       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 630               features, true, ap))
 631       {
 632         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 633         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 634         ap.highlightSearchResults(null);
 635       }
 636     }
 637     else
 638     {
 639       outputText(evt);
 640     }
 641
 642   }
 643
 644   void outputText(ActionEvent e)
 645   {
 646     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 647
 648     Frame frame = new Frame();
 649     frame.add(cap);
 650     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 651                 MessageManager.formatMessage("label.selection_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}),600, 500);
 652     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 653     // now returns a full copy of sequence data
 654     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 655
 656     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 657             e.getActionCommand(),
 658             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 659             ap.av.showJVSuffix));
 660
 661   }
 662
 663   protected void showSequenceSelectionDetails()
 664   {
 665     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 666   }
 667
 668   protected void showSequenceDetails()
 669   {
 670     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 671     { seq });
 672   }
 673
 674   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 675   {
 676
 677     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 678
 679     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 680     for (SequenceI seq : sequences)
 681     {
 682       contents.append(MessageManager.formatMessage("label.annotation_for_displayid",new String[]{seq.getDisplayId(true)}));
 683       new SequenceAnnotationReport(null)
 684               .createSequenceAnnotationReport(
 685                       contents,
 686                       seq,
 687                       true,
 688                       true,
 689                       false,
 690                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 691                               : null);
 692       contents.append("</p>");
 693     }
 694     Frame frame = new Frame();
 695     frame.add(cap);
 696     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 697             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 698                     : "Selection"), 600, 500);
 699     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content", new String[]{contents.toString()}));
 700   }
 701
 702   void editName()
 703   {
 704     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 705             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 706             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 707             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 708
 709     if (dialog.accept)
 710     {
 711       seq.setName(dialog.getName());
 712       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 713       ap.paintAlignment(false);
 714     }
 715   }
 716
 717   void addPDB()
 718   {
 719     if (seq.getPDBId() != null)
 720     {
 721       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 722
 723       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 724         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 725         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 726       else
 727         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 728         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 729
 730     }
 731     else
 732     {
 733       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 734       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 735       cap.setPDBImport(seq);
 736       Frame frame = new Frame();
 737       frame.add(cap);
 738       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 739               MessageManager.formatMessage("label.paste_pdb_file_for_sequence",  new String[]{seq.getName()}), 400, 300);
 740     }
 741   }
 742
 743   private void jbInit() throws Exception
 744   {
 745     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 746     sequenceFeature.addActionListener(this);
 747
 748     editGroupName.addActionListener(this);
 749     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 750     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 751
 752     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.create_group"));
 753     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 754
 755     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide"));
 756     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 757     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 758     abovePIDColour.addItemListener(this);
 759     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 760     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("label.boxes"));
 761     showBoxes.setState(true);
 762     showBoxes.addItemListener(this);
 763     sequenceName.addActionListener(this);
 764     sequenceDetails.addActionListener(this);
 765     selSeqDetails.addActionListener(this);
 766     displayNonconserved.setLabel(MessageManager.getString("label.show_non_conversed"));
 767     displayNonconserved.setState(false);
 768     displayNonconserved.addItemListener(this);
 769     showText.setLabel(MessageManager.getString("label.text"));
 770     showText.addItemListener(this);
 771     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 772     showColourText.addItemListener(this);
 773     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 774     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 775     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 776     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 777     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{""}));
 778     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 779     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 780     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group")+":");
 781     add(groupMenu);
 782     this.add(seqMenu);
 783     this.add(hideSeqs);
 784     this.add(revealSeq);
 785     this.add(revealAll);
 786     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 787     groupMenu.add(editMenu);
 788     groupMenu.add(outputmenu);
 789     groupMenu.add(sequenceFeature);
 790     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 791     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 792     groupMenu.add(menu1);
 793
 794     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 795     colourMenu.add(clustalColour);
 796     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 797     colourMenu.add(PIDColour);
 798     colourMenu.add(zappoColour);
 799     colourMenu.add(taylorColour);
 800     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 801     colourMenu.add(helixColour);
 802     colourMenu.add(strandColour);
 803     colourMenu.add(turnColour);
 804     colourMenu.add(buriedColour);
 805     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 806     colourMenu.add(userDefinedColour);
 807     colourMenu.addSeparator();
 808     colourMenu.add(abovePIDColour);
 809     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 810
 811     noColourmenuItem.setLabel("None");
 812     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 813
 814     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 815     clustalColour.addActionListener(this);
 816     zappoColour.setLabel("Zappo");
 817     zappoColour.addActionListener(this);
 818     taylorColour.setLabel("Taylor");
 819     taylorColour.addActionListener(this);
 820     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 821     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 822     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 823     helixColour.addActionListener(this);
 824     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 825     strandColour.addActionListener(this);
