src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.util.Platform;
  27 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  28
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.io.BufferedReader;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.FileOutputStream;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.io.OutputStreamWriter;
  36 import java.io.PrintWriter;
  37 import java.lang.reflect.Constructor;
  38 import java.net.MalformedURLException;
  39 import java.net.URI;
  40 import java.net.URL;
  41 import java.net.URLDecoder;
  42 import java.security.AllPermission;
  43 import java.security.CodeSource;
  44 import java.security.PermissionCollection;
  45 import java.security.Permissions;
  46 import java.security.Policy;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.Map;
  49 import java.util.Vector;
  50
  51 import javax.swing.UIManager;
  52
  53 /**
  54  * Main class for Jalview Application <br>
  55  * <br>
  56  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  57  *
  58  * @author $author$
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class Jalview
  62 {
  63   static
  64   {
  65     // grab all the rights we can the JVM
  66     Policy.setPolicy(new Policy()
  67     {
  68       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  69       {
  70         Permissions perms = new Permissions();
  71         perms.add(new AllPermission());
  72         return (perms);
  73       }
  74
  75       public void refresh()
  76       {
  77       }
  78     });
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Put protein=true for get a protein example
  83    */
  84   private static boolean protein = false;
  85
  86   /**
  87    * main class for Jalview application
  88    *
  89    * @param args
  90    *          open <em>filename</em>
  91    */
  92   public static void main(String[] args)
  93   {
  94     System.out.println("Java version: "
  95             + System.getProperty("java.version"));
  96     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  97             + System.getProperty("os.name") + " "
  98             + System.getProperty("os.version"));
  99     if (new Platform().isAMac())
 100     {
 101       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 102               "Jalview");
 103       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 104     }
 105
 106     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 107     boolean headless = false;
 108
 109     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 110     {
 111       showUsage();
 112       System.exit(0);
 113     }
 114     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 115             || aparser.contains("headless"))
 116     {
 117       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 118       headless = true;
 119     }
 120     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 121     // anything else!
 122
 123     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 124     if (jabawsUrl != null)
 125     {
 126       try
 127       {
 128         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 129       } catch (MalformedURLException e)
 130       {
 131         System.err.println("Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl
 132                 + " ignored");
 133       }
 134     }
 135
 136     String defs = aparser.getValue("setprop");
 137     while (defs != null)
 138     {
 139       int p = defs.indexOf('=');
 140       if (p == -1)
 141       {
 142         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 143       }
 144       else
 145       {
 146         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 147         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 148         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 149         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 150       }
 151       defs = aparser.getValue("setprop");
 152     }
 153     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 154             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 155     {
 156       headless = true;
 157     }
 158     System.setProperty("http.agent",
 159             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 160     try
 161     {
 162       Cache.initLogger();
 163     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 164     {
 165       error.printStackTrace();
 166       System.out
 167               .println("\nEssential logging libraries not found."
 168                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 169       System.exit(0);
 170     }
 171
 172     Desktop desktop = null;
 173
 174     try
 175     {
 176       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 177     } catch (Exception ex)
 178     {
 179     }
 180
 181     if (!headless)
 182     {
 183       desktop = new Desktop();
 184       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 185       desktop.setVisible(true);
 186       desktop.startServiceDiscovery();
 187       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 188       {
 189         startUsageStats(desktop);
 190       }
 191       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 192       {
 193         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 194         if (url != null)
 195         {
 196           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 197           // questionnaire
 198           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 199           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 200         }
 201         else
 202         {
 203           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 204           {
 205             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 206             // questionnaire
 207             // String defurl =
 208             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 209             // //
 210             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 211             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 212                     + defurl);
 213             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 214
 215           }
 216         }
 217       }
 218       desktop.checkForNews();
 219     }
 220
 221     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 222     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 223     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 224     // features from
 225     // loading is done.
 226     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 227     // completed one way or another
 228     // extract groovy argument and execute if necessary
 229     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 230     file = aparser.getValue("open", true);
 231
 232     if (file == null && desktop == null)
 233     {
 234       System.out.println("No files to open!");
 235       System.exit(1);
 236     }
 237     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 238             .getValue("vsess");
 239     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 240     {
 241       if (desktop == null || headless)
 242       {
 243         System.out
 244                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 245         System.exit(1);
 246       }
 247       // if we have a file, start a new session and import it.
