src/jalview/binding/Alignment.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.binding;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  28 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  29
  30 /**
  31  * Class Alignment.
  32  *
  33  * @version $Revision$ $Date$
  34  */
  35 public class Alignment implements java.io.Serializable
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _annotation.
  44    */
  45   private jalview.binding.Annotation _annotation;
  46
  47   /**
  48    * Field _sequenceSet.
  49    */
  50   private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;
  51
  52   // ----------------/
  53   // - Constructors -/
  54   // ----------------/
  55
  56   public Alignment()
  57   {
  58     super();
  59   }
  60
  61   // -----------/
  62   // - Methods -/
  63   // -----------/
  64
  65   /**
  66    * Returns the value of field 'annotation'.
  67    *
  68    * @return the value of field 'Annotation'.
  69    */
  70   public jalview.binding.Annotation getAnnotation()
  71   {
  72     return this._annotation;
  73   }
  74
  75   /**
  76    * Returns the value of field 'sequenceSet'.
  77    *
  78    * @return the value of field 'SequenceSet'.
  79    */
  80   public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet()
  81   {
  82     return this._sequenceSet;
  83   }
  84
  85   /**
  86    * Method isValid.
  87    *
  88    * @return true if this object is valid according to the schema
  89    */
  90   public boolean isValid()
  91   {
  92     try
  93     {
  94       validate();
  95     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
  96     {
  97       return false;
  98     }
  99     return true;
 100   }
 101
 102   /**
 103    *
 104    *
 105    * @param out
 106    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 107    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 108    *           marshaling
 109    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 110    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 111    */
 112   public void marshal(final java.io.Writer out)
 113           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 114           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 115   {
 116     Marshaller.marshal(this, out);
 117   }
 118
 119   /**
 120    *
 121    *
 122    * @param handler
 123    * @throws java.io.IOException
 124    *           if an IOException occurs during marshaling
 125    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 126    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 127    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 128    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 129    *           marshaling
 130    */
 131   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 132           throws java.io.IOException,
 133           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 134           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 135   {
 136     Marshaller.marshal(this, handler);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Sets the value of field 'annotation'.
 141    *
 142    * @param annotation
 143    *          the value of field 'annotation'.
 144    */
 145   public void setAnnotation(final jalview.binding.Annotation annotation)
 146   {
 147     this._annotation = annotation;
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Sets the value of field 'sequenceSet'.
 152    *
 153    * @param sequenceSet
 154    *          the value of field 'sequenceSet'.
 155    */
 156   public void setSequenceSet(final jalview.binding.SequenceSet sequenceSet)
 157   {
 158     this._sequenceSet = sequenceSet;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Method unmarshal.
 163    *
 164    * @param reader
 165    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 166    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 167    *           marshaling
 168    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 169    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 170    * @return the unmarshaled jalview.binding.Alignment
 171    */
 172   public static jalview.binding.Alignment unmarshal(
 173           final java.io.Reader reader)
 174           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 175           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 176   {
 177     return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(
 178             jalview.binding.Alignment.class, reader);
 179   }
 180
 181   /**
 182    *
 183    *
 184    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 185    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 186    */
 187   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 188   {
 189     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 190     validator.validate(this);
 191   }
 192
 193 }