src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  29
  30 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  31         MouseListener, MouseMotionListener
  32 {
  33   Image image;
  34
  35   boolean active = false;
  36
  37   AlignmentPanel ap;
  38
  39   AlignViewport av;
  40
  41   boolean resizing = false;
  42
  43   int oldY, mouseX;
  44
  45   static String ADDNEW = "Add New Row";
  46
  47   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  48
  49   static String HIDE = "Hide This Row";
  50
  51   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  52
  53   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  54
  55   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  56
  57   int scrollOffset = 0;
  58
  59   int selectedRow = -1;
  60
  61   Tooltip tooltip;
  62
  63   private boolean hasHiddenRows;
  64
  65   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     this.av = ap.av;
  69     setLayout(null);
  70
  71     /**
  72      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  73      * it at the moment. java.net.URL url =
  74      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
  75      *
  76      * if (url != null) { temp =
  77      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
  78      *
  79      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
  80      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
  81      *
  82      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
  83      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
  84      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
  85      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
  86      */
  87     addMouseListener(this);
  88     addMouseMotionListener(this);
  89   }
  90
  91   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  92   {
  93     this.av = av;
  94   }
  95
  96   public void setScrollOffset(int y)
  97   {
  98     scrollOffset = y;
  99     repaint();
 100   }
 101
 102   /**
 103    *
 104    * @param y
 105    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 106    *         selected
 107    */
 108   int getSelectedRow(int y)
 109   {
 110     int row = -2;
 111     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 112             .getAlignmentAnnotation();
 113
 114     if (aa == null)
 115     {
 116       return row;
 117     }
 118     int height = 0;
 119     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 120     {
 121       row = -1;
 122       if (!aa[i].visible)
 123       {
 124         continue;
 125       }
 126       height += aa[i].height;
 127       if (y < height)
 128       {
 129         row = i;
 130         break;
 131       }
 132     }
 133
 134     return row;
 135   }
 136
 137   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 138   {
 139     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 140
 141     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 142     {
 143       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 144               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 145
 146       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 147       {
 148         return;
 149       }
 150
 151       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 152       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 153     }
 154     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 155     {
 156       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 157     }
 158     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 159     {
 160       aa[selectedRow].visible = false;
 161     }
 162     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 163     {
 164       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 165       {
 166         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 167       }
 168     }
 169     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 170     {
 171       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 172               ap.alignFrame);
 173       Frame frame = new Frame();
 174       frame.add(cap);
 175       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 176               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 177       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 178     }
 179     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 180     {
 181       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 182       if (cons != null)
 183       {
 184         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 185       }
 186
 187     }
 188     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 189     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 190     ap.validate();
 191     ap.paintAlignment(true);
 192   }
 193
 194   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 195   {
 196     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 197             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 198
 199     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 200             annotation.description, "      Annotation Label",
 201             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 202             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 203
 204     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 205     empty.add(padGaps);
 206     dialog.add(empty);
 207     dialog.pack();
 208
 209     dialog.setVisible(true);
 210
 211     if (dialog.accept)
 212     {
 213       annotation.label = dialog.getName();
 214       annotation.description = dialog.getDescription();
 215       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 216       repaint();
 217       return true;
 218     }
 219     else
 220       return false;
 221
 222   }
 223
 224   boolean resizePanel = false;
 225
 226   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 227   {
 228     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 229     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 230
 231     if (row > -1)
 232     {
 233       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 234               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 235                       .getDescription(true),
 236               true, "\n");
 237       if (tooltip == null)
 238       {
 239         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 240       }
 241       else
 242       {
 243         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 244       }
 245     }
 246     else if (tooltip != null)
 247     {
 248       tooltip.setTip("");
 249     }
 250   }
 251
 252   /**
 253    * curent drag position
 254    */
 255   MouseEvent dragEvent = null;
 256
 257   /**
 258    * flag to indicate drag events should be ignored
 259    */
 260   private boolean dragCancelled = false;
 261
 262   /**
 263    * clear any drag events in progress
 264    */
 265   public void cancelDrag()
 266   {
 267     dragEvent = null;
 268     dragCancelled = true;
 269   }
 270
 271   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 272   {
 273     if (dragCancelled)
 274     {
 275       return;
 276     }
 277     ;
 278     dragEvent = evt;
 279
 280     if (resizePanel)
 281     {
 282       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 283               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 284       int dif = evt.getY() - oldY;
 285
 286       dif /= ap.av.charHeight;
 287       dif *= ap.av.charHeight;
 288
 289       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 290       {
 291         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 292         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 293         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 294                 d.height - dif));
 295         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 296                 - dif));
 297         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 298                 av.calcPanelHeight());
 299         f.height += dif;
