src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.awt.FlowLayout;
  22 import java.awt.Frame;
  23 import java.awt.event.ActionEvent;
  24 import java.awt.event.ActionListener;
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileOutputStream;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.OutputStreamWriter;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31 import java.lang.reflect.Constructor;
  32 import java.net.URI;
  33 import java.net.URL;
  34 import java.net.URLDecoder;
  35 import java.security.AllPermission;
  36 import java.security.CodeSource;
  37 import java.security.PermissionCollection;
  38 import java.security.Permissions;
  39 import java.security.Policy;
  40 import java.util.*;
  41
  42 import javax.swing.*;
  43
  44 import jalview.gui.*;
  45 import jalview.util.Platform;
  46
  47 /**
  48  * Main class for Jalview Application <br>
  49  * <br>
  50  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  51  *
  52  * @author $author$
  53  * @version $Revision$
  54  */
  55 public class Jalview
  56 {
  57   static
  58   {
  59     // grab all the rights we can the JVM
  60     Policy.setPolicy(new Policy()
  61     {
  62       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  63       {
  64         Permissions perms = new Permissions();
  65         perms.add(new AllPermission());
  66         return (perms);
  67       }
  68
  69       public void refresh()
  70       {
  71       }
  72     });
  73   }
  74   /**
  75    * Put protein=true for get a protein example
  76    */
  77   private static boolean protein=false;
  78
  79
  80   /**
  81    * main class for Jalview application
  82    *
  83    * @param args
  84    *          open <em>filename</em>
  85    */
  86   public static void main(String[] args)
  87   {
  88     System.out.println("Java version: "
  89             + System.getProperty("java.version"));
  90     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  91             + System.getProperty("os.name") + " "
  92             + System.getProperty("os.version"));
  93     if (new Platform().isAMac())
  94     {
  95       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  96               "Jalview");
  97       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  98     }
  99
 100     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 101     boolean headless = false;
 102
 103     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 104     {
 105       System.out
 106               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 107                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 108                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 109                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 110                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 111                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 112                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 113                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 114                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 115                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 116                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 117                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 118                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 119                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 120                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 121                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 122                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 123                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 124                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 125                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 126                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 127                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 128                       // +
 129                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 130                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 131                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 132                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 133                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 134                       // +
 135                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 136                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 137                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 138                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 139       System.exit(0);
 140     }
 141     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui") || aparser.contains("headless"))
 142     {
 143       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 144       headless=true;
 145     }
 146     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 147     // anything else!
 148     String defs = aparser.getValue("setprop");
 149     while (defs != null)
 150     {
 151       int p = defs.indexOf('=');
 152       if (p == -1)
 153       {
 154         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 155       }
 156       else
 157       {
 158         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 159         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 160         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 161         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 162       }
 163       defs = aparser.getValue("setprop");
 164     }
 165     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 166             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 167     {
 168       headless = true;
 169     }
 170     System.setProperty("http.agent", "Jalview Desktop/"+Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 171     try
 172     {
 173       Cache.initLogger();
 174     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 175     {
 176       error.printStackTrace();
 177       System.out
 178               .println("\nEssential logging libraries not found."
 179                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 180       System.exit(0);
 181     }
 182
 183     Desktop desktop = null;
 184
 185     try
 186     {
 187       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 188     } catch (Exception ex)
 189     {
 190     }
 191
 192     if (!headless)
 193     {
 194       desktop = new Desktop();
 195       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 196       desktop.setVisible(true);
 197       desktop.startServiceDiscovery();
 198       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 199       {
 200         startUsageStats(desktop);
 201       }
 202       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 203       {
 204         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 205         if (url != null)
 206         {
 207           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 208           // questionnaire
 209           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 210           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 211         }
 212         else
 213         {
 214           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 215           {
 216             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 217             // questionnaire
 218             // String defurl =
 219             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 220             // //
 221             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 222             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 223                     + defurl);
 224             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 225
 226           }
 227         }
 228       }
 229       desktop.checkForNews();
 230     }
 231
 232     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 233     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 234     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 235     // features from
 236     // loading is done.
