src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  29
  30 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  31         MouseListener, MouseMotionListener
  32 {
  33   Image image;
  34
  35   boolean active = false;
  36
  37   AlignmentPanel ap;
  38
  39   AlignViewport av;
  40
  41   boolean resizing = false;
  42
  43   int oldY, mouseX;
  44
  45   static String ADDNEW = "Add New Row";
  46
  47   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  48
  49   static String HIDE = "Hide This Row";
  50
  51   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  52
  53   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  54
  55   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  56
  57   int scrollOffset = 0;
  58
  59   int selectedRow = -1;
  60
  61   Tooltip tooltip;
  62
  63   private boolean hasHiddenRows;
  64
  65   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     this.av = ap.av;
  69     setLayout(null);
  70
  71     /**
  72      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  73      * it at the moment. java.net.URL url =
  74      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
  75      *
  76      * if (url != null) { temp =
  77      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
  78      *
  79      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
  80      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
  81      *
  82      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
  83      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
  84      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
  85      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
  86      */
  87     addMouseListener(this);
  88     addMouseMotionListener(this);
  89   }
  90
  91   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  92   {
  93     this.av = av;
  94   }
  95
  96   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
  97   {
  98     scrollOffset = y;
  99     if (repaint)
 100     {
 101       repaint();
 102     }
 103   }
 104
 105   /**
 106    *
 107    * @param y
 108    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 109    *         selected
 110    */
 111   int getSelectedRow(int y)
 112   {
 113     int row = -2;
 114     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 115             .getAlignmentAnnotation();
 116
 117     if (aa == null)
 118     {
 119       return row;
 120     }
 121     int height = 0;
 122     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 123     {
 124       row = -1;
 125       if (!aa[i].visible)
 126       {
 127         continue;
 128       }
 129       height += aa[i].height;
 130       if (y < height)
 131       {
 132         row = i;
 133         break;
 134       }
 135     }
 136
 137     return row;
 138   }
 139
 140   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 141   {
 142     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 143
 144     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 145     {
 146       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 147               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 148
 149       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 150       {
 151         return;
 152       }
 153
 154       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 155       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 156     }
 157     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 158     {
 159       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 160     }
 161     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 162     {
 163       aa[selectedRow].visible = false;
 164     }
 165     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 166     {
 167       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 168       {
 169         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 170       }
 171     }
 172     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 173     {
 174       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 175               ap.alignFrame);
 176       Frame frame = new Frame();
 177       frame.add(cap);
 178       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 179               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 180       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 181     }
 182     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 183     {
 184       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 185       if (cons != null)
 186       {
 187         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 188       }
 189
 190     }
 191     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 192     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 193     ap.validate();
 194     ap.paintAlignment(true);
 195   }
 196
 197   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 198   {
 199     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 200             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 201
 202     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 203             annotation.description, "      Annotation Label",
 204             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 205             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 206
 207     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 208     empty.add(padGaps);
 209     dialog.add(empty);
 210     dialog.pack();
 211
 212     dialog.setVisible(true);
 213
 214     if (dialog.accept)
 215     {
 216       annotation.label = dialog.getName();
 217       annotation.description = dialog.getDescription();
 218       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 219       repaint();
 220       return true;
 221     }
 222     else
 223       return false;
 224
 225   }
 226
 227   boolean resizePanel = false;
 228
 229   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 230   {
 231     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 232     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 233
 234     if (row > -1)
 235     {
 236       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 237               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 238                       .getDescription(true),
 239               true, "\n");
 240       if (tooltip == null)
 241       {
 242         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 243       }
 244       else
 245       {
 246         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 247       }
 248     }
 249     else if (tooltip != null)
 250     {
 251       tooltip.setTip("");
 252     }
 253   }
 254
 255   /**
 256    * curent drag position
 257    */
 258   MouseEvent dragEvent = null;
 259
 260   /**
 261    * flag to indicate drag events should be ignored
 262    */
 263   private boolean dragCancelled = false;
 264
 265   /**
 266    * clear any drag events in progress
 267    */
 268   public void cancelDrag()
 269   {
 270     dragEvent = null;
 271     dragCancelled = true;
 272   }
 273
 274   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 275   {
 276     if (dragCancelled)
 277     {
 278       return;
 279     }
 280     ;
 281     dragEvent = evt;
 282
 283     if (resizePanel)
 284     {
 285       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 286               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 287       int dif = evt.getY() - oldY;
 288
 289       dif /= ap.av.charHeight;
 290       dif *= ap.av.charHeight;
 291
 292       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 293       {
 294         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 295         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 296         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 297                 d.height - dif));
 298         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 299                 - dif));
 300         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 301                 av.calcPanelHeight());
 302         f.height += dif;
