src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  28         MouseListener
  29 {
  30
  31   protected int offy = 4;
  32
  33   public int width;
  34
  35   protected AlignViewport av;
  36
  37   AlignmentPanel ap;
  38
  39   boolean stretchingGroup = false;
  40
  41   int min; // used by mouseDragged to see if user
  42
  43   int max; // used by mouseDragged to see if user
  44
  45   boolean mouseDragging = false;
  46
  47   int[] reveal;
  48
  49   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  50   {
  51     setLayout(null);
  52     this.av = av;
  53     this.ap = ap;
  54
  55     addMouseListener(this);
  56     addMouseMotionListener(this);
  57
  58   }
  59
  60   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  61   {
  62     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  63     final int res;
  64
  65     if (av.hasHiddenColumns())
  66     {
  67       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  68     }
  69     else
  70     {
  71       res = x;
  72     }
  73
  74     min = res;
  75     max = res;
  76     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  77     {
  78       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  79       if (reveal != null)
  80       {
  81         MenuItem item = new MenuItem(MessageManager.getString("label.reveal"));
  82         item.addActionListener(new ActionListener()
  83         {
  84           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  85           {
  86             av.showColumn(reveal[0]);
  87             reveal = null;
  88             ap.paintAlignment(true);
  89             if (ap.overviewPanel != null)
  90             {
  91               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  92             }
  93           }
  94         });
  95         pop.add(item);
  96
  97         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
  98         {
  99           item = new MenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 100           item.addActionListener(new ActionListener()
 101           {
 102             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 103             {
 104               av.showAllHiddenColumns();
 105               reveal = null;
 106               ap.paintAlignment(true);
 107               if (ap.overviewPanel != null)
 108               {
 109                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 110               }
 111             }
 112           });
 113           pop.add(item);
 114         }
 115         this.add(pop);
 116         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 117       }
 118       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 119       {
 120         MenuItem item = new MenuItem(MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 121         item.addActionListener(new ActionListener()
 122         {
 123           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 124           {
 125             av.hideColumns(res, res);
 126             if (av.getSelectionGroup() != null
 127                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av
 128                             .getAlignment().getHeight())
 129             {
 130               av.setSelectionGroup(null);
 131             }
 132
 133             ap.paintAlignment(true);
 134             if (ap.overviewPanel != null)
 135             {
 136               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 137             }
 138           }
 139         });
 140         pop.add(item);
 141         this.add(pop);
 142         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 143       }
 144     }
 145     else
 146     // LEFT MOUSE TO SELECT
 147     {
 148       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 149       {
 150         av.getColumnSelection().clear();
 151       }
 152
 153       av.getColumnSelection().addElement(res);
 154       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 155       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)
 156       {
 157         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 158       }
 159
 160       sg.setStartRes(res);
 161       sg.setEndRes(res);
 162       av.setSelectionGroup(sg);
 163
 164       if (evt.isShiftDown())
 165       {
 166         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 167         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 168         for (int i = min; i < max; i++)
 169         {
 170           av.getColumnSelection().addElement(i);
 171         }
 172         sg.setStartRes(min);
 173         sg.setEndRes(max);
 174       }
 175     }
 176
 177     ap.paintAlignment(true);
 178     av.sendSelection();
 179   }
 180
 181   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 182   {
 183     mouseDragging = false;
 184
 185     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 186
 187     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 188     {
 189       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 190     }
 191
 192     if (av.hasHiddenColumns())
 193     {
 194       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 195     }
 196
 197     if (!stretchingGroup)
 198     {
 199       ap.paintAlignment(false);
 200
 201       return;
 202     }
 203
 204     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 205
 206     if (res > sg.getStartRes())
 207     {
 208       sg.setEndRes(res);
 209     }
 210     else if (res < sg.getStartRes())
 211     {
 212       sg.setStartRes(res);
 213     }
 214
 215     stretchingGroup = false;
 216     ap.paintAlignment(false);
 217     av.sendSelection();
 218   }
 219
 220   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 221   {
 222     mouseDragging = true;
 223
 224     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 225     if (res < 0)
 226     {
 227       res = 0;
 228     }
 229
 230     if (av.hasHiddenColumns())
 231     {
 232       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 233     }
 234
 235     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 236     {