 237     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 238     // completed one way or another
 239     // extract groovy argument and execute if necessary
 240     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 241     file = aparser.getValue("open", true);
 242
 243     if (file == null && desktop == null)
 244     {
 245       System.out.println("No files to open!");
 246       System.exit(1);
 247     }
 248     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 249             .getValue("vsess");
 250     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 251     {
 252       if (desktop == null || headless)
 253       {
 254         System.out
 255                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 256         System.exit(1);
 257       }
 258       // if we have a file, start a new session and import it.
 259       boolean inSession = false;
 260       if (vamsasImport != null)
 261       {
 262         try
 263         {
 264           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 265                   .checkProtocol(vamsasImport);
 266           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 267           {
 268             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 269           }
 270           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 271           {
 272             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 273           }
 274
 275         } catch (Exception e)
 276         {
 277           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 278                   + " as a vamsas document.");
 279           e.printStackTrace();
 280         }
 281         if (!inSession)
 282         {
 283           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 284                   + " as a vamsas document.");
 285         }
 286         else
 287         {
 288           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 289                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 290         }
 291       }
 292       if (vamsasSession != null)
 293       {
 294         if (vamsasImport != null)
 295         {
 296           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 297           // remnants into the new session later on.
 298           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 299         }
 300         // now join the new session
 301         try
 302         {
 303           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 304           {
 305             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 306                     + vamsasSession);
 307           }
 308           else
 309           {
 310             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 311                     + vamsasSession);
 312           }
 313         } catch (Exception e)
 314         {
 315           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 316                   + vamsasSession);
 317           e.printStackTrace();
 318         }
 319         if (vamsasImport != null)
 320         {
 321           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 322           // session at the user's leisure.
 323           Cache.log
 324                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 325           // enable
 326           // this
 327           // when
 328           // debugged
 329           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 330         }
 331       }
 332     }
 333     long progress = -1;
 334     // Finally, deal with the remaining input data.
 335     if (file != null)
 336     {
 337       if (!headless)
 338       {
 339         desktop.setProgressBar("Processing commandline arguments...",
 340                 progress = System.currentTimeMillis());
 341       }
 342       System.out.println("Opening file: " + file);
 343
 344       if (!file.startsWith("http://"))
 345       {
 346         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 347         {
 348           System.out.println("Can't find " + file);
 349           if (headless)
 350           {
 351             System.exit(1);
 352           }
 353         }
 354       }
 355
 356       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 357
 358       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 359
 360       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 361               format);
 362       if (af == null)
 363       {
 364         System.out.println("error");
 365       }
 366       else
 367       {
 368
 369         data = aparser.getValue("colour", true);
 370         if (data != null)
 371         {
 372           data.replaceAll("%20", " ");
 373
 374           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 375                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 376
 377           if (cs == null)
 378           {
 379             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 380                     "white");
 381             ucs.parseAppletParameter(data);
 382             cs = ucs;
 383           }
 384
 385           System.out.println("colour is " + data);
 386           af.changeColour(cs);
 387         }
 388
 389         // Must maintain ability to use the groups flag
 390         data = aparser.getValue("groups", true);
 391         if (data != null)
 392         {
 393           af.parseFeaturesFile(data,
 394                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 395           System.out.println("Added " + data);
 396         }
 397         data = aparser.getValue("features", true);
 398         if (data != null)
 399         {
 400           af.parseFeaturesFile(data,
 401                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 402           System.out.println("Added " + data);
 403         }
 404
 405         data = aparser.getValue("annotations", true);
 406         if (data != null)
 407         {
 408           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 409           System.out.println("Added " + data);
 410         }
 411         // set or clear the sortbytree flag.
 412         if (aparser.contains("sortbytree"))
 413         {
 414           af.getViewport().setSortByTree(true);
 415         }
 416         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 417         {
 418           af.getViewport().setSortByTree(false);
 419         }
 420         data = aparser.getValue("tree", true);
 421         if (data != null)
 422         {
 423           jalview.io.NewickFile fin = null;
 424           try
 425           {
 426             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 427                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 428             if (fin != null)
 429             {
 430               af.getViewport().setCurrentTree(
 431                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 432               System.out.println("Added tree " + data);
 433             }
 434           } catch (IOException ex)
 435           {
 436             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 437             ex.printStackTrace(System.err);
 438           }
 439         }
 440         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 441         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 442         // sequence)
 443
 444         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 445         if (af != null && getFeatures != null)
 446         {
 447           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 448           if (ff != null)
 449             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 450             {
 451               // wait around until fetching is finished.
