src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.io.*;
  26 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  30         MouseListener
  31 {
  32   boolean pdbImport = false;
  33
  34   boolean treeImport = false;
  35
  36   boolean annotationImport = false;
  37
  38   Sequence seq;
  39
  40   AlignFrame alignFrame;
  41
  42   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  43   {
  44     try
  45     {
  46       jbInit();
  47     } catch (Exception e)
  48     {
  49       e.printStackTrace();
  50     }
  51
  52     this.alignFrame = alignFrame;
  53
  54     if (!forImport)
  55     {
  56       buttonPanel.setVisible(false);
  57     }
  58   }
  59
  60   public String getText()
  61   {
  62     return textarea.getText();
  63   }
  64
  65   public void setText(String text)
  66   {
  67     textarea.setText(text);
  68   }
  69
  70   public void setPDBImport(Sequence seq)
  71   {
  72     this.seq = seq;
  73     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  74     addSequences.setVisible(false);
  75     pdbImport = true;
  76   }
  77
  78   public void setTreeImport()
  79   {
  80     treeImport = true;
  81     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  82     addSequences.setVisible(false);
  83   }
  84
  85   public void setAnnotationImport()
  86   {
  87     annotationImport = true;
  88     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  89     addSequences.setVisible(false);
  90   }
  91
  92   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  93   {
  94     if (evt.getSource() == accept)
  95     {
  96       ok(true);
  97     }
  98     else if (evt.getSource() == addSequences)
  99     {
 100       ok(false);
 101     }
 102     else if (evt.getSource() == cancel)
 103     {
 104       cancel();
 105     }
 106   }
 107
 108   protected void ok(boolean newWindow)
 109   {
 110     String text = getText();
 111     int length = text.length();
 112     textarea.append("\n");
 113     if (textarea.getText().length() == length)
 114     {
 115       String warning = "\n\n#################################################\n"
 116               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 117               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 118               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 119               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 120               + "\n#################################################\n";
 121       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 122               + warning);
 123
 124       textarea.setCaretPosition(text.length());
 125     }
 126
 127     if (pdbImport)
 128     {
 129       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 130       pdb.setFile(text);
 131
 132       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 133         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 134         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 135       else
 136
 137         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 138         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 139
 140     }
 141     else if (treeImport)
 142     {
 143       try
 144       {
 145         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(
 146                 textarea.getText(), "Paste");
 147
 148         fin.parse();
 149         if (fin.getTree() != null)
 150         {
 151           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 152         }
 153
 154       } catch (Exception ex)
 155       {
 156         // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply
 157         // overwrite the broken input data with the exception
 158         textarea.setText(MessageManager.formatMessage("label.could_not_parse_newick_file", new String[]{ex.getMessage()}));
 159         return;
 160       }
 161     }
 162     else if (annotationImport)
 163     {
 164       TCoffeeScoreFile tcf = null;
 165       try
 166       {
 167         tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 168                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 169         if (tcf.isValid())
 170         {
 171           if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(),
 172                   true))
 173           {
 174             alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 175             alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 176             alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 177                     alignFrame.viewport.getAlignment()));
 178             alignFrame.statusBar
 179                     .setText(MessageManager.getString("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));
 180           }
 181           else
 182           {
 183             // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 184             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.failed_add_tcoffee_scores", new String[]{(tcf.getWarningMessage() != null ? tcf.getWarningMessage() : "")}));
 185           }
 186         }
 187         else
 188         {
 189           tcf = null;
 190         }
 191       } catch (Exception x)
 192       {
 193         tcf = null;
 194       }
 195       if (tcf == null)
 196       {
 197         if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 198                 alignFrame.viewport.getAlignment(), textarea.getText(),
 199                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 200         {
 201           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 202           alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 203           alignFrame.statusBar
 204                   .setText(MessageManager.getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 205
 206         }
 207         else
 208         {
 209           if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 210                   jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 211           {
 212             alignFrame.statusBar
 213                     .setText(MessageManager.getString("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));
 214           }
 215         }
 216       }
 217     }
 218     else if (alignFrame != null)
 219     {
 220       Alignment al = null;
 221
 222       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 223               AppletFormatAdapter.PASTE);
 224       try
 225       {
 226         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 227                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 228       } catch (java.io.IOException ex)
 229       {
 230         ex.printStackTrace();
 231       }
 232
 233       if (al != null)
 234       {
 235         if (newWindow)
 236         {
 237           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 238                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 239           af.statusBar.setText(MessageManager.getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 240         }
 241         else
 242         {
 243           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 244           alignFrame.statusBar
 245                   .setText(MessageManager.getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 246         }
 247       }
 248     }
 249     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 250     // JAL-1102
 251     if (this.getParent() instanceof Frame)
 252     {
 253       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 254     }
 255     else
 256     {
 257       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 258     }
 259   }
 260
 261   protected void cancel()
 262   {
 263     textarea.setText("");
 264     if (this.getParent() instanceof Frame)
 265     {
 266       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 267     }
 268     else
 269     {
 270       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 271     }
 272   }
 273
 274   protected TextArea textarea = new TextArea();
 275
 276   Button accept = new Button("New Window");
 277
 278   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 279
 280   Button cancel = new Button("Close");
 281
 282   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 283
 284   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 285
 286   private void jbInit() throws Exception
 287   {
 288     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 289     textarea.setText(MessageManager.getString("label.paste_your_alignment_file"));
 290     textarea.addMouseListener(this);
 291     this.setLayout(borderLayout1);
 292     accept.addActionListener(this);
 293     addSequences.addActionListener(this);
 294     cancel.addActionListener(this);
 295     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 296     buttonPanel.add(accept, null);
 297     buttonPanel.add(addSequences);
 298     buttonPanel.add(cancel, null);
 299     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 300   }
 301
 302   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 303   {
 304     if (textarea.getText().startsWith(MessageManager.getString("label.paste_your")))
 305     {
 306       textarea.setText("");
 307     }
 308   }
 309
 310   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 311   {
 312   }
 313
 314   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 315   {
 316   }
 317
 318   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 319   {
 320   }
 321
 322   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 323   {
 324   }
 325 }