src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  31         AdjustmentListener, MouseListener
  32 {
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   boolean forConservation = true;
  36
  37   ColourSchemeI cs;
  38
  39   static Frame conservationSlider;
  40
  41   static Frame PIDSlider;
  42
  43   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  44           ColourSchemeI cs, String source)
  45   {
  46     SliderPanel sp = null;
  47
  48     if (conservationSlider == null)
  49     {
  50       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  51       conservationSlider = new Frame();
  52       conservationSlider.add(sp);
  53     }
  54     else
  55     {
  56       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  57       sp.cs = cs;
  58     }
  59
  60     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
  61             + ")");
  62     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  63     {
  64       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  65     }
  66     else
  67     {
  68       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  69     }
  70
  71     return sp.getValue();
  72   }
  73
  74   public static void showConservationSlider()
  75   {
  76     try
  77     {
  78       PIDSlider.setVisible(false);
  79       PIDSlider = null;
  80     } catch (Exception ex)
  81     {
  82     }
  83
  84     if (!conservationSlider.isVisible())
  85     {
  86       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  87               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  88       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  89       {
  90         public void windowClosing(WindowEvent e)
  91         {
  92           conservationSlider = null;
  93         }
  94       });
  95
  96     }
  97
  98   }
  99
 100   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 101           String source)
 102   {
 103     SliderPanel pid = null;
 104     if (PIDSlider == null)
 105     {
 106       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 107       PIDSlider = new Frame();
 108       PIDSlider.add(pid);
 109     }
 110     else
 111     {
 112       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 113       pid.cs = cs;
 114     }
 115     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 116
 117     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 118     {
 119       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 120     }
 121     else
 122     {
 123       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 124     }
 125
 126     return pid.getValue();
 127
 128   }
 129
 130   public static void showPIDSlider()
 131   {
 132     try
 133     {
 134       conservationSlider.setVisible(false);
 135       conservationSlider = null;
 136     } catch (Exception ex)
 137     {
 138     }
 139
 140     if (!PIDSlider.isVisible())
 141     {
 142       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 143               420, 100);
 144       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 145       {
 146         public void windowClosing(WindowEvent e)
 147         {
 148           PIDSlider = null;
 149         }
 150       });
 151     }
 152
 153   }
 154
 155   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 156           ColourSchemeI cs)
 157   {
 158     try
 159     {
 160       jbInit();
 161     } catch (Exception e)
 162     {
 163       e.printStackTrace();
 164     }
 165     this.ap = ap;
 166     this.cs = cs;
 167     forConservation = forConserve;
 168     undoButton.setVisible(false);
 169     applyButton.setVisible(false);
 170     if (forConservation)
 171     {
 172       label.setText(MessageManager.getString("label.modify_conservation_visibility"));
 173       slider.setMinimum(0);
 174       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 175       slider.setUnitIncrement(1);
 176     }
 177     else
 178     {
 179       label.setText(MessageManager.getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 180       slider.setMinimum(0);
 181       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 182       slider.setBlockIncrement(1);
 183     }
 184
 185     slider.addAdjustmentListener(this);
 186     slider.addMouseListener(this);
 187
 188     slider.setValue(value);
 189     valueField.setText(value + "");
 190   }
 191
 192   public void valueChanged(int i)
 193   {
 194     if (cs == null)
 195     {
 196       return;
 197     }
 198
 199     ColourSchemeI toChange = cs;
 200     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 201
 202     if (allGroupsCheck.getState())
 203     {
 204       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 205     }
 206
 207     while (toChange != null)
 208     {
 209       if (forConservation)
 210       {
 211         toChange.setConservationInc(i);
 212       }
 213       else
 214       {
 215         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 216       }
 217       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 218       {
 219         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 220                 && allGroups.hasNext())
 221           ;
 222       }
 223       else
 224       {
 225         toChange = null;
 226       }
 227     }
 228
 229     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 230
 231   }
 232
 233   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 234   {
 235     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 236   }
 237
 238   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 239   {
 240     if (evt.getSource() == applyButton)
 241     {
 242       applyButton_actionPerformed();
 243     }
 244     else if (evt.getSource() == undoButton)
 245     {
 246       undoButton_actionPerformed();
 247     }
 248     else if (evt.getSource() == valueField)
 249     {
 250       valueField_actionPerformed();
 251     }
 252   }
 253
 254   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 255   {
 256     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 257     valueChanged(slider.getValue());
 258   }
 259
 260   public void valueField_actionPerformed()
 261   {
 262     try
 263     {
 264       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 265       slider.setValue(i);
 266     } catch (Exception ex)
 267     {
 268       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 269     }
 270   }
 271
 272   public void setValue(int value)
 273   {
 274     slider.setValue(value);
 275   }
 276
 277   public int getValue()
 278   {
 279     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 280   }
 281
 282   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 283   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 284
 285   protected TextField valueField = new TextField();
 286
 287   protected Label label = new Label();
 288
 289   Panel jPanel1 = new Panel();
 290
 291   Panel jPanel2 = new Panel();
 292
 293   protected Button applyButton = new Button();
 294
 295   protected Button undoButton = new Button();
 296
 297   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 298
 299   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 300
 301   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 302
 303   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 304
 305   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 306
 307   private void jbInit() throws Exception
 308   {
 309     this.setLayout(borderLayout2);
 310
 311     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 312     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 313     // slider.setPaintTicks(true);
 314     slider.setBackground(Color.white);
 315     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 316     slider.setOrientation(0);
 317     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 318     valueField.setText("   ");
 319     valueField.addActionListener(this);
 320     valueField.setColumns(3);
 321     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 322     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 323     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 324     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 325     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 326     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 327     applyButton.addActionListener(this);
 328     undoButton.setEnabled(false);
 329     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 330     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 331     undoButton.addActionListener(this);
 332     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 333     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 334     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager.getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 335     allGroupsCheck.setName(MessageManager.getString("action.apply_all_groups"));
 336     this.setBackground(Color.white);
 337     this.setForeground(Color.black);
 338     jPanel2.add(label, null);
 339     jPanel2.add(applyButton, null);
 340     jPanel2.add(undoButton, null);
 341     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 342     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 343     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 344     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 345     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 346   }
 347
 348   protected void applyButton_actionPerformed()
 349   {
 350   }
 351
 352   protected void undoButton_actionPerformed()
 353   {
 354   }
 355
 356   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 357   {
 358   }
 359
 360   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 361   {
 362     ap.paintAlignment(true);
 363   }
 364
 365   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 366   {
 367   }
 368
 369   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 370   {
 371   }
 372
 373   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 374   {
 375   }
 376 }