 452               try
 453               {
 454                 Thread.sleep(100);
 455               } catch (Exception e)
 456               {
 457
 458               }
 459             }
 460           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 461         }
 462         if (groovyscript != null)
 463         {
 464           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 465           // and before any images or figures are generated.
 466           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 467           {
 468             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 469             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 470             { desktop, af });
 471           }
 472           else
 473           {
 474             System.err
 475                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 476                             + groovyscript);
 477           }
 478           groovyscript = null;
 479         }
 480         String imageName = "unnamed.png";
 481         while (aparser.getSize() > 1)
 482         {
 483           format = aparser.nextValue();
 484           file = aparser.nextValue();
 485
 486           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 487           {
 488             af.createPNG(new java.io.File(file));
 489             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 490             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 491             continue;
 492           }
 493           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 494           {
 495             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 496             System.out.println("Creating image map: " + file);
 497             continue;
 498           }
 499           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 500           {
 501             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 502             af.createEPS(new java.io.File(file));
 503             continue;
 504           }
 505
 506           if (af.saveAlignment(file, format))
 507           {
 508             System.out.println("Written alignment in " + format
 509                     + " format to " + file);
 510           }
 511           else
 512           {
 513             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 514                     + format + " format!!");
 515           }
 516
 517         }
 518
 519         while (aparser.getSize() > 0)
 520         {
 521           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 522         }
 523       }
 524     }
 525     AlignFrame startUpAlframe = null;
 526     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 527     // And the user
 528     // ////////////////////
 529
 530
 531
 532
 533
 534
 535
 536     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 537             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) && protein == true)
 538     {
 539       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 540               "STARTUP_FILE",
 541               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 542                       "http://www.jalview.org")
 543                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 544       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 545       {
 546         // hardwire upgrade of the startup file
 547         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 548         // and remove the stale setting
 549         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 550       }
 551
 552       protocol = "File";
 553
 554       if (file.indexOf("http:") > -1)
 555       {
 556         protocol = "URL";
 557       }
 558
 559       if (file.endsWith(".jar"))
 560       {
 561         format = "Jalview";
 562       }
 563       else
 564       {
 565         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 566       }
 567
 568       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 569               format);
 570       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 571       // extract groovy arguments before anything else.
 572     }
 573     // If the user has specified features to be retrieved,
 574     // or a groovy script to be executed, do them if they
 575     // haven't been done already
 576     // fetch features for the default alignment
 577     if (getFeatures != null)
 578     {
 579       if (startUpAlframe != null)
 580       {
 581         startFeatureFetching(getFeatures);
 582       }
 583     }
 584     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 585     if (groovyscript != null)
 586     {
 587       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 588       {
 589         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 590         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 591         { desktop, startUpAlframe });
 592       }
 593       else
 594       {
 595         System.err
 596                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 597                         + groovyscript);
 598       }
 599     }
 600     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 601     if (desktop != null)
 602     {
 603       if (progress != -1)
 604       {
 605         desktop.setProgressBar(null, progress);
 606       }
 607       desktop.setInBatchMode(false);
 608     }
 609   }
 610
 611
 612   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 613   {
 614     /**
 615      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 616      */
 617     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 618             desktop.desktop,
 619             "USAGESTATS",
 620             "Jalview Usage Statistics",
 621             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 622                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 623                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 624             new Runnable()
 625             {
 626               public void run()
 627               {
 628                 Cache.log
 629                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 630                 Cache.initGoogleTracker();
 631                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 632               }
 633             }, new Runnable()
 634             {
 635               public void run()
 636               {
 637                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 638               }
 639             }, null, true);
 640     desktop.addDialogThread(prompter);
 641   }
 642
 643   /**
 644    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 645    *
 646    * @param groovyscript
 647    *          the script to execute
 648    * @param jalviewContext
 649    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 650    *          'Jalview' object.
