src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  33         AdjustmentListener, MouseListener
  34 {
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   boolean forConservation = true;
  38
  39   ColourSchemeI cs;
  40
  41   static Frame conservationSlider;
  42
  43   static Frame PIDSlider;
  44
  45   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  46           ColourSchemeI cs, String source)
  47   {
  48     SliderPanel sp = null;
  49
  50     if (conservationSlider == null)
  51     {
  52       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  53       conservationSlider = new Frame();
  54       conservationSlider.add(sp);
  55     }
  56     else
  57     {
  58       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  59       sp.cs = cs;
  60     }
  61
  62     conservationSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.conservation_colour_increment", new String[]{source}));
  63     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  64     {
  65       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  66     }
  67     else
  68     {
  69       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  70     }
  71
  72     return sp.getValue();
  73   }
  74
  75   public static void showConservationSlider()
  76   {
  77     try
  78     {
  79       PIDSlider.setVisible(false);
  80       PIDSlider = null;
  81     } catch (Exception ex)
  82     {
  83     }
  84
  85     if (!conservationSlider.isVisible())
  86     {
  87       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  88               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  89       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  90       {
  91         public void windowClosing(WindowEvent e)
  92         {
  93           conservationSlider = null;
  94         }
  95       });
  96
  97     }
  98
  99   }
 100
 101   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 102           String source)
 103   {
 104     SliderPanel pid = null;
 105     if (PIDSlider == null)
 106     {
 107       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 108       PIDSlider = new Frame();
 109       PIDSlider.add(pid);
 110     }
 111     else
 112     {
 113       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 114       pid.cs = cs;
 115     }
 116     PIDSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.percentage_identity_thereshold", new String[]{source}));
 117
 118     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 119     {
 120       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 121     }
 122     else
 123     {
 124       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 125     }
 126
 127     return pid.getValue();
 128
 129   }
 130
 131   public static void showPIDSlider()
 132   {
 133     try
 134     {
 135       conservationSlider.setVisible(false);
 136       conservationSlider = null;
 137     } catch (Exception ex)
 138     {
 139     }
 140
 141     if (!PIDSlider.isVisible())
 142     {
 143       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 144               420, 100);
 145       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 146       {
 147         public void windowClosing(WindowEvent e)
 148         {
 149           PIDSlider = null;
 150         }
 151       });
 152     }
 153
 154   }
 155
 156   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 157           ColourSchemeI cs)
 158   {
 159     try
 160     {
 161       jbInit();
 162     } catch (Exception e)
 163     {
 164       e.printStackTrace();
 165     }
 166     this.ap = ap;
 167     this.cs = cs;
 168     forConservation = forConserve;
 169     undoButton.setVisible(false);
 170     applyButton.setVisible(false);
 171     if (forConservation)
 172     {
 173       label.setText(MessageManager
 174               .getString("label.modify_conservation_visibility"));
 175       slider.setMinimum(0);
 176       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 177       slider.setUnitIncrement(1);
 178     }
 179     else
 180     {
 181       label.setText(MessageManager
 182               .getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 183       slider.setMinimum(0);
 184       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 185       slider.setBlockIncrement(1);
 186     }
 187
 188     slider.addAdjustmentListener(this);
 189     slider.addMouseListener(this);
 190
 191     slider.setValue(value);
 192     valueField.setText(value + "");
 193   }
 194
 195   public void valueChanged(int i)
 196   {
 197     if (cs == null)
 198     {
 199       return;
 200     }
 201
 202     ColourSchemeI toChange = cs;
 203     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 204
 205     if (allGroupsCheck.getState())
 206     {
 207       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 208     }
 209
 210     while (toChange != null)
 211     {
 212       if (forConservation)
 213       {
 214         toChange.setConservationInc(i);
 215       }
 216       else
 217       {
 218         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 219       }
 220       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 221       {
 222         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 223                 && allGroups.hasNext())
 224           ;
 225       }
 226       else
 227       {
 228         toChange = null;
 229       }
 230     }
 231
 232     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 233
 234   }
 235
 236   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 237   {
 238     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 239   }
 240
 241   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 242   {
 243     if (evt.getSource() == applyButton)
 244     {
 245       applyButton_actionPerformed();
 246     }
 247     else if (evt.getSource() == undoButton)
 248     {
 249       undoButton_actionPerformed();
 250     }
 251     else if (evt.getSource() == valueField)
 252     {
 253       valueField_actionPerformed();
 254     }
 255   }
 256
 257   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 258   {
 259     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 260     valueChanged(slider.getValue());
 261   }
 262
 263   public void valueField_actionPerformed()
 264   {
 265     try
 266     {
 267       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 268       slider.setValue(i);
 269     } catch (Exception ex)
 270     {
 271       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 272     }
 273   }
 274
 275   public void setValue(int value)
 276   {
 277     slider.setValue(value);
 278   }
 279
 280   public int getValue()
 281   {
 282     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 283   }
 284
 285   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 286   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 287
 288   protected TextField valueField = new TextField();
 289
 290   protected Label label = new Label();
 291
 292   Panel jPanel1 = new Panel();
 293
 294   Panel jPanel2 = new Panel();
 295
 296   protected Button applyButton = new Button();
 297
 298   protected Button undoButton = new Button();
 299
 300   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 301
 302   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 303
 304   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 305
 306   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 307
 308   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 309
 310   private void jbInit() throws Exception
 311   {
 312     this.setLayout(borderLayout2);
 313
 314     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 315     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 316     // slider.setPaintTicks(true);
 317     slider.setBackground(Color.white);
 318     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 319     slider.setOrientation(0);
 320     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 321     valueField.setText("   ");
 322     valueField.addActionListener(this);
 323     valueField.setColumns(3);
 324     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 325     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 326     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 327     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 328     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 329     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 330     applyButton.addActionListener(this);
 331     undoButton.setEnabled(false);
 332     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 333     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 334     undoButton.addActionListener(this);
 335     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 336     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 337     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager
 338             .getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 339     allGroupsCheck.setName(MessageManager
 340             .getString("action.apply_all_groups"));
 341     this.setBackground(Color.white);
 342     this.setForeground(Color.black);
 343     jPanel2.add(label, null);
 344     jPanel2.add(applyButton, null);
 345     jPanel2.add(undoButton, null);
 346     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 347     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 348     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 349     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 350     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 351   }
 352
 353   protected void applyButton_actionPerformed()
 354   {
 355   }
 356
 357   protected void undoButton_actionPerformed()
 358   {
 359   }
 360
 361   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 362   {
 363   }
 364
 365   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 366   {
 367     ap.paintAlignment(true);
 368   }
 369
 370   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 371   {
 372   }
 373
 374   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 375   {
 376   }
 377
 378   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 379   {
 380   }
 381 }