 248       boolean inSession = false;
 249       if (vamsasImport != null)
 250       {
 251         try
 252         {
 253           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 254                   .checkProtocol(vamsasImport);
 255           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 256           {
 257             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 258           }
 259           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 260           {
 261             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 262           }
 263
 264         } catch (Exception e)
 265         {
 266           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 267                   + " as a vamsas document.");
 268           e.printStackTrace();
 269         }
 270         if (!inSession)
 271         {
 272           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 273                   + " as a vamsas document.");
 274         }
 275         else
 276         {
 277           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 278                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 279         }
 280       }
 281       if (vamsasSession != null)
 282       {
 283         if (vamsasImport != null)
 284         {
 285           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 286           // remnants into the new session later on.
 287           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 288         }
 289         // now join the new session
 290         try
 291         {
 292           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 293           {
 294             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 295                     + vamsasSession);
 296           }
 297           else
 298           {
 299             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 300                     + vamsasSession);
 301           }
 302         } catch (Exception e)
 303         {
 304           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 305                   + vamsasSession);
 306           e.printStackTrace();
 307         }
 308         if (vamsasImport != null)
 309         {
 310           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 311           // session at the user's leisure.
 312           Cache.log
 313                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 314           // enable
 315           // this
 316           // when
 317           // debugged
 318           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 319         }
 320       }
 321     }
 322     long progress = -1;
 323     // Finally, deal with the remaining input data.
 324     if (file != null)
 325     {
 326       if (!headless)
 327       {
 328         desktop.setProgressBar(MessageManager.getString("status.processing_commandline_args"),
 329                 progress = System.currentTimeMillis());
 330       }
 331       System.out.println("Opening file: " + file);
 332
 333       if (!file.startsWith("http://"))
 334       {
 335         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 336         {
 337           System.out.println("Can't find " + file);
 338           if (headless)
 339           {
 340             System.exit(1);
 341           }
 342         }
 343       }
 344
 345       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 346
 347       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 348
 349       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 350               format);
 351       if (af == null)
 352       {
 353         System.out.println("error");
 354       }
 355       else
 356       {
 357
 358         data = aparser.getValue("colour", true);
 359         if (data != null)
 360         {
 361           data.replaceAll("%20", " ");
 362
 363           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 364                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 365
 366           if (cs == null)
 367           {
 368             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 369                     "white");
 370             ucs.parseAppletParameter(data);
 371             cs = ucs;
 372           }
 373
 374           System.out.println("colour is " + data);
 375           af.changeColour(cs);
 376         }
 377
 378         // Must maintain ability to use the groups flag
 379         data = aparser.getValue("groups", true);
 380         if (data != null)
 381         {
 382           af.parseFeaturesFile(data,
 383                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 384           System.out.println("Added " + data);
 385         }
 386         data = aparser.getValue("features", true);
 387         if (data != null)
 388         {
 389           af.parseFeaturesFile(data,
 390                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 391           System.out.println("Added " + data);
 392         }
 393
 394         data = aparser.getValue("annotations", true);
 395         if (data != null)
 396         {
 397           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 398           System.out.println("Added " + data);
 399         }
 400         // set or clear the sortbytree flag.
 401         if (aparser.contains("sortbytree"))
 402         {
 403           af.getViewport().setSortByTree(true);
 404         }
 405         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 406         {
 407           af.getViewport().setSortByTree(false);
 408         }
 409         data = aparser.getValue("tree", true);
 410         if (data != null)
 411         {
 412           jalview.io.NewickFile fin = null;
 413           try
 414           {
 415             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 416                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 417             if (fin != null)
 418             {
 419               af.getViewport().setCurrentTree(
 420                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 421               System.out.println("Added tree " + data);
 422             }
 423           } catch (IOException ex)
 424           {
 425             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 426             ex.printStackTrace(System.err);
 427           }
 428         }
 429         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 430         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 431         // sequence)
 432
 433         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 434         if (af != null && getFeatures != null)
 435         {
 436           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 437           if (ff != null)
 438           {
 439             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 440             {
 441               // wait around until fetching is finished.
 442               try
 443               {
 444                 Thread.sleep(100);
 445               } catch (Exception e)
 446               {
 447
 448               }
 449             }
 450           }
 451           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 452         }
 453         if (groovyscript != null)
 454         {
 455           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 456           // and before any images or figures are generated.