 237       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 238     }
 239
 240     if (res < min)
 241     {
 242       min = res;
 243     }
 244
 245     if (res > max)
 246     {
 247       max = res;
 248     }
 249
 250     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 251
 252     if (sg != null)
 253     {
 254       stretchingGroup = true;
 255
 256       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 257       {
 258         av.getColumnSelection().addElement(res);
 259       }
 260
 261       if (res > sg.getStartRes())
 262       {
 263         sg.setEndRes(res);
 264       }
 265       if (res < sg.getStartRes())
 266       {
 267         sg.setStartRes(res);
 268       }
 269
 270       int col;
 271       for (int i = min; i <= max; i++)
 272       {
 273         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 274
 275         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 276         {
 277           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 278         }
 279         else
 280         {
 281           av.getColumnSelection().addElement(col);
 282         }
 283       }
 284
 285       ap.paintAlignment(false);
 286     }
 287   }
 288
 289   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 290   {
 291     if (mouseDragging)
 292     {
 293       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 294     }
 295   }
 296
 297   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 298   {
 299     if (mouseDragging)
 300     {
 301       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 302     }
 303   }
 304
 305   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 306   {
 307
 308   }
 309
 310   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 311   {
 312     if (!av.hasHiddenColumns())
 313     {
 314       return;
 315     }
 316
 317     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 318
 319     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 320
 321     reveal = null;
 322     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 323     {
 324       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 325               .elementAt(i);
 326       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 327       {
 328         reveal = region;
 329         break;
 330       }
 331     }
 332
 333     repaint();
 334   }
 335
 336   public void update(Graphics g)
 337   {
 338     paint(g);
 339   }
 340
 341   public void paint(Graphics g)
 342   {
 343     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 344             getSize().height);
 345   }
 346
 347   // scalewidth will normally be screenwidth,
 348   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 349           int height)
 350   {
 351     gg.setFont(av.getFont());
 352
 353     // Fill in the background
 354     gg.setColor(Color.white);
 355     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 356     gg.setColor(Color.black);
 357
 358     // Fill the selected columns
 359     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 360     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 361
 362     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 363     {
 364       int sel = cs.columnAt(i);
 365       if (av.hasHiddenColumns())
 366       {
 367         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 368       }
 369
 370       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 371       {
 372         gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 373                 getSize().height);
 374       }
 375     }
 376
 377     // Draw the scale numbers
 378     gg.setColor(Color.black);
 379
 380     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 381
 382     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 383     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 384
 385     if ((scalestartx % 10) == 0)
 386     {
 387       scalestartx += 5;
 388     }
 389
 390     String string;
 391     int maxX = 0;
 392
 393     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 394     {
 395       if ((i % 10) == 0)
 396       {
 397         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 398                 .adjustForHiddenColumns(i));
 399         if ((i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 400         {
 401           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 402           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 403         }
 404
 405         gg.drawLine(
 406                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 407                 y + 2,
 408                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 409                 y + (fm.getDescent() * 2));
 410
 411       }
 412       else
 413       {
 414         gg.drawLine(
 415                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 416                 y + fm.getDescent(),
 417                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 418                 y + (fm.getDescent() * 2));
 419       }
 420     }
 421
 422     if (av.hasHiddenColumns())
 423     {
 424       gg.setColor(Color.blue);
 425       int res;
 426       if (av.getShowHiddenMarkers())
 427       {
 428         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 429                 .size(); i++)
 430         {
 431
 432           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 433                   - startx;
 434
 435           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 436           {
 437             continue;
 438           }
 439
 440           gg.fillPolygon(new int[]
 441           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 442               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 443                   new int[]
 444                   { y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2, y + 8 },
 445                   3);
 446
 447         }
 448       }
 449
 450       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 451       {
 452         gg.drawString(MessageManager.getString("label.reveal_columns"), reveal[0] * av.charWidth, 0);
 453       }
 454     }
 455
 456   }
 457
 458 }