src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  29 import jalview.commands.OrderCommand;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  32 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,
  36         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  37         AdjustmentListener
  38 {
  39   FeatureRenderer fr;
  40
  41   AlignmentPanel ap;
  42
  43   AlignViewport av;
  44
  45   Frame frame;
  46
  47   Panel groupPanel;
  48
  49   Panel featurePanel = new Panel();
  50
  51   ScrollPane scrollPane;
  52
  53   boolean alignmentHasFeatures = false;
  54
  55   Image linkImage;
  56
  57   Scrollbar transparency;
  58
  59   public FeatureSettings(final AlignmentPanel ap)
  60   {
  61     this.ap = ap;
  62     this.av = ap.av;
  63     ap.av.featureSettings = this;
  64     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
  65
  66     transparency = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL,
  67             100 - (int) (fr.transparency * 100), 1, 1, 100);
  68
  69     if (fr.transparencySetter != null)
  70     {
  71       transparency.addAdjustmentListener(this);
  72     }
  73     else
  74     {
  75       transparency.setEnabled(false);
  76     }
  77
  78     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/link.gif");
  79     if (url != null)
  80     {
  81       linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getImage(url);
  82     }
  83
  84     if (av.featuresDisplayed == null)
  85     {
  86       fr.findAllFeatures();
  87     }
  88
  89     setTableData();
  90
  91     this.setLayout(new BorderLayout());
  92     scrollPane = new ScrollPane();
  93     scrollPane.add(featurePanel);
  94     if (alignmentHasFeatures)
  95     {
  96       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
  97     }
  98
  99     Button invert = new Button("Invert Selection");
 100     invert.addActionListener(this);
 101
 102     Panel lowerPanel = new Panel(new GridLayout(2, 1, 5, 10));
 103     lowerPanel.add(invert);
 104
 105     Panel tPanel = new Panel(new BorderLayout());
 106
 107     if (fr.transparencySetter != null)
 108     {
 109       tPanel.add(transparency, BorderLayout.CENTER);
 110       tPanel.add(new Label("Transparency"), BorderLayout.EAST);
 111     }
 112     else
 113     {
 114       tPanel.add(
 115               new Label("Transparency not available in this web browser"),
 116               BorderLayout.CENTER);
 117     }
 118
 119     lowerPanel.add(tPanel, BorderLayout.SOUTH);
 120
 121     add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
 122
 123     if (groupPanel != null)
 124     {
 125       groupPanel
 126               .setLayout(new GridLayout(
 127                       (fr.featureGroups.size() - fr.hiddenGroups.size()) / 4 + 1,
 128                       4));
 129       groupPanel.validate();
 130
 131       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 132     }
 133     frame = new Frame();
 134     frame.add(this);
 135     final FeatureSettings me = this;
 136     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 137     {
 138       public void windowClosing(WindowEvent e)
 139       {
 140         if (me.av.featureSettings == me)
 141         {
 142           me.av.featureSettings = null;
 143           me.ap = null;
 144           me.av = null;
 145         }
 146       }
 147     });
 148     int height = featurePanel.getComponentCount() * 50 + 60;
 149
 150     height = Math.max(200, height);
 151     height = Math.min(400, height);
 152     int width = 300;
 153     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 154             MessageManager.getString("label.feature_settings"), width,
 155             height);
 156   }
 157
 158   public void paint(Graphics g)
 159   {
 160     g.setColor(Color.black);
 161     g.drawString(MessageManager
 162             .getString("label.no_features_added_to_this_alignment"), 10, 20);
 163     g.drawString(MessageManager
 164             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_1"), 10,
 165             40);
 166     g.drawString(MessageManager
 167             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_2"), 10,
 168             60);
 169   }
 170
 171   protected void popupSort(final MyCheckbox check, final Hashtable minmax,
 172           int x, int y)
 173   {
 174     final String type = check.type;
 175     final Object typeCol = fr.getFeatureStyle(type);
 176     java.awt.PopupMenu men = new PopupMenu(MessageManager.formatMessage(
 177             "label.settings_for_type", new String[]
 178             { type }));
 179     java.awt.MenuItem scr = new MenuItem(
 180             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 181     men.add(scr);
 182     final FeatureSettings me = this;
 183     scr.addActionListener(new ActionListener()
 184     {
 185
 186       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 187       {
 188         me.sortByScore(new String[]