 457           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 458           {
 459             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 460             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 461             { desktop, af });
 462           }
 463           else
 464           {
 465             System.err
 466                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 467                             + groovyscript);
 468           }
 469           groovyscript = null;
 470         }
 471         String imageName = "unnamed.png";
 472         while (aparser.getSize() > 1)
 473         {
 474           format = aparser.nextValue();
 475           file = aparser.nextValue();
 476
 477           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 478           {
 479             af.createPNG(new java.io.File(file));
 480             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 481             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 482             continue;
 483           }
 484           else if (format.equalsIgnoreCase("svg"))
 485           {
 486             File imageFile = new java.io.File(file);
 487             imageName = imageFile.getName();
 488             af.createSVG(imageFile);
 489             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 490             continue;
 491           }
 492           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 493           {
 494             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 495             System.out.println("Creating image map: " + file);
 496             continue;
 497           }
 498           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 499           {
 500             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 501             af.createEPS(new java.io.File(file));
 502             continue;
 503           }
 504
 505           if (af.saveAlignment(file, format))
 506           {
 507             System.out.println("Written alignment in " + format
 508                     + " format to " + file);
 509           }
 510           else
 511           {
 512             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 513                     + format + " format!!");
 514           }
 515
 516         }
 517
 518         while (aparser.getSize() > 0)
 519         {
 520           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 521         }
 522       }
 523     }
 524     AlignFrame startUpAlframe = null;
 525     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 526     // And the user
 527     // ////////////////////
 528
 529     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 530             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 531             && protein == true)
 532     {
 533       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 534               "STARTUP_FILE",
 535               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 536                       "http://www.jalview.org")
 537                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 538       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 539       {
 540         // hardwire upgrade of the startup file
 541         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 542         // and remove the stale setting
 543         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 544       }
 545
 546       protocol = "File";
 547
 548       if (file.indexOf("http:") > -1)
 549       {
 550         protocol = "URL";
 551       }
 552
 553       if (file.endsWith(".jar"))
 554       {
 555         format = "Jalview";
 556       }
 557       else
 558       {
 559         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 560       }
 561
 562       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 563               format);
 564       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 565       // extract groovy arguments before anything else.
 566     }
 567     // If the user has specified features to be retrieved,
 568     // or a groovy script to be executed, do them if they
 569     // haven't been done already
 570     // fetch features for the default alignment
 571     if (getFeatures != null)
 572     {
 573       if (startUpAlframe != null)
 574       {
 575         startFeatureFetching(getFeatures);
 576       }
 577     }
 578     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 579     if (groovyscript != null)
 580     {
 581       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 582       {
 583         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 584         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 585         { desktop, startUpAlframe });
 586       }
 587       else
 588       {
 589         System.err
 590                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 591                         + groovyscript);
 592       }
 593     }
 594     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 595     if (desktop != null)
 596     {
 597       if (progress != -1)
 598       {
 599         desktop.setProgressBar(null, progress);
 600       }
 601       desktop.setInBatchMode(false);
 602     }
 603   }
 604
 605   private static void showUsage()
 606   {
 607     System.out
 608             .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 609                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 610                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 611                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 612                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 613                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 614                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 615                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 616                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 617                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 618                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 619                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 620                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 621                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 622                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 623                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 624                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 625                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 626                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 627                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 628                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 629                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 630                     // +
 631                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 632                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 633                     + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 634                     + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 635                     + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 636                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 637                     // +
 638                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 639                     // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 640                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 641                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 642   }
 643
 644   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 645   {
 646     /**
 647      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 648      */
 649     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 650             desktop.desktop,
 651             "USAGESTATS",
 652             "Jalview Usage Statistics",
 653             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 654                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 655                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 656             new Runnable()
 657             {
 658               public void run()
 659               {
 660                 Cache.log
 661                         .debug("Initialising googletracker for usage stats.");
 662                 Cache.initGoogleTracker();
 663                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 664               }
 665             }, new Runnable()
 666             {
 667               public void run()
 668               {
 669                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 670               }
 671             }, null, true);
 672     desktop.addDialogThread(prompter);
 673   }
 674
 675   /**
 676    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 677    *
 678    * @param groovyscript
 679    *          the script to execute
 680    * @param jalviewContext
 681    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 682    *          'Jalview' object.
