src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  11  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 public class FeatureColourChooser extends Panel implements ActionListener,
  33         AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  34 {
  35   JVDialog frame;
  36
  37   Frame owner;
  38
  39   FeatureRenderer fr;
  40
  41   FeatureSettings fs = null;
  42
  43   // AlignmentPanel ap;
  44
  45   GraduatedColor cs;
  46
  47   Object oldcs;
  48
  49   Hashtable oldgroupColours;
  50
  51   boolean adjusting = false;
  52
  53   private float min, max;
  54
  55   String type = null;
  56
  57   private AlignFrame af = null;
  58
  59   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  60   {
  61     this.af = af;
  62     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  63   }
  64
  65   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  66   {
  67     this.fs = fsettings;
  68     init(fsettings.fr, type);
  69     // this.ap = fsettings.ap;
  70   }
  71
  72   private void init(FeatureRenderer frenderer, String type)
  73   {
  74     this.type = type;
  75     fr = frenderer;
  76     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  77     min = mm[0];
  78     max = mm[1];
  79     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  80     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  81     {
  82       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  83     }
  84     else
  85     {
  86       // promote original color to a graduated color
  87       Color bl = Color.black;
  88       if (oldcs instanceof Color)
  89       {
  90         bl = (Color) oldcs;
  91       }
  92       // original colour becomes the maximum colour
  93       cs = new GraduatedColor(Color.white, bl, mm[0], mm[1]);
  94     }
  95     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  96     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  97     minColour.setForeground(cs.getMinColor());
  98     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());
  99     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
 100     adjusting = true;
 101
 102     try
 103     {
 104       jbInit();
 105     } catch (Exception ex)
 106     {
 107     }
 108     threshold
 109             .select(cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0
 110                     : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1
 111                             : 2);
 112
 113     adjusting = false;
 114     changeColour();
 115     colourFromLabel.addItemListener(this);
 116     slider.addAdjustmentListener(this);
 117     slider.addMouseListener(this);
 118     owner = (af != null) ? af : fs.frame;
 119     frame = new JVDialog(owner, MessageManager.formatMessage(
 120             "label.graduated_color_for_params", new String[]
 121             { type }), true, 480, 248);
 122     frame.setMainPanel(this);
 123     validate();
 124     frame.setVisible(true);
 125     if (frame.accept)
 126     {
 127       changeColour();
 128     }
 129     else
 130     {
 131       // cancel
 132       reset();
 133       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 134       frame.setVisible(false);
 135     }
 136   }
 137
 138   public FeatureColourChooser()
 139   {
 140     try
 141     {
 142       jbInit();
 143     } catch (Exception ex)
 144     {
 145       ex.printStackTrace();
 146     }
 147   }
 148
 149   private void jbInit() throws Exception
 150   {
 151     Label minLabel = new Label(MessageManager.getString("label.min")), maxLabel = new Label(
 152             MessageManager.getString("label.max"));
 153     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 154     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 155     // minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 156     // minColour.setLabel("Min Colour");
 157
 158     minColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 159     maxColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 160     minColour.addMouseListener(this);
 161
 162     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 163     maxColour.addMouseListener(this);
 164
 165     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 166
 167     this.setLayout(new GridLayout(4, 1));
 168     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 169     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 170     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1, 1));
 171     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 172     jPanel1.setBackground(Color.white);
 173     jPanel2.setBackground(Color.white);
 174     jPanel4.setBackground(Color.white);
 175     threshold.addItemListener(this);
 176     threshold.addItem(MessageManager
 177             .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 178     threshold.addItem(MessageManager
 179             .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 180     threshold.addItem(MessageManager
 181             .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 182     thresholdValue.addActionListener(this);
 183     slider.setBackground(Color.white);
 184     slider.setEnabled(false);
 185     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 186     thresholdValue.setEnabled(false);
 187     thresholdValue.setSize(new Dimension(79, 22)); // setBounds(new
 188                                                    // Rectangle(248, 2, 79,
 189                                                    // 22));
 190     thresholdValue.setColumns(5);
 191     jPanel3.setBackground(Color.white);
 192
 193     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 194     colourFromLabel.setLabel(MessageManager
 195             .getString("label.colour_by_label"));
 196     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139, 22));
 197     // threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 198     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 199     thresholdIsMin.setLabel(MessageManager
 200             .getString("label.threshold_minmax"));
 201     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135, 23));
 202     // thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 203     jPanel1.add(minLabel);
 204     jPanel1.add(minColour);
 205     jPanel1.add(maxLabel);
 206     jPanel1.add(maxColour);
 207     jPanel1.add(colourFromLabel);
 208     jPanel2.add(threshold);
 209     jPanel3.add(slider);
 210     jPanel4.add(thresholdValue);
 211     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 212     this.add(jPanel1);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 213     this.add(jPanel2);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 214     this.add(jPanel3);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 215     this.add(jPanel4);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 216   }
 217