 189         { type });
 190       }
 191
 192     });
 193     MenuItem dens = new MenuItem(
 194             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 195     dens.addActionListener(new ActionListener()
 196     {
 197
 198       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 199       {
 200         me.sortByDens(new String[]
 201         { type });
 202       }
 203
 204     });
 205     men.add(dens);
 206     if (minmax != null)
 207     {
 208       final Object typeMinMax = minmax.get(type);
 209       /*
 210        * final java.awt.CheckboxMenuItem chb = new
 211        * java.awt.CheckboxMenuItem("Vary Height"); // this is broken at the
 212        * moment chb.setState(minmax.get(type) != null);
 213        * chb.addActionListener(new ActionListener() {
 214        *
 215        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 216        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 217        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 218        *
 219        * }); men.add(chb);
 220        */
 221       if (typeMinMax != null && ((float[][]) typeMinMax)[0] != null)
 222       {
 223         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 224         // positional features
 225         MenuItem mxcol = new MenuItem(
 226                 (typeCol instanceof Color) ? "Graduated Colour"
 227                         : "Single Colour");
 228         men.add(mxcol);
 229         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 230         {
 231
 232           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 233           {
 234             if (typeCol instanceof Color)
 235             {
 236               new FeatureColourChooser(me, type);
 237               // write back the current colour object to update the table
 238               check.updateColor(fr.getFeatureStyle(type));
 239             }
 240             else
 241             {
 242               new UserDefinedColours(me, check.type,
 243                       ((GraduatedColor) typeCol));
 244             }
 245           }
 246
 247         });
 248       }
 249     }
 250     this.featurePanel.add(men);
 251     men.show(this.featurePanel, x, y);
 252   }
 253
 254   public void setTableData()
 255   {
 256     alignmentHasFeatures = fr.buildGroupHash();
 257     if (alignmentHasFeatures)
 258     {
 259       rebuildGroups();
 260
 261     }
 262     resetTable(false);
 263   }
 264
 265   /**
 266    * rebuilds the group panel
 267    */
 268   public void rebuildGroups()
 269   {
 270     boolean rdrw = false;
 271     if (groupPanel == null)
 272     {
 273       groupPanel = new Panel();
 274     }
 275     else
 276     {
 277       rdrw = true;
 278       groupPanel.removeAll();
 279     }
 280     // TODO: JAL-964 - smoothly incorporate new group entries if panel already
 281     // displayed and new groups present
 282     Enumeration gps = fr.featureGroups.keys();
 283     while (gps.hasMoreElements())
 284     {
 285       String group = (String) gps.nextElement();
 286       Boolean vis = (Boolean) fr.featureGroups.get(group);
 287       Checkbox check = new MyCheckbox(group, vis.booleanValue(),
 288               (fr.featureLinks != null && fr.featureLinks
 289                       .containsKey(group)));
 290       check.addMouseListener(this);
 291       check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 292       check.addItemListener(this);
 293       check.setVisible(fr.hiddenGroups.contains(group));
 294       groupPanel.add(check);
 295     }
 296     if (rdrw)
 297     {
 298       groupPanel.validate();
 299     }
 300   }
 301
 302   // This routine adds and removes checkboxes depending on
 303   // Group selection states
 304   void resetTable(boolean groupsChanged)
 305   {
 306     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 307     String group = null, type;
 308     Vector visibleChecks = new Vector();
 309     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 310     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 311     {
 312       if (alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)
 313       {
 314         continue;
 315       }
 316
 317       tmpfeatures = alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();
 318       int index = 0;
 319       while (index < tmpfeatures.length)
 320       {
 321         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 322
 323         if (group == null || fr.featureGroups.get(group) == null
 324                 || ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())
 325         {
 326           type = tmpfeatures[index].getType();
 327           if (!visibleChecks.contains(type))
 328           {
 329             visibleChecks.addElement(type);
 330           }
 331         }
 332         index++;
 333       }
 334     }
 335
 336     Component[] comps;
 337     int cSize = featurePanel.getComponentCount();