 683    */
 684   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 685           Object[] jalviewContext)
 686   {
 687     if (jalviewContext == null)
 688     {
 689       System.err
 690               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 691     }
 692     /**
 693      * for scripts contained in files
 694      */
 695     File tfile = null;
 696     /**
 697      * script's URI
 698      */
 699     URL sfile = null;
 700     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 701     {
 702       // read from stdin into a tempfile and execute it
 703       try
 704       {
 705         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 706         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 707                 new FileOutputStream(tfile)));
 708         BufferedReader br = new BufferedReader(
 709                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 710         String line = null;
 711         while ((line = br.readLine()) != null)
 712         {
 713           outfile.write(line + "\n");
 714         }
 715         br.close();
 716         outfile.flush();
 717         outfile.close();
 718
 719       } catch (Exception ex)
 720       {
 721         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 722                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 723                         .toString()));
 724         ex.printStackTrace();
 725         return;
 726       }
 727       try
 728       {
 729         sfile = tfile.toURI().toURL();
 730       } catch (Exception x)
 731       {
 732         System.err
 733                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 734                         + tfile.toURI());
 735         x.printStackTrace();
 736         return;
 737       }
 738     }
 739     else
 740     {
 741       try
 742       {
 743         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 744       } catch (Exception x)
 745       {
 746         tfile = new File(groovyscript);
 747         if (!tfile.exists())
 748         {
 749           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 750           return;
 751         }
 752         if (!tfile.canRead())
 753         {
 754           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 755           return;
 756         }
 757         if (tfile.length() < 1)
 758         {
 759           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 760           return;
 761         }
 762         try
 763         {
 764           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 765         } catch (Exception ex)
 766         {
 767           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 768                   + tfile.getAbsoluteFile());
 769           return;
 770         }
 771       }
 772     }
 773     boolean success = false;
 774     try
 775     {
 776       /*
 777        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 778        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 779        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 780        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 781        *
 782        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 783        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 784        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 785        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 786        */
 787       Class[] bspec;
 788       Object[] binding;
 789       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 790               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 791       String cnames[] = new String[]
 792       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 793       bspec = new Class[blen * 2];
 794       binding = new Object[blen * 2];
 795       blen = 0;
 796       ClassLoader cl = null;
 797       Map vbinding = new Hashtable();
 798       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 799       {
 800         if (jalviewContext[jc] != null)
 801         {
 802           if (cl == null)
 803           {
 804             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 805           }
 806           bspec[blen * 2] = String.class;
 807           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 808           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 809           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 810           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 811           blen++;
 812         }
 813       }
 814       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 815       Constructor gbcons;
 816       Object gbinding;
 817       try
 818       {
 819         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 820         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 821       } catch (NoSuchMethodException x)
 822       {
 823         // old style binding config - using series of string/object values to
 824         // setVariable.
 825         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 826         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 827         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 828                 "setVariable", bspec);
 829         setvar.invoke(gbinding, binding);
 830       }
 831       ;
 832       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 833       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 834       { URL[].class }); // String[].class });
 835       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 836       { new URL[]
 837       { sfile } }); // .toString() } });
 838       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 839       { String.class, gbindingc });
 840       run.invoke(gse, new Object[]
 841       { sfile.toString(), gbinding });
 842       success = true;
 843     } catch (Exception e)
 844     {
 845       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 846               + " as a groovy script.");
 847       e.printStackTrace(System.err);
 848
 849     }
 850     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 851     {
 852       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 853       // executed
 854       tfile.delete();
 855     }
 856   }
 857
 858   /**
 859    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 860    *
 861    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 862    */
 863   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 864   {
 865     Vector source = null;
 866     String data;
 867     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 868     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 869     {
 870       String nickname = null;
 871       String url = null;
 872       boolean seq = false, feat = true;
 873       int pos = data.indexOf('=');
 874       // determine capabilities
 875       if (pos > 0)
 876       {
 877         nickname = data.substring(0, pos);
 878       }
 879       url = data.substring(pos + 1);
 880       if (url != null
 881               && (url.startsWith("http:") || url
 882                       .startsWith("sequence:http:")))
 883       {
 884         if (nickname == null)
 885         {
 886           nickname = url;
 887         }
 888         if (locsources == null)
 889         {
 890           locsources = "";
 891         }
 892         else
 893         {
 894           locsources += "\t";
 895         }
 896         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 897         System.err
 898                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 899                         + nickname + "|" + url);
 900         if (source == null)
 901         {
 902           source = new Vector();
 903         }
 904         source.addElement(nickname);
 905       }
 906     } // loop until no more server entries are found.