 218   Panel minColour = new Panel();
 219
 220   Panel maxColour = new Panel();
 221
 222   Panel jPanel1 = new Panel();
 223
 224   Panel jPanel2 = new Panel();
 225
 226   Choice threshold = new Choice();
 227
 228   Panel jPanel3 = new Panel();
 229
 230   Panel jPanel4 = new Panel();
 231
 232   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 233
 234   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 235
 236   // BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 237
 238   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 239
 240   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 241
 242   private GraphLine threshline;
 243
 244   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 245   {
 246     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 247     {
 248       try
 249       {
 250         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 251         slider.setValue((int) (f * 1000));
 252         adjustmentValueChanged(null);
 253       } catch (NumberFormatException ex)
 254       {
 255       }
 256     }
 257     else if (evt.getSource() == minColour)
 258     {
 259       minColour_actionPerformed(null);
 260     }
 261     else if (evt.getSource() == maxColour)
 262     {
 263       maxColour_actionPerformed(null);
 264     }
 265     else
 266     {
 267       changeColour();
 268     }
 269   }
 270
 271   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 272   {
 273     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 274     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 275     changeColour();
 276   }
 277
 278   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 279   {
 280     if (!adjusting)
 281     {
 282       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 283       valueChanged();
 284     }
 285   }
 286
 287   protected void valueChanged()
 288   {
 289     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 290     cs.setThresh(threshline.value);
 291     changeColour();
 292     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 293     // ap.paintAlignment(false);
 294   }
 295
 296   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 297   {
 298     if (newCol == null)
 299     {
 300       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 301               minColour.getBackground(), owner,
 302               MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value")); // frame.owner,
 303     }
 304     else
 305     {
 306       minColour.setBackground(newCol);
 307       minColour.setForeground(newCol);
 308       minColour.repaint();
 309       changeColour();
 310     }
 311
 312   }
 313
 314   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 315   {
 316     if (newCol == null)
 317     {
 318
 319       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 320       // "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 321       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 322               maxColour.getBackground(), owner,
 323               MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"));
 324     }
 325     else
 326     {
 327       maxColour.setBackground(newCol);
 328       maxColour.setForeground(newCol);
 329       maxColour.repaint();
 330       changeColour();
 331     }
 332   }
 333
 334   void changeColour()
 335   {
 336     // Check if combobox is still adjusting
 337     if (adjusting)
 338     {
 339       return;
 340     }
 341
 342     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 343     if (threshold.getSelectedIndex() == 1)
 344     {
 345       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 346     }
 347     else if (threshold.getSelectedIndex() == 2)
 348     {
 349       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 350     }
 351
 352     slider.setEnabled(true);
 353     thresholdValue.setEnabled(true);
 354     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(),
 355             maxColour.getBackground(), min, max);
 356
 357     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 358     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 359     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 360     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 361     {
 362       slider.setEnabled(false);
 363       thresholdValue.setEnabled(false);
 364       thresholdValue.setText("");
 365     }
 366
 367     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 368             && threshline == null)
 369     {
 370       // todo visual indication of feature threshold
 371       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine((max - min) / 2f,
 372               "Threshold", Color.black);
 373     }
 374
 375     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 376     {
 377       adjusting = true;
 378       acg.setThresh(threshline.value);
 379
 380       float range = max * 1000f - min * 1000f;
 381
 382       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 383       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 384       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 385       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 386       slider.setEnabled(true);
 387       thresholdValue.setEnabled(true);
 388       adjusting = false;
 389     }
 390
 391     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 392     if (thresholdIsMin.getState()
 393             && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 394     {
 395       if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 396       {
 397         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 398       }
 399       else
 400       {
 401         acg = new GraduatedColor(acg, min, threshline.value);
 402       }
 403     }
 404
 405     fr.featureColours.put(type, acg);
 406     cs = acg;
 407     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 408     // ap.paintAlignment(false);
 409   }
 410
 411   void reset()
 412   {
 413     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 414     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 415     // ap.paintAlignment(true);
 416
 417   }
 418
 419   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 420   {
 421   }
 422
 423   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 424   {
 425   }
 426
 427   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 428   {
 429     if (evt.getSource() == minColour || evt.getSource() == maxColour)
 430     {
 431       // relay the event
 432       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));
 433     }
 434     else
 435     {
 436       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 437     }
 438     // ap.paintAlignment(true);
 439   }
 440
 441   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 442   {
 443   }
 444
 445   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 446   {
 447   }
 448
 449 }