 338     MyCheckbox check;
 339     // This will remove any checkboxes which shouldn't be
 340     // visible
 341     for (int i = 0; i < cSize; i++)
 342     {
 343       comps = featurePanel.getComponents();
 344       check = (MyCheckbox) comps[i];
 345       if (!visibleChecks.contains(check.type))
 346       {
 347         featurePanel.remove(i);
 348         cSize--;
 349         i--;
 350       }
 351     }
 352
 353     if (fr.renderOrder != null)
 354     {
 355       // First add the checks in the previous render order,
 356       // in case the window has been closed and reopened
 357       for (int ro = fr.renderOrder.length - 1; ro > -1; ro--)
 358       {
 359         String item = fr.renderOrder[ro];
 360
 361         if (!visibleChecks.contains(item))
 362         {
 363           continue;
 364         }
 365
 366         visibleChecks.removeElement(item);
 367
 368         addCheck(false, item);
 369       }
 370     }
 371
 372     // now add checkboxes which should be visible,
 373     // if they have not already been added
 374     Enumeration en = visibleChecks.elements();
 375
 376     while (en.hasMoreElements())
 377     {
 378       addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());
 379     }
 380
 381     featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(),
 382             1, 10, 5));
 383     featurePanel.validate();
 384
 385     if (scrollPane != null)
 386     {
 387       scrollPane.validate();
 388     }
 389
 390     itemStateChanged(null);
 391   }
 392
 393   /**
 394    * update the checklist of feature types with the given type
 395    *
 396    * @param groupsChanged
 397    *          true means if the type is not in the display list then it will be
 398    *          added and displayed
 399    * @param type
 400    *          feature type to be checked for in the list.
 401    */
 402   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)
 403   {
 404     boolean addCheck;
 405     Component[] comps = featurePanel.getComponents();
 406     MyCheckbox check;
 407     addCheck = true;
 408     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 409     {
 410       check = (MyCheckbox) comps[i];
 411       if (check.type.equals(type))
 412       {
 413         addCheck = false;
 414         break;
 415       }
 416     }
 417
 418     if (addCheck)
 419     {
 420       boolean selected = false;
 421       if (groupsChanged || av.featuresDisplayed.containsKey(type))
 422       {
 423         selected = true;
 424       }
 425
 426       check = new MyCheckbox(
 427               type,
 428               selected,
 429               (fr.featureLinks != null && fr.featureLinks.containsKey(type)),
 430               fr.getFeatureStyle(type));
 431
 432       check.addMouseListener(this);
 433       check.addMouseMotionListener(this);
 434       check.addItemListener(this);
 435       if (groupsChanged)
 436       {
 437         // add at beginning of stack.
 438         featurePanel.add(check, 0);
 439       }
 440       else
 441       {
 442         // add at end of stack.
 443         featurePanel.add(check);
 444       }
 445     }
 446   }
 447
 448   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 449   {
 450     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 451     {
 452       Checkbox check = (Checkbox) featurePanel.getComponent(i);
 453       check.setState(!check.getState());
 454     }
 455     selectionChanged();
 456   }
 457
 458   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 459   {
 460     if (evt != null)
 461     {
 462       // Is the source a top level featureGroup?
 463       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();
 464       if (fr.featureGroups.containsKey(source.getLabel()))
 465       {
 466         fr.featureGroups.put(source.getLabel(),
 467                 new Boolean(source.getState()));
 468         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 469         if (ap.overviewPanel != null)
 470         {
 471           ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 472         }
 473
 474         resetTable(true);
 475         return;
 476       }
 477     }
 478     selectionChanged();
 479   }
 480
 481   void selectionChanged()
 482   {
 483     Component[] comps = featurePanel.getComponents();
 484     int cSize = comps.length;
 485
 486     Object[][] tmp = new Object[cSize][3];
 487     int tmpSize = 0;
 488     for (int i = 0; i < cSize; i++)
 489     {
 490       MyCheckbox check = (MyCheckbox) comps[i];
 491       tmp[tmpSize][0] = check.type;
 492       tmp[tmpSize][1] = fr.getFeatureStyle(check.type);
 493       tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.getState());
 494       tmpSize++;
 495     }
 496
 497     Object[][] data = new Object[tmpSize][3];
 498     System.arraycopy(tmp, 0, data, 0, tmpSize);
 499
 500     fr.setFeaturePriority(data);
 501
 502     ap.paintAlignment(true);
 503   }
 504