 651    */
 652   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 653           Object[] jalviewContext)
 654   {
 655     if (jalviewContext == null)
 656     {
 657       System.err
 658               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 659     }
 660     /**
 661      * for scripts contained in files
 662      */
 663     File tfile = null;
 664     /**
 665      * script's URI
 666      */
 667     URL sfile = null;
 668     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 669     {
 670       // read from stdin into a tempfile and execute it
 671       try
 672       {
 673         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 674         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 675                 new FileOutputStream(tfile)));
 676         BufferedReader br = new BufferedReader(
 677                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 678         String line = null;
 679         while ((line = br.readLine()) != null)
 680         {
 681           outfile.write(line + "\n");
 682         }
 683         br.close();
 684         outfile.flush();
 685         outfile.close();
 686
 687       } catch (Exception ex)
 688       {
 689         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 690                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 691                         .toString()));
 692         ex.printStackTrace();
 693         return;
 694       }
 695       try
 696       {
 697         sfile = tfile.toURI().toURL();
 698       } catch (Exception x)
 699       {
 700         System.err
 701                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 702                         + tfile.toURI());
 703         x.printStackTrace();
 704         return;
 705       }
 706     }
 707     else
 708     {
 709       try
 710       {
 711         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 712       } catch (Exception x)
 713       {
 714         tfile = new File(groovyscript);
 715         if (!tfile.exists())
 716         {
 717           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 718           return;
 719         }
 720         if (!tfile.canRead())
 721         {
 722           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 723           return;
 724         }
 725         if (tfile.length() < 1)
 726         {
 727           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 728           return;
 729         }
 730         try
 731         {
 732           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 733         } catch (Exception ex)
 734         {
 735           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 736                   + tfile.getAbsoluteFile());
 737           return;
 738         }
 739       }
 740     }
 741     boolean success = false;
 742     try
 743     {
 744       /*
 745        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 746        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 747        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 748        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 749        *
 750        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 751        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 752        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 753        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 754        */
 755       Class[] bspec;
 756       Object[] binding;
 757       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 758               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 759       String cnames[] = new String[]
 760       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 761       bspec = new Class[blen * 2];
 762       binding = new Object[blen * 2];
 763       blen = 0;
 764       ClassLoader cl = null;
 765       Map vbinding = new Hashtable();
 766       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 767       {
 768         if (jalviewContext[jc] != null)
 769         {
 770           if (cl == null)
 771           {
 772             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 773           }
 774           bspec[blen * 2] = String.class;
 775           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 776           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 777           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 778           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 779           blen++;
 780         }
 781       }
 782       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 783       Constructor gbcons;
 784       Object gbinding;
 785       try
 786       {
 787         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 788         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 789       } catch (NoSuchMethodException x)
 790       {
 791         // old style binding config - using series of string/object values to
 792         // setVariable.
 793         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 794         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 795         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 796                 "setVariable", bspec);
 797         setvar.invoke(gbinding, binding);
 798       }
 799       ;
 800       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 801       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 802       { URL[].class }); // String[].class });
 803       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 804       { new URL[]
 805       { sfile } }); // .toString() } });
 806       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 807       { String.class, gbindingc });
 808       run.invoke(gse, new Object[]
 809       { sfile.toString(), gbinding });
 810       success = true;
 811     } catch (Exception e)
 812     {
 813       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 814               + " as a groovy script.");
 815       e.printStackTrace(System.err);
 816
 817     }
 818     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 819     {
 820       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 821       // executed
 822       tfile.delete();
 823     }
 824   }
 825
 826   /**
 827    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 828    *
 829    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 830    */
 831   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 832   {
 833     Vector source = null;
 834     String data;
 835     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 836     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 837     {
 838       String nickname = null;
 839       String url = null;
 840       boolean seq = false, feat = true;
 841       int pos = data.indexOf('=');
 842       // determine capabilities
 843       if (pos > 0)
 844       {
 845         nickname = data.substring(0, pos);
 846       }
 847       url = data.substring(pos + 1);
 848       if (url != null
 849               && (url.startsWith("http:") || url
 850                       .startsWith("sequence:http:")))
 851       {
 852         if (nickname == null)
 853         {
 854           nickname = url;
 855         }
 856         if (locsources == null)
 857         {
 858           locsources = "";
 859         }
 860         else
 861         {
 862           locsources += "\t";
 863         }
 864         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 865         System.err
 866                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 867                         + nickname + "|" + url);
 868         if (source == null)
 869         {
 870           source = new Vector();
 871         }
 872         source.addElement(nickname);
 873       }
 874     } // loop until no more server entries are found.
