src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  32 {
  33   AlignViewport av;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   Frame frame;
  38
  39   SearchResults searchResults;
  40
  41   int seqIndex = 0;
  42
  43   int resIndex = -1;
  44
  45   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  46   {
  47     try
  48     {
  49       jbInit();
  50
  51     } catch (Exception e)
  52     {
  53       e.printStackTrace();
  54     }
  55
  56     this.av = ap.av;
  57     this.ap = ap;
  58     frame = new Frame();
  59     frame.add(this);
  60     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  61             MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  62     frame.repaint();
  63     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  64     {
  65       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  66       {
  67         ap.highlightSearchResults(null);
  68       }
  69     });
  70     textfield.requestFocus();
  71   }
  72
  73   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  74   {
  75     if (evt.getSource() == textfield)
  76     {
  77       doSearch(false);
  78     }
  79
  80     else if (evt.getSource() == findNext)
  81     {
  82       doSearch(false);
  83     }
  84
  85     else if (evt.getSource() == findAll)
  86     {
  87       resIndex = -1;
  88       seqIndex = 0;
  89       doSearch(true);
  90     }
  91     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  92     {
  93       createNewGroup_actionPerformed();
  94     }
  95   }
  96
  97   public void createNewGroup_actionPerformed()
  98   {
  99     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 100     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
 101             .getSize()];
 102
 103     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 104     {
 105       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 106
 107       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 108               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 109               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 110     }
 111
 112     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 113             features, true, ap))
 114     {
 115       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 116       av.showSequenceFeatures(true);
 117       ap.highlightSearchResults(null);
 118     }
 119   }
 120
 121   void doSearch(boolean findAll)
 122   {
 123     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 124     {
 125       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 126       av = ap.av;
 127     }
 128     createNewGroup.setEnabled(false);
 129     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 130             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 131     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 132     finder.setFindAll(findAll);
 133
 134     String searchString = textfield.getText();
 135
 136     finder.find(searchString);
 137     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 138     resIndex = finder.getResIndex();
 139     searchResults = finder.getSearchResults();
 140     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 141     boolean haveResults = false;
 142     // set or reset the GUI
 143     if ((idMatch.size() > 0))
 144     {
 145       haveResults = true;
 146       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 147     }
 148     else
 149     {
 150       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 151     }
 152
 153     if (searchResults.getSize() > 0)
 154     {
 155       haveResults = true;
 156       createNewGroup.setEnabled(true);
 157
 158     }
 159     else
 160     {
 161       searchResults = null;
 162     }
 163
 164     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 165     // seqCanvas
 166     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 167     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 168     // 'SelectRegion' selection
 169     if (!haveResults)
 170     {
 171       ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 172               .getString("label.finished_searching"));
 173       resIndex = -1;
 174       seqIndex = 0;
 175     }
 176     else
 177     {
 178       if (findAll)
 179       {
 180         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 181                 + " IDs" : "";
 182         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 183                 && searchResults.getSize() > 0)
 184         {
 185           message += " and ";
 186         }
 187         if (searchResults != null)
 188         {
 189           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 190         }
 191         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 192                 "label.search_results", new String[]
 193                 { searchString, message }));
 194
 195       }
 196       else
 197       {
 198         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 199         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 200                 "label.found_match_for", new String[]
 201                 { searchString }));
 202       }
 203     }
 204   }
 205
 206   Label jLabel1 = new Label();
 207
 208   protected TextField textfield = new TextField();
 209
 210   protected Button findAll = new Button();
 211
 212   protected Button findNext = new Button();
 213
 214   Panel jPanel1 = new Panel();
 215
 216   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 217
 218   protected Button createNewGroup = new Button();
 219
 220   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 221
 222   private void jbInit() throws Exception
 223   {
 224     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 225     jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));
 226     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 227     this.setLayout(null);
 228     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 229     textfield.setText("");
 230     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 231     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 232     {
 233       public void keyTyped(KeyEvent e)
 234       {
 235         textfield_keyTyped(e);
 236       }
 237     });
 238     textfield.addActionListener(this);
 239     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 240     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 241     findAll.addActionListener(this);
 242     findNext.setEnabled(false);
 243     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 244     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 245     findNext.addActionListener(this);
 246     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 247     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 248     gridLayout1.setHgap(0);
 249     gridLayout1.setRows(3);
 250     gridLayout1.setVgap(2);
 251     createNewGroup.setEnabled(false);
 252     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 253     createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 254     createNewGroup.addActionListener(this);
 255     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 256     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 257     jPanel1.add(findNext, null);
 258     jPanel1.add(findAll, null);
 259     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 260     this.add(caseSensitive);
 261     this.add(textfield, null);
 262     this.add(jLabel1, null);
 263     this.add(jPanel1, null);
 264   }
 265
 266   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 267   {
 268     findNext.setEnabled(true);
 269   }
 270
 271 }