src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.io.*;
  28 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  32         MouseListener
  33 {
  34   boolean pdbImport = false;
  35
  36   boolean treeImport = false;
  37
  38   boolean annotationImport = false;
  39
  40   Sequence seq;
  41
  42   AlignFrame alignFrame;
  43
  44   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  45   {
  46     try
  47     {
  48       jbInit();
  49     } catch (Exception e)
  50     {
  51       e.printStackTrace();
  52     }
  53
  54     this.alignFrame = alignFrame;
  55
  56     if (!forImport)
  57     {
  58       buttonPanel.setVisible(false);
  59     }
  60   }
  61
  62   public String getText()
  63   {
  64     return textarea.getText();
  65   }
  66
  67   public void setText(String text)
  68   {
  69     textarea.setText(text);
  70   }
  71
  72   public void setPDBImport(Sequence seq)
  73   {
  74     this.seq = seq;
  75     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  76     addSequences.setVisible(false);
  77     pdbImport = true;
  78   }
  79
  80   public void setTreeImport()
  81   {
  82     treeImport = true;
  83     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  84     addSequences.setVisible(false);
  85   }
  86
  87   public void setAnnotationImport()
  88   {
  89     annotationImport = true;
  90     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  91     addSequences.setVisible(false);
  92   }
  93
  94   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  95   {
  96     if (evt.getSource() == accept)
  97     {
  98       ok(true);
  99     }
 100     else if (evt.getSource() == addSequences)
 101     {
 102       ok(false);
 103     }
 104     else if (evt.getSource() == cancel)
 105     {
 106       cancel();
 107     }
 108   }
 109
 110   protected void ok(boolean newWindow)
 111   {
 112     String text = getText();
 113     int length = text.length();
 114     textarea.append("\n");
 115     if (textarea.getText().length() == length)
 116     {
 117       String warning = "\n\n#################################################\n"
 118               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 119               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 120               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 121               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 122               + "\n#################################################\n";
 123       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 124               + warning);
 125
 126       textarea.setCaretPosition(text.length());
 127     }
 128
 129     if (pdbImport)
 130     {
 131       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 132       pdb.setFile(text);
 133
 134       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 135         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 136         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 137       else
 138
 139         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 140         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 141
 142     }
 143     else if (treeImport)
 144     {
 145       try
 146       {
 147         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(
 148                 textarea.getText(), "Paste");
 149
 150         fin.parse();
 151         if (fin.getTree() != null)
 152         {
 153           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 154         }
 155
 156       } catch (Exception ex)
 157       {
 158         // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply
 159         // overwrite the broken input data with the exception
 160         textarea.setText(MessageManager.formatMessage(
 161                 "label.could_not_parse_newick_file", new String[]
 162                 { ex.getMessage() }));
 163         return;
 164       }
 165     }
 166     else if (annotationImport)
 167     {
 168       TCoffeeScoreFile tcf = null;
 169       try
 170       {
 171         tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 172                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 173         if (tcf.isValid())
 174         {
 175           if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(),
 176                   true))
 177           {
 178             alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 179             alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 180             alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 181                     alignFrame.viewport.getAlignment()));
 182             alignFrame.statusBar
 183                     .setText(MessageManager
 184                             .getString("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));
 185           }
 186           else
 187           {
 188             // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 189             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 190                     "label.failed_add_tcoffee_scores",
 191                     new String[]
 192                     { (tcf.getWarningMessage() != null ? tcf
 193                             .getWarningMessage() : "") }));
 194           }
 195         }
 196         else
 197         {
 198           tcf = null;
 199         }
 200       } catch (Exception x)
 201       {
 202         tcf = null;
 203       }
 204       if (tcf == null)
 205       {
 206         if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 207                 alignFrame.viewport.getAlignment(), textarea.getText(),
 208                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 209         {
 210           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 211           alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 212           alignFrame.statusBar
 213                   .setText(MessageManager
 214                           .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 215
 216         }
 217         else
 218         {
 219           if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 220                   jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 221           {
 222             alignFrame.statusBar
 223                     .setText(MessageManager
 224                             .getString("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));
 225           }
 226         }
 227       }
 228     }
 229     else if (alignFrame != null)
 230     {
 231       Alignment al = null;
 232
 233       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 234               AppletFormatAdapter.PASTE);
 235       try
 236       {
 237         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 238                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 239       } catch (java.io.IOException ex)
 240       {
 241         ex.printStackTrace();
 242       }
 243
 244       if (al != null)
 245       {
 246         if (newWindow)
 247         {
 248           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 249                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 250           af.statusBar
 251                   .setText(MessageManager
 252                           .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 253         }
 254         else
 255         {
 256           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 257           alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 258                   .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 259         }
 260       }
 261     }
 262     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 263     // JAL-1102
 264     if (this.getParent() instanceof Frame)
 265     {
 266       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 267     }
 268     else
 269     {
 270       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 271     }
 272   }
 273
 274   protected void cancel()
 275   {
 276     textarea.setText("");
 277     if (this.getParent() instanceof Frame)
 278     {
 279       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 280     }
 281     else
 282     {
 283       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 284     }
 285   }
 286
 287   protected TextArea textarea = new TextArea();
 288
 289   Button accept = new Button("New Window");
 290
 291   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 292
 293   Button cancel = new Button("Close");
 294
 295   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 296
 297   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 298
 299   private void jbInit() throws Exception
 300   {
 301     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 302     textarea.setText(MessageManager
 303             .getString("label.paste_your_alignment_file"));
 304     textarea.addMouseListener(this);
 305     this.setLayout(borderLayout1);
 306     accept.addActionListener(this);
 307     addSequences.addActionListener(this);
 308     cancel.addActionListener(this);
 309     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 310     buttonPanel.add(accept, null);
 311     buttonPanel.add(addSequences);
 312     buttonPanel.add(cancel, null);
 313     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 314   }
 315
 316   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 317   {
 318     if (textarea.getText().startsWith(
 319             MessageManager.getString("label.paste_your")))
 320     {
 321       textarea.setText("");
 322     }
 323   }
 324
 325   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 326   {
 327   }
 328
 329   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 330   {
 331   }
 332
 333   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 334   {
 335   }
 336
 337   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 338   {
 339   }
 340 }