src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.util.List;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class IdCanvas extends Panel
  27 {
  28   protected AlignViewport av;
  29
  30   protected boolean showScores = true;
  31
  32   protected int maxIdLength = -1;
  33
  34   protected String maxIdStr = null;
  35
  36   Image image;
  37
  38   Graphics gg;
  39
  40   int imgHeight = 0;
  41
  42   boolean fastPaint = false;
  43
  44   List<SequenceI> searchResults;
  45
  46   public IdCanvas(AlignViewport av)
  47   {
  48     setLayout(null);
  49     this.av = av;
  50     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  51   }
  52
  53   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  54           int ypos)
  55   {
  56     int charHeight = av.getCharHeight();
  57
  58     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  59     {
  60       gg.setColor(Color.black);
  61       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  62               charHeight);
  63       gg.setColor(Color.white);
  64     }
  65     else if (av.getSelectionGroup() != null
  66             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  67     {
  68       gg.setColor(Color.lightGray);
  69       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  70               charHeight);
  71       gg.setColor(Color.white);
  72     }
  73     else
  74     {
  75       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  76       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  77               charHeight);
  78       gg.setColor(Color.black);
  79     }
  80
  81     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  82             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  83                     - (charHeight / 5));
  84
  85     if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
  86     {
  87       drawMarker(i, starty, ypos);
  88     }
  89
  90   }
  91
  92   public void fastPaint(int vertical)
  93   {
  94     if (gg == null)
  95     {
  96       repaint();
  97       return;
  98     }
  99
 100     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical
 101             * av.charHeight);
 102
 103     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 104     if (vertical > 0) // scroll down
 105     {
 106       ss = es - vertical;
 107       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 108       {
 109         ss = av.startSeq;
 110       }
 111       else
 112       {
 113         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 114       }
 115     }
 116     else if (vertical < 0)
 117     {
 118       es = ss - vertical;
 119       if (es > av.endSeq)
 120       {
 121         es = av.endSeq;
 122       }
 123     }
 124
 125     gg.translate(0, transY);
 126
 127     drawIds(ss, es);
 128
 129     gg.translate(0, -transY);
 130
 131     fastPaint = true;
 132     repaint();
 133   }
 134
 135   public void update(Graphics g)
 136   {
 137     paint(g);
 138   }
 139
 140   public void paint(Graphics g)
 141   {
 142     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 143     {
 144       return;
 145     }
 146     if (fastPaint)
 147     {
 148       fastPaint = false;
 149       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 150       return;
 151     }
 152
 153     imgHeight = getSize().height;
 154     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 155
 156     if (imgHeight < 1)
 157     {
 158       return;
 159     }
 160
 161     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 162     {
 163       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 164       gg = image.getGraphics();
 165       gg.setFont(av.getFont());
 166     }
 167
 168     // Fill in the background
 169     gg.setColor(Color.white);
 170     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 171             .getFont().getSize());
 172     gg.setFont(italic);
 173
 174     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 175     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 176     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 177   }
 178
 179   void drawIds(int starty, int endy)
 180   {
 181     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 182             .getFont().getSize());
 183
 184     gg.setFont(italic);
 185
 186     Color currentColor = Color.white;
 187     Color currentTextColor = Color.black;
 188
 189     if (av.getWrapAlignment())
 190     {
 191       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 192       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 193
 194       if (av.hasHiddenColumns())
 195       {
 196         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 197       }
 198
 199       int annotationHeight = 0;
 200       AnnotationLabels labels = null;
 201
 202       if (av.showAnnotation)
 203       {
 204         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 205         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 206         labels = new AnnotationLabels(av);
 207       }
 208
 209       int hgap = av.charHeight;
 210       if (av.scaleAboveWrapped)
 211       {
 212         hgap += av.charHeight;
 213       }
 214
 215       int cHeight = alheight * av.charHeight + hgap + annotationHeight;
 216
 217       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 218
 219       // Draw the rest of the panels
 220       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 221               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 222       {
 223         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 224         {
 225
 226           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 227           gg.setFont(italic);
 228           if (av.hasHiddenRows())
 229           {
 230             setHiddenFont(s);
 231           }
 232           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 233         }
 234
 235         if (labels != null)
 236         {
 237           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));
 238           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 239           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));
 240         }
 241
 242       }
 243     }
 244     else
 245     {
 246       // Now draw the id strings
 247       SequenceI seq;
 248       for (int i = starty; i < endy; i++)
 249       {
 250
 251         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 252         if (seq == null)
 253         {
 254           continue;
 255         }
 256         gg.setFont(italic);
 257         // boolean isrep=false;
 258         if (av.hasHiddenRows())
 259         {
 260           // isrep =
 261           setHiddenFont(seq);
 262         }
 263
 264         // Selected sequence colours
 265         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 266         {
 267           currentColor = Color.black;
 268           currentTextColor = Color.white;
 269         }
 270         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 271                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 272         {
 273           currentColor = Color.lightGray;
 274           currentTextColor = Color.black;
 275         }
 276         else
 277         {
 278           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 279           currentTextColor = Color.black;
 280         }
 281
 282         gg.setColor(currentColor);
 283         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 284         // different way
 285         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,
 286                 av.charHeight);
 287         gg.setColor(currentTextColor);
 288
 289         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 290                 (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight)
 291                         - (av.charHeight / 5));
 292
 293         if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
 294         {
 295           drawMarker(i, starty, 0);
 296         }
 297       }
 298     }
 299   }
 300
 301   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 302   {
 303     searchResults = list;
 304     repaint();
 305   }
 306
 307   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 308   {
 309     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 310     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 311     // 3 times.
 312     int hSize = hseqs.length;
 313
 314     int hiddenIndex = i;
 315     int lastIndex = i - 1;
 316     int nextIndex = i + 1;
 317
 318     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 319     {
 320       if (hseqs[j] != null)
 321       {
 322         if (j - 1 < hiddenIndex)
 323         {
 324           hiddenIndex++;
 325         }
 326         if (j - 1 < lastIndex)
 327         {
 328           lastIndex++;
 329         }
 330         if (j - 1 < nextIndex)
 331         {
 332           nextIndex++;
 333         }
 334       }
 335     }
 336
 337     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 338     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 339
 340     gg.setColor(Color.blue);
 341     if (below)
 342     {
 343       gg.fillPolygon(new int[]
 344       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 345           getSize().width }, new int[]
 346       { (i - starty) * av.charHeight + yoffset,
 347           (i - starty) * av.charHeight + yoffset + av.charHeight / 4,
 348           (i - starty) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 349     }
 350     if (above)
 351     {
 352       gg.fillPolygon(new int[]
 353       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 354           getSize().width }, new int[]
 355       { (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset,
 356           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset - av.charHeight / 4,
 357           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 358
 359     }
 360   }
 361
 362   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 363   {
 364     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 365             .getSize());
 366
 367     if (av.getHiddenRepSequences() != null
 368             && av.getHiddenRepSequences().containsKey(seq))
 369     {
 370       gg.setFont(bold);
 371       return true;
 372     }
 373     return false;
 374   }
 375 }