 300         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 301         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 302         ap.validate();
 303         // ap.paintAlignment(true);
 304         ap.addNotify();
 305       }
 306
 307     }
 308     else
 309     {
 310       int diff;
 311       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 312       {
 313         // nudge scroll up
 314         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 315         ap.adjustmentValueChanged(null);
 316
 317       }
 318       else if ((0 < (diff = 6
 319               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 320               + evt.getY())))
 321       {
 322         // nudge scroll down
 323         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 324         ap.adjustmentValueChanged(null);
 325       }
 326       repaint();
 327     }
 328   }
 329
 330   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 331   {
 332   }
 333
 334   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 335   {
 336     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 337     {
 338       int start = selectedRow;
 339
 340       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 341
 342       if (start > -1 && start != end)
 343       {
 344         // Swap these annotations
 345         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 346                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 347         if (end == -1)
 348         {
 349           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 350         }
 351         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 352                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 353
 354         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 355         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 356       }
 357     }
 358     resizePanel = false;
 359     dragEvent = null;
 360     dragCancelled = false;
 361     repaint();
 362     ap.annotationPanel.repaint();
 363   }
 364
 365   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 366   {
 367     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 368     {
 369       resizePanel = true;
 370       repaint();
 371     }
 372   }
 373
 374   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 375   {
 376     dragCancelled = false;
 377
 378     if (dragEvent == null)
 379     {
 380       resizePanel = false;
 381     }
 382     else
 383     {
 384       if (!resizePanel)
 385       {
 386         dragEvent = null;
 387       }
 388     }
 389     repaint();
 390   }
 391
 392   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 393   {
 394     oldY = evt.getY();
 395     if (resizePanel)
 396     {
 397       return;
 398     }
 399     dragCancelled = false;
 400     // todo: move below to mouseClicked ?
 401     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 402
 403     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 404             .getAlignmentAnnotation();
 405
 406     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 407     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 408     {
 409
 410       PopupMenu popup = new PopupMenu(MessageManager.getString("label.annotations"));
 411
 412       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 413       item.addActionListener(this);
 414       popup.add(item);
 415       if (selectedRow < 0)
 416       {
 417         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 418         if (hasHiddenRows)
 419         {
 420           item = new MenuItem(SHOWALL);
 421           item.addActionListener(this);
 422           popup.add(item);
 423         }
 424         this.add(popup);
 425         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 426         return;
 427       }
 428       // add the rest if there are actually rows to show
 429       item = new MenuItem(EDITNAME);
 430       item.addActionListener(this);
 431       popup.add(item);
 432       item = new MenuItem(HIDE);
 433       item.addActionListener(this);
 434       popup.add(item);
 435       if (hasHiddenRows)
 436       {
 437         item = new MenuItem(SHOWALL);
 438         item.addActionListener(this);
 439         popup.add(item);
 440       }
 441       this.add(popup);
 442       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 443       item.addActionListener(this);
 444       popup.add(item);
 445       if (selectedRow < aa.length)
 446       {
 447         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 448         {
 449           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 450           {
 451             popup.addSeparator();
 452             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 453                     "Ignore Gaps In Consensus",
 454                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 455                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 456                             .getIgnoreGapsConsensus());
 457             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 458             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 459             {
 460               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 461               {
 462                 if (aaa.groupRef != null)
 463                 {
 464                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 465                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 466                 }
 467                 else
 468                 {
 469                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 470                 }
 471                 ap.paintAlignment(true);
 472               }
 473             });
 474             popup.add(cbmi);
 475             if (aaa.groupRef != null)
 476             {
 477               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 478                       "Show Group Histogram",
 479                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 480               chist.addItemListener(new ItemListener()
 481               {
 482                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 483                 {
 484                   // TODO: pass on reference
 485                   // to ap
 486                   // so the
 487                   // view
 488                   // can be
 489                   // updated.
 490                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 491                   ap.repaint();
 492                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 493                 }
 494               });
 495               popup.add(chist);
 496               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 497                       "Show Group Logo",
 498                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 499               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 500               {
 501                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 502                 {
 503                   // TODO: pass on reference
 504                   // to ap
 505                   // so the
 506                   // view
 507                   // can be
 508                   // updated.
 509                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 510                   ap.repaint();
 511                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 512                 }
 513               });
 514
 515               popup.add(cprofl);
 516               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 517                       "Normalise Group Logo",
 518                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 519               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 520               {
 521                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 522                 {
 523                   // TODO: pass on reference
 524                   // to ap
 525                   // so the
 526                   // view
 527                   // can be
 528                   // updated.