 907     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 908     {
 909       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 910               + locsources);
 911       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 912     }
 913     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 914     {
 915       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 916       if (source == null)
 917       {
 918         source = new Vector();
 919       }
 920       source.addElement(data);
 921     }
 922     return source;
 923   }
 924
 925   /**
 926    * start a feature fetcher for every alignment frame
 927    *
 928    * @param dasSources
 929    */
 930   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 931   {
 932     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 933     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 934     if (afs == null || afs.length == 0)
 935     {
 936       return null;
 937     }
 938     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 939     {
 940       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 941     }
 942     return ff;
 943   }
 944 }
 945
 946 /**
 947  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 948  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 949  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 950  * prefixing it).
 951  *
 952  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 953  *
 954  */
 955
 956 class rnabuttonlistener implements ActionListener
 957 {
 958   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 959   {
 960     System.out.println("Good idea ! ");
 961
 962   }
 963 }
 964
 965 class pbuttonlistener implements ActionListener
 966 {
 967   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 968   {
 969
 970   }
 971 }
 972
 973 class ArgsParser
 974 {
 975   Vector vargs = null;
 976
 977   public ArgsParser(String[] args)
 978   {
 979     vargs = new Vector();
 980     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 981     {
 982       String arg = args[i].trim();
 983       if (arg.charAt(0) == '-')
 984       {
 985         arg = arg.substring(1);
 986       }
 987       vargs.addElement(arg);
 988     }
 989   }
 990
 991   /**
 992    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 993    *
 994    * @param arg
 995    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 996    */
 997   public String getValue(String arg)
 998   {
 999     return getValue(arg, false);
1000   }
1001
1002   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
1003   {
1004     int index = vargs.indexOf(arg);
1005     String dc = null, ret = null;
1006     if (index != -1)
1007     {
1008       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
1009       vargs.removeElementAt(index);
1010       vargs.removeElementAt(index);
1011       if (utf8decode && ret != null)
1012       {
1013         try
1014         {
1015           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
1016           ret = dc;
1017         } catch (Exception e)
1018         {
1019           // TODO: log failure to decode
1020         }
1021       }
1022     }
1023     return ret;
1024   }
1025
1026   /**
1027    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
1028    *
1029    * @param arg
1030    * @return true if arg was present in argslist.
1031    */
1032   public boolean contains(String arg)
1033   {
1034     if (vargs.contains(arg))
1035     {
1036       vargs.removeElement(arg);
1037       return true;
1038     }
1039     else
1040     {
1041       return false;
1042     }
1043   }
1044
1045   public String nextValue()
1046   {
1047     return vargs.remove(0).toString();
1048   }
1049
1050   public int getSize()
1051   {
1052     return vargs.size();
1053   }
1054
1055 }
1056
1057 /**
1058  * keep track of feature fetching tasks.
1059  *
1060  * @author JimP
1061  *
1062  */
1063 class FeatureFetcher
1064 {
1065   /*
1066    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1067    * processing events.
1068    */
1069
1070   private int queued = 0;
1071
1072   private int running = 0;
1073
1074   public FeatureFetcher()
1075   {
1076
1077   }
1078
1079   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1080   {
1081     final long id = System.currentTimeMillis();
1082     queued++;
1083     final FeatureFetcher us = this;
1084     new Thread(new Runnable()
1085     {
1086
1087       public void run()
1088       {
1089         synchronized (us)
1090         {
1091           queued--;
1092           running++;
1093         }
1094
1095         af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.das_features_being_retrived"), id);
1096         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1097         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1098         af.setProgressBar(null, id);
1099         synchronized (us)
1100         {
1101           running--;
1102         }
1103       }
1104     }).start();
1105   }
1106
1107   public synchronized boolean allFinished()
1108   {
1109     return queued == 0 && running == 0;
1110   }
1111
1112 };