 875     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 876     {
 877       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 878               + locsources);
 879       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 880     }
 881     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 882     {
 883       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 884       if (source == null)
 885       {
 886         source = new Vector();
 887       }
 888       source.addElement(data);
 889     }
 890     return source;
 891   }
 892
 893   /**
 894    * start a feature fetcher for every alignment frame
 895    *
 896    * @param dasSources
 897    */
 898   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 899   {
 900     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 901     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 902     if (afs == null || afs.length == 0)
 903     {
 904       return null;
 905     }
 906     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 907     {
 908       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 909     }
 910     return ff;
 911   }
 912 }
 913
 914 /**
 915  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 916  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 917  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 918  * prefixing it).
 919  *
 920  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 921  *
 922  */
 923
 924 class rnabuttonlistener  implements ActionListener{
 925           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 926                   System.out.println("Good idea ! ");
 927
 928           }
 929 }
 930
 931 class pbuttonlistener  implements ActionListener{
 932           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 933
 934
 935           }
 936 }
 937
 938 class ArgsParser
 939 {
 940   Vector vargs = null;
 941
 942   public ArgsParser(String[] args)
 943   {
 944     vargs = new Vector();
 945     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 946     {
 947       String arg = args[i].trim();
 948       if (arg.charAt(0) == '-')
 949       {
 950         arg = arg.substring(1);
 951       }
 952       vargs.addElement(arg);
 953     }
 954   }
 955
 956   /**
 957    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 958    *
 959    * @param arg
 960    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 961    */
 962   public String getValue(String arg)
 963   {
 964     return getValue(arg, false);
 965   }
 966
 967   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 968   {
 969     int index = vargs.indexOf(arg);
 970     String dc = null, ret = null;
 971     if (index != -1)
 972     {
 973       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 974       vargs.removeElementAt(index);
 975       vargs.removeElementAt(index);
 976       if (utf8decode && ret != null)
 977       {
 978         try
 979         {
 980           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 981           ret = dc;
 982         } catch (Exception e)
 983         {
 984           // TODO: log failure to decode
 985         }
 986       }
 987     }
 988     return ret;
 989   }
 990
 991   /**
 992    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 993    *
 994    * @param arg
 995    * @return true if arg was present in argslist.
 996    */
 997   public boolean contains(String arg)
 998   {
 999     if (vargs.contains(arg))
1000     {
1001       vargs.removeElement(arg);
1002       return true;
1003     }
1004     else
1005     {
1006       return false;
1007     }
1008   }
1009
1010   public String nextValue()
1011   {
1012     return vargs.remove(0).toString();
1013   }
1014
1015   public int getSize()
1016   {
1017     return vargs.size();
1018   }
1019
1020 }
1021
1022 /**
1023  * keep track of feature fetching tasks.
1024  *
1025  * @author JimP
1026  *
1027  */
1028 class FeatureFetcher
1029 {
1030   /*
1031    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1032    * processing events.
1033    */
1034
1035   private int queued = 0;
1036
1037   private int running = 0;
1038
1039   public FeatureFetcher()
1040   {
1041
1042   }
1043
1044   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1045   {
1046     final long id = System.currentTimeMillis();
1047     queued++;
1048     final FeatureFetcher us = this;
1049     new Thread(new Runnable()
1050     {
1051
1052       public void run()
1053       {
1054         synchronized (us)
1055         {
1056           queued--;
1057           running++;
1058         }
1059
1060         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
1061         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1062         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1063         af.setProgressBar(null, id);
1064         synchronized (us)
1065         {
1066           running--;
1067         }
1068       }
1069     }).start();
1070   }
1071
1072   public synchronized boolean allFinished()
1073   {
1074     return queued == 0 && running == 0;
1075   }
1076
1077
1078
1079 };