 505   MyCheckbox selectedCheck;
 506
 507   boolean dragging = false;
 508
 509   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 510   {
 511
 512     selectedCheck = (MyCheckbox) evt.getSource();
 513
 514     if (fr.featureLinks != null
 515             && fr.featureLinks.containsKey(selectedCheck.type))
 516     {
 517       if (evt.getX() > selectedCheck.stringWidth + 20)
 518       {
 519         evt.consume();
 520       }
 521     }
 522
 523   }
 524
 525   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 526   {
 527     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)
 528     {
 529       return;
 530     }
 531     dragging = true;
 532   }
 533
 534   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 535   {
 536     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)
 537     {
 538       return;
 539     }
 540
 541     Component comp = null;
 542     Checkbox target = null;
 543
 544     int height = evt.getY() + evt.getComponent().getLocation().y;
 545
 546     if (height > featurePanel.getSize().height)
 547     {
 548
 549       comp = featurePanel
 550               .getComponent(featurePanel.getComponentCount() - 1);
 551     }
 552     else if (height < 0)
 553     {
 554       comp = featurePanel.getComponent(0);
 555     }
 556     else
 557     {
 558       comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(), evt.getY()
 559               + evt.getComponent().getLocation().y);
 560     }
 561
 562     if (comp != null && comp instanceof Checkbox)
 563     {
 564       target = (Checkbox) comp;
 565     }
 566
 567     if (selectedCheck != null && target != null && selectedCheck != target)
 568     {
 569       int targetIndex = -1;
 570       for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 571       {
 572         if (target == featurePanel.getComponent(i))
 573         {
 574           targetIndex = i;
 575           break;
 576         }
 577       }
 578
 579       featurePanel.remove(selectedCheck);
 580       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);
 581       featurePanel.validate();
 582       itemStateChanged(null);
 583     }
 584   }
 585
 586   public void setUserColour(String feature, Object originalColour)
 587   {
 588     if (originalColour instanceof Color
 589             || originalColour instanceof GraduatedColor)
 590     {
 591       fr.setColour(feature, originalColour);
 592     }
 593     else
 594     {
 595       throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object"));
 596     }
 597     refreshTable();
 598   }
 599
 600   public void refreshTable()
 601   {
 602     featurePanel.removeAll();
 603     resetTable(false);
 604     ap.paintAlignment(true);
 605   }
 606
 607   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 608   {
 609   }
 610
 611   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 612   {
 613   }
 614
 615   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 616   {
 617     MyCheckbox check = (MyCheckbox) evt.getSource();
 618     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0)
 619     {
 620       this.popupSort(check, fr.minmax, evt.getX(), evt.getY());
 621     }
 622     if (fr.featureLinks != null && fr.featureLinks.containsKey(check.type))
 623     {
 624       if (evt.getX() > check.stringWidth + 20)
 625       {
 626         evt.consume();
 627         String link = fr.featureLinks.get(check.type).toString();
 628         ap.alignFrame.showURL(link.substring(link.indexOf("|") + 1),
 629                 link.substring(0, link.indexOf("|")));
 630       }
 631     }
 632
 633     if (check.getParent() != featurePanel)
 634     {
 635       return;
 636     }
 637
 638     if (evt.getClickCount() > 1)
 639     {
 640       Object fcol = fr.getFeatureStyle(check.type);
 641       if (fcol instanceof Color)
 642       {
 643         new UserDefinedColours(this, check.type, (Color) fcol);
 644       }
 645       else
 646       {
 647         new FeatureColourChooser(this, check.type);
 648         // write back the current colour object to update the table
 649         check.updateColor(fr.getFeatureStyle(check.type));
 650       }
 651     }
 652   }
 653
 654   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 655   {
 656   }
 657
 658   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 659   {
 660     fr.transparency = ((float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);
 661     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 662
 663   }
 664
 665   class MyCheckbox extends Checkbox
 666   {
 667     public String type;
 668
 669     public int stringWidth;
 670
 671     boolean hasLink;
 672
 673     GraduatedColor gcol;
 674
 675     Color col;
 676
 677     public void updateColor(Object newcol)
 678     {
 679       if (newcol instanceof Color)
 680       {
 681         col = (Color) newcol;
 682         gcol = null;
 683       }
 684       else if (newcol instanceof GraduatedColor)
 685       {