 303         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 304         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 305         ap.validate();
 306         // ap.paintAlignment(true);
 307         ap.addNotify();
 308       }
 309
 310     }
 311     else
 312     {
 313       int diff;
 314       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 315       {
 316         // nudge scroll up
 317         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 318         ap.adjustmentValueChanged(null);
 319
 320       }
 321       else if ((0 < (diff = 6
 322               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 323               + evt.getY())))
 324       {
 325         // nudge scroll down
 326         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 327         ap.adjustmentValueChanged(null);
 328       }
 329       repaint();
 330     }
 331   }
 332
 333   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 334   {
 335   }
 336
 337   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 338   {
 339     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 340     {
 341       int start = selectedRow;
 342
 343       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 344
 345       if (start > -1 && start != end)
 346       {
 347         // Swap these annotations
 348         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 349                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 350         if (end == -1)
 351         {
 352           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 353         }
 354         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 355                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 356
 357         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 358         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 359       }
 360     }
 361     resizePanel = false;
 362     dragEvent = null;
 363     dragCancelled = false;
 364     repaint();
 365     ap.annotationPanel.repaint();
 366   }
 367
 368   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 369   {
 370     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 371     {
 372       resizePanel = true;
 373       repaint();
 374     }
 375   }
 376
 377   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 378   {
 379     dragCancelled = false;
 380
 381     if (dragEvent == null)
 382     {
 383       resizePanel = false;
 384     }
 385     else
 386     {
 387       if (!resizePanel)
 388       {
 389         dragEvent = null;
 390       }
 391     }
 392     repaint();
 393   }
 394
 395   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 396   {
 397     oldY = evt.getY();
 398     if (resizePanel)
 399     {
 400       return;
 401     }
 402     dragCancelled = false;
 403     // todo: move below to mouseClicked ?
 404     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 405
 406     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 407             .getAlignmentAnnotation();
 408
 409     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 410     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 411     {
 412
 413       PopupMenu popup = new PopupMenu(MessageManager.getString("label.annotations"));
 414
 415       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 416       item.addActionListener(this);
 417       popup.add(item);
 418       if (selectedRow < 0)
 419       {
 420         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 421         if (hasHiddenRows)
 422         {
 423           item = new MenuItem(SHOWALL);
 424           item.addActionListener(this);
 425           popup.add(item);
 426         }
 427         this.add(popup);
 428         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 429         return;
 430       }
 431       // add the rest if there are actually rows to show
 432       item = new MenuItem(EDITNAME);
 433       item.addActionListener(this);
 434       popup.add(item);
 435       item = new MenuItem(HIDE);
 436       item.addActionListener(this);
 437       popup.add(item);
 438       if (hasHiddenRows)
 439       {
 440         item = new MenuItem(SHOWALL);
 441         item.addActionListener(this);
 442         popup.add(item);
 443       }
 444       this.add(popup);
 445       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 446       item.addActionListener(this);
 447       popup.add(item);
 448       if (selectedRow < aa.length)
 449       {
 450         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 451         {
 452           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 453           {
 454             popup.addSeparator();
 455             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 456                     "Ignore Gaps In Consensus",
 457                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 458                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 459                             .getIgnoreGapsConsensus());
 460             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 461             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 462             {
 463               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 464               {
 465                 if (aaa.groupRef != null)
 466                 {
 467                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 468                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 469                 }
 470                 else
 471                 {
 472                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 473                 }
 474                 ap.paintAlignment(true);
 475               }
 476             });
 477             popup.add(cbmi);
 478             if (aaa.groupRef != null)
 479             {
 480               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 481                       "Show Group Histogram",
 482                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 483               chist.addItemListener(new ItemListener()
 484               {
 485                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 486                 {
 487                   // TODO: pass on reference
 488                   // to ap
 489                   // so the
 490                   // view
 491                   // can be
 492                   // updated.
 493                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 494                   ap.repaint();
 495                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 496                 }
 497               });
 498               popup.add(chist);
 499               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 500                       "Show Group Logo",
 501                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 502               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 503               {
 504                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 505                 {
 506                   // TODO: pass on reference
 507                   // to ap
 508                   // so the
 509                   // view
 510                   // can be
 511                   // updated.
 512                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 513                   ap.repaint();
 514                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 515                 }
 516               });
 517
 518               popup.add(cprofl);
 519               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 520                       "Normalise Group Logo",
 521                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 522               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 523               {
 524                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 525                 {
 526                   // TODO: pass on reference
 527                   // to ap
 528                   // so the
 529                   // view
 530                   // can be
 531                   // updated.
