src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 public class PairwiseAlignPanel extends Panel implements ActionListener
  31 {
  32   Vector sequences = new Vector();
  33
  34   AlignmentPanel ap;
  35
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  37   {
  38     try
  39     {
  40       jbInit();
  41     } catch (Exception e)
  42     {
  43       e.printStackTrace();
  44     }
  45     this.ap = ap;
  46     sequences = new Vector();
  47
  48     SequenceI[] seqs;
  49     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  50
  51     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  52     {
  53       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
  54     }
  55     else
  56     {
  57       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
  58               ap.av.getAlignment());
  59     }
  60
  61     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  62     double totscore = 0;
  63     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  64     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  65             : AlignSeq.PEP;
  66     Sequence seq;
  67
  68     for (int i = 1; i < count; i++)
  69     {
  70       for (int j = 0; j < i; j++)
  71       {
  72
  73         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  74                 seqStrings[j], type);
  75
  76         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  77         {
  78           continue;
  79         }
  80
  81         as.calcScoreMatrix();
  82         as.traceAlignment();
  83
  84         as.printAlignment(System.out);
  85         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  86                 / (float) as.getASeq1().length;
  87         totscore = totscore + scores[i][j];
  88
  89         textarea.append(as.getOutput());
  90         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  91                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
  92         sequences.addElement(seq);
  93
  94         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
  95                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
  96         sequences.addElement(seq);
  97       }
  98     }
  99
 100     if (count > 2)
 101     {
 102       System.out
 103               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 104
 105       for (int i = 0; i < count; i++)
 106       {
 107         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 108                 + seqs[i].getName());
 109       }
 110
 111       System.out.println("\n");
 112
 113       for (int i = 0; i < count; i++)
 114       {
 115         for (int j = 0; j < i; j++)
 116         {
 117           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 118                   / totscore);
 119         }
 120       }
 121
 122       System.out.println("\n");
 123     }
 124   }
 125
 126   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 127   {
 128     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 129     {
 130       viewInEditorButton_actionPerformed();
 131     }
 132   }
 133
 134   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 135   {
 136
 137     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 138
 139     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 140     {
 141       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 142     }
 143
 144     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 145             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 146
 147   }
 148
 149   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 150
 151   protected TextArea textarea = new TextArea();
 152
 153   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 154
 155   Panel jPanel1 = new Panel();
 156
 157   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 158
 159   private void jbInit() throws Exception
 160   {
 161     this.setLayout(borderLayout1);
 162     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 163     textarea.setText("");
 164     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 165     viewInEditorButton.setLabel(MessageManager.getString("label.view_alignment_editor"));
 166     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 167     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 168     scrollPane.add(textarea);
 169     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 170     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 171   }
 172
 173 }