 826     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 827     turnColour.addActionListener(this);
 828     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 829     buriedColour.addActionListener(this);
 830     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 831
 832     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 833     userDefinedColour.addActionListener(this);
 834     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 835     PIDColour.addActionListener(this);
 836     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 837     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 838     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 839
 840     editMenu.add(copy);
 841     copy.addActionListener(this);
 842     editMenu.add(cut);
 843     cut.addActionListener(this);
 844
 845     editMenu.add(editSequence);
 846     editSequence.addActionListener(this);
 847
 848     editMenu.add(toUpper);
 849     toUpper.addActionListener(this);
 850     editMenu.add(toLower);
 851     toLower.addActionListener(this);
 852     editMenu.add(toggleCase);
 853     seqMenu.add(sequenceName);
 854     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 855
 856     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 857     {
 858       seqMenu.add(pdb);
 859     }
 860     seqMenu.add(repGroup);
 861     menu1.add(editGroupName);
 862     menu1.add(colourMenu);
 863     menu1.add(showBoxes);
 864     menu1.add(showText);
 865     menu1.add(showColourText);
 866     menu1.add(displayNonconserved);
 867     toggleCase.addActionListener(this);
 868     pdb.addActionListener(this);
 869     hideSeqs.addActionListener(this);
 870     repGroup.addActionListener(this);
 871     revealAll.addActionListener(this);
 872     revealSeq.addActionListener(this);
 873   }
 874
 875   void refresh()
 876   {
 877     ap.paintAlignment(true);
 878   }
 879
 880   protected void clustalColour_actionPerformed()
 881   {
 882     SequenceGroup sg = getGroup();
 883     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 884     refresh();
 885   }
 886
 887   protected void zappoColour_actionPerformed()
 888   {
 889     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 890     refresh();
 891   }
 892
 893   protected void taylorColour_actionPerformed()
 894   {
 895     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 896     refresh();
 897   }
 898
 899   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 900   {
 901     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 902     refresh();
 903   }
 904
 905   protected void helixColour_actionPerformed()
 906   {
 907     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 908     refresh();
 909   }
 910
 911   protected void strandColour_actionPerformed()
 912   {
 913     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 914     refresh();
 915   }
 916
 917   protected void turnColour_actionPerformed()
 918   {
 919     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 920     refresh();
 921   }
 922
 923   protected void buriedColour_actionPerformed()
 924   {
 925     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 926     refresh();
 927   }
 928
 929   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 930   {
 931     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 932     refresh();
 933   }
 934
 935   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 936   {
 937     SequenceGroup sg = getGroup();
 938     if (sg.cs == null)
 939     {
 940       return;
 941     }
 942
 943     if (abovePIDColour.getState())
 944     {
 945       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 946               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 947       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 948               .getName());
 949
 950       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 951
 952       SliderPanel.showPIDSlider();
 953
 954     }
 955     else
 956     // remove PIDColouring
 957     {
 958       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 959     }
 960
 961     refresh();
 962
 963   }
 964
 965   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 966   {
 967     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 968   }
 969
 970   protected void PIDColour_actionPerformed()
 971   {
 972     SequenceGroup sg = getGroup();
 973     sg.cs = new PIDColourScheme();
 974     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 975             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 976     refresh();
 977   }
 978
 979   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 980   {
 981     SequenceGroup sg = getGroup();
 982
 983     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 984
 985     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 986             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 987
 988     refresh();
 989   }
 990
 991   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 992   {
 993     getGroup().cs = null;
 994     refresh();
 995   }
 996
 997   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 998   {
 999     SequenceGroup sg = getGroup();
1000     if (sg.cs == null)
1001     {
1002       return;
1003     }
1004
1005     if (conservationMenuItem.getState())
1006     {
1007
1008       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1009               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1010                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1011                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1012       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1013       SliderPanel.showConservationSlider();
1014     }
1015     else
1016     // remove ConservationColouring
1017     {
1018       sg.cs.setConservation(null);
1019     }
1020
1021     refresh();
1022   }
1023
1024   SequenceGroup getGroup()
1025   {
1026     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1027
1028     // this method won't add a new group if it already exists
1029     if (sg != null)
1030     {
1031       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1032     }
1033
1034     return sg;
1035   }
1036
1037   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1038   {
1039     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1040     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1041     ap.av.setSelectionGroup(null);
1042     ap.paintAlignment(true);
1043   }
1044
1045   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1046   {
1047     getGroup(); // implicitly create group
1048     refresh();
1049   }
1050
1051   public void showColourText_itemStateChanged()
1052   {
1053     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1054     refresh();
1055   }
1056
1057   public void showText_itemStateChanged()
1058   {
1059     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1060     refresh();
1061   }
1062
1063   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1064   {
1065     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1066     refresh();
1067   }
1068
1069   public void showBoxes_itemStateChanged()
1070   {
1071     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1072     refresh();
1073   }
1074
1075   void hideSequences(boolean representGroup)
1076   {
1077     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1078     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1079     {
1080       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1081       { seq });
1082       return;
1083     }
1084
1085     ap.av.setSelectionGroup(null);
1086
1087     if (representGroup)
1088     {
1089       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1090
1091       return;
1092     }
1093
1094     int gsize = sg.getSize();
1095     SequenceI[] hseqs;
1096
1097     hseqs = new SequenceI[gsize];
1098
1099     int index = 0;
1100     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1101     {
1102       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1103     }
1104
1105     ap.av.hideSequence(hseqs);
1106     ap.av.sendSelection();
1107   }
1108
1109 }