 529                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 530                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 531                   ap.repaint();
 532                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 533                 }
 534               });
 535               popup.add(cprofn);
 536             }
 537             else
 538             {
 539               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 540                       "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 541               chist.addItemListener(new ItemListener()
 542               {
 543                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 544                 {
 545                   // TODO: pass on reference
 546                   // to ap
 547                   // so the
 548                   // view
 549                   // can be
 550                   // updated.
 551                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 552                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 553                           .getState()); // TODO: implement
 554                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 555                                         // for applet
 556                   ap.repaint();
 557                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 558                 }
 559               });
 560               popup.add(chist);
 561               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 562                       "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 563               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 564               {
 565                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 566                 {
 567                   // TODO: pass on reference
 568                   // to ap
 569                   // so the
 570                   // view
 571                   // can be
 572                   // updated.
 573                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 574                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 575                                                                              // implement
 576                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 577                                                                              // for
 578                                                                              // applet
 579                   ap.repaint();
 580                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 581                 }
 582               });
 583               popup.add(cprof);
 584               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 585                       "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 586               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 587               {
 588                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 589                 {
 590                   // TODO: pass on reference
 591                   // to ap
 592                   // so the
 593                   // view
 594                   // can be
 595                   // updated.
 596                   av.setShowSequenceLogo(true);
 597                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 598                                                                               // implement
 599                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 600                                                                               // for
 601                                                                               // applet
 602                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 603                   ap.repaint();
 604                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 605                 }
 606               });
 607               popup.add(cprofn);
 608             }
 609
 610             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 611             item.addActionListener(this);
 612             popup.add(item);
 613           }
 614         }
 615       }
 616       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 617     }
 618     else
 619     {
 620       // selection action.
 621       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 622       {
 623         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 624         {
 625           if (evt.getClickCount() >= 2)
 626           {
 627             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 628             // click highlights/scrolls, second selects
 629             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 630             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 631             aa[selectedRow].groupRef); // );
 632             ap.av.sendSelection();
 633             ap.paintAlignment(false);
 634             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 635           }
 636           else
 637           {
 638             ap.seqPanel.ap.idPanel
 639                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 640                             .getSequences(null));
 641           }
 642           return;
 643         }
 644         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 645         {
 646           Vector sr = new Vector();
 647           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 648           if (evt.getClickCount() == 1)
 649           {
 650             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 651           }
 652           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 653           {
 654             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 655             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 656             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 657             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 658             ap.paintAlignment(false);
 659             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 660             ap.av.sendSelection();
 661           }
 662
 663         }
 664       }
 665
 666     }
 667   }
 668
 669   /**
 670    * DOCUMENT ME!
 671    *
 672    * @param e
 673    *          DOCUMENT ME!
 674    */
 675   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 676   {
 677     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 678     {
 679       return;
 680     }
 681     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 682     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 683             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 684             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 685     if (av.hasHiddenColumns())
 686     {
 687       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 688       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 689       {
 690         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 691                 .elementAt(i);
 692
 693         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 694                 .addElement(new int[]
 695                 { region[0], region[1] });
 696       }
 697     }
 698   }
 699
 700   public void update(Graphics g)
 701   {
 702     paint(g);
 703   }
 704
 705   public void paint(Graphics g)
 706   {
 707     int w = getSize().width;
 708     int h = getSize().height;
 709     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 710             || h != image.getHeight(this))
 711     {
 712       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 713     }
 714
 715     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 716     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 717   }
 718
 719   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 720   {
 721     g.setFont(av.getFont());
 722     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 723     g.setColor(Color.white);
 724     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 725
 726     g.translate(0, -scrollOffset);
 727     g.setColor(Color.black);
 728
 729     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 730     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 731     int x = 0, offset;
 732
 733     if (aa != null)
 734     {
 735       hasHiddenRows = false;
 736       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 737       {
 738         if (!aa[i].visible)
 739         {
 740           hasHiddenRows = true;
 741           continue;
 742         }
 743
 744         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 745
 746         y += aa[i].height;
 747         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 748
 749         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 750       }
 751     }
 752     g.translate(0, +scrollOffset);
 753     if (resizePanel)
 754     {
 755       g.setColor(Color.red);
 756       g.setPaintMode();
 757       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 758       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 759     }
 760     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 761     {
 762       g.setColor(Color.lightGray);
 763       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 764               dragEvent.getY());
 765     }
 766
 767     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 768     {
 769       g.setColor(Color.black);
 770       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 771       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2, 18);
 772     }
 773   }
 774 }