 532                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 533                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 534                   ap.repaint();
 535                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 536                 }
 537               });
 538               popup.add(cprofn);
 539             }
 540             else
 541             {
 542               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 543                       "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 544               chist.addItemListener(new ItemListener()
 545               {
 546                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 547                 {
 548                   // TODO: pass on reference
 549                   // to ap
 550                   // so the
 551                   // view
 552                   // can be
 553                   // updated.
 554                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 555                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 556                           .getState()); // TODO: implement
 557                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 558                                         // for applet
 559                   ap.repaint();
 560                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 561                 }
 562               });
 563               popup.add(chist);
 564               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 565                       "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 566               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 567               {
 568                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 569                 {
 570                   // TODO: pass on reference
 571                   // to ap
 572                   // so the
 573                   // view
 574                   // can be
 575                   // updated.
 576                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 577                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 578                                                                              // implement
 579                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 580                                                                              // for
 581                                                                              // applet
 582                   ap.repaint();
 583                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 584                 }
 585               });
 586               popup.add(cprof);
 587               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 588                       "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 589               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 590               {
 591                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 592                 {
 593                   // TODO: pass on reference
 594                   // to ap
 595                   // so the
 596                   // view
 597                   // can be
 598                   // updated.
 599                   av.setShowSequenceLogo(true);
 600                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 601                                                                               // implement
 602                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 603                                                                               // for
 604                                                                               // applet
 605                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 606                   ap.repaint();
 607                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 608                 }
 609               });
 610               popup.add(cprofn);
 611             }
 612
 613             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 614             item.addActionListener(this);
 615             popup.add(item);
 616           }
 617         }
 618       }
 619       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 620     }
 621     else
 622     {
 623       // selection action.
 624       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 625       {
 626         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 627         {
 628           if (evt.getClickCount() >= 2)
 629           {
 630             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 631             // click highlights/scrolls, second selects
 632             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 633             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 634             aa[selectedRow].groupRef); // );
 635             ap.av.sendSelection();
 636             ap.paintAlignment(false);
 637             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 638           }
 639           else
 640           {
 641             ap.seqPanel.ap.idPanel
 642                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 643                             .getSequences(null));
 644           }
 645           return;
 646         }
 647         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 648         {
 649           Vector sr = new Vector();
 650           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 651           if (evt.getClickCount() == 1)
 652           {
 653             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 654           }
 655           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 656           {
 657             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 658             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 659             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 660             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 661             ap.paintAlignment(false);
 662             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 663             ap.av.sendSelection();
 664           }
 665
 666         }
 667       }
 668
 669     }
 670   }
 671
 672   /**
 673    * DOCUMENT ME!
 674    *
 675    * @param e
 676    *          DOCUMENT ME!
 677    */
 678   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 679   {
 680     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 681     {
 682       return;
 683     }
 684     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 685     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 686             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 687             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 688     if (av.hasHiddenColumns())
 689     {
 690       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 691       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 692       {
 693         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 694                 .elementAt(i);
 695
 696         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 697                 .addElement(new int[]
 698                 { region[0], region[1] });
 699       }
 700     }
 701   }
 702
 703   public void update(Graphics g)
 704   {
 705     paint(g);
 706   }
 707
 708   public void paint(Graphics g)
 709   {
 710     int w = getSize().width;
 711     int h = getSize().height;
 712     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 713             || h != image.getHeight(this))
 714     {
 715       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 716     }
 717
 718     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 719     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 720   }
 721
 722   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 723   {
 724     g.setFont(av.getFont());
 725     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 726     g.setColor(Color.white);
 727     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 728
 729     g.translate(0, -scrollOffset);
 730     g.setColor(Color.black);
 731
 732     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 733     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 734     int x = 0, offset;
 735
 736     if (aa != null)
 737     {
 738       hasHiddenRows = false;
 739       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 740       {
 741         if (!aa[i].visible)
 742         {
 743           hasHiddenRows = true;
 744           continue;
 745         }
 746
 747         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 748
 749         y += aa[i].height;
 750         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 751
 752         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 753       }
 754     }
 755     g.translate(0, +scrollOffset);
 756     if (resizePanel)
 757     {
 758       g.setColor(Color.red);
 759       g.setPaintMode();
 760       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 761       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 762     }
 763     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 764     {
 765       g.setColor(Color.lightGray);
 766       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 767               dragEvent.getY());
 768     }
 769
 770     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 771     {
 772       g.setColor(Color.black);
 773       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 774       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2, 18);
 775     }
 776   }
 777 }