 686         gcol = (GraduatedColor) newcol;
 687         col = null;
 688       }
 689       else
 690       {
 691         throw new Error(MessageManager.getString("error.invalid_colour_for_mycheckbox"));
 692       }
 693       if (col != null)
 694       {
 695         setBackground(col);
 696       }
 697       else
 698       {
 699         String vlabel = type;
 700         if (gcol.getThreshType() != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 701         {
 702           vlabel += " "
 703                   + ((gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD) ? "(>)"
 704                           : "(<)");
 705         }
 706         if (gcol.isColourByLabel())
 707         {
 708           setBackground(Color.white);
 709           vlabel += " (by Label)";
 710         }
 711         else
 712         {
 713           setBackground(gcol.getMinColor());
 714         }
 715         this.setLabel(vlabel);
 716       }
 717       repaint();
 718     }
 719
 720     public MyCheckbox(String label, boolean checked, boolean haslink)
 721     {
 722       super(label, checked);
 723       type = label;
 724       FontMetrics fm = av.nullFrame.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());
 725       stringWidth = fm.stringWidth(label);
 726       this.hasLink = haslink;
 727     }
 728
 729     public MyCheckbox(String type, boolean selected, boolean b,
 730             Object featureStyle)
 731     {
 732       this(type, selected, b);
 733       updateColor(featureStyle);
 734     }
 735
 736     public void paint(Graphics g)
 737     {
 738       Dimension d = getSize();
 739       if (gcol != null)
 740       {
 741         if (gcol.isColourByLabel())
 742         {
 743           g.setColor(Color.white);
 744           g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);
 745           /*
 746            * g.setColor(Color.black); Font f=g.getFont().deriveFont(9);
 747            * g.setFont(f);
 748            *
 749            * // g.setFont(g.getFont().deriveFont( //
 750            * AffineTransform.getScaleInstance( //
 751            * width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"), //
 752            * height/g.getFontMetrics().getHeight()))); g.drawString("Label",
 753            * width/2, 0);
 754            */
 755
 756         }
 757         else
 758         {
 759           Color maxCol = gcol.getMaxColor();
 760           g.setColor(maxCol);
 761           g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);
 762
 763         }
 764       }
 765
 766       if (hasLink)
 767       {
 768         g.drawImage(linkImage, stringWidth + 25,
 769                 (getSize().height - linkImage.getHeight(this)) / 2, this);
 770       }
 771     }
 772   }
 773
 774   protected void sortByDens(String[] typ)
 775   {
 776     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
 777   }
 778
 779   private String[] getDisplayedFeatureTypes()
 780   {
 781     String[] typ = null;
 782     if (fr != null)
 783     {
 784       synchronized (fr.renderOrder)
 785       {
 786         typ = new String[fr.renderOrder.length];
 787         System.arraycopy(fr.renderOrder, 0, typ, 0, typ.length);
 788         for (int i = 0; i < typ.length; i++)
 789         {
 790           if (av.featuresDisplayed.get(typ[i]) == null)
 791           {
 792             typ[i] = null;
 793           }
 794         }
 795       }
 796     }
 797     return typ;
 798   }
 799
 800   protected void sortBy(String[] typ, String methodText, final String method)
 801   {
 802     if (typ == null)
 803     {
 804       typ = getDisplayedFeatureTypes();
 805     }
 806     String gps[] = null;
 807     gps = fr.getGroups(true);
 808     if (typ != null)
 809     {
 810       for (int i = 0; i < typ.length; i++)
 811       {
 812         System.err.println("Sorting on Types:" + typ[i]);
 813       }
 814     }
 815     if (gps != null)
 816     {
 817
 818       for (int i = 0; i < gps.length; i++)
 819       {
 820         System.err.println("Sorting on groups:" + gps[i]);
 821       }
 822     }
 823     AlignmentPanel alignPanel = ap;
 824     AlignmentI al = alignPanel.av.getAlignment();
 825
 826     int start, stop;
 827     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 828     if (sg != null)
 829     {
 830       start = sg.getStartRes();
 831       stop = sg.getEndRes();
 832     }
 833     else
 834     {
 835       start = 0;
 836       stop = al.getWidth();
 837     }
 838     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
 839     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
 840     this.ap.alignFrame.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText,
 841             oldOrder, alignPanel.av.getAlignment()));
 842     alignPanel.paintAlignment(true);
 843
 844   }
 845
 846   protected void sortByScore(String[] typ)
 847   {
 848     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
 849   }
 850
 851 }