src/jalview/binding/SequenceType.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21   //---------------------------------/
  22  //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class SequenceType.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class SequenceType implements java.io.Serializable {
  34
  35
  36       //--------------------------/
  37      //- Class/Member Variables -/
  38     //--------------------------/
  39
  40     /**
  41      * Field _id.
  42      */
  43     private java.lang.String _id;
  44
  45     /**
  46      * Field _sequence.
  47      */
  48     private java.lang.String _sequence;
  49
  50     /**
  51      * Field _name.
  52      */
  53     private java.lang.String _name;
  54
  55
  56       //----------------/
  57      //- Constructors -/
  58     //----------------/
  59
  60     public SequenceType() {
  61         super();
  62     }
  63
  64
  65       //-----------/
  66      //- Methods -/
  67     //-----------/
  68
  69     /**
  70      * Returns the value of field 'id'.
  71      *
  72      * @return the value of field 'Id'.
  73      */
  74     public java.lang.String getId(
  75     ) {
  76         return this._id;
  77     }
  78
  79     /**
  80      * Returns the value of field 'name'.
  81      *
  82      * @return the value of field 'Name'.
  83      */
  84     public java.lang.String getName(
  85     ) {
  86         return this._name;
  87     }
  88
  89     /**
  90      * Returns the value of field 'sequence'.
  91      *
  92      * @return the value of field 'Sequence'.
  93      */
  94     public java.lang.String getSequence(
  95     ) {
  96         return this._sequence;
  97     }
  98
  99     /**
 100      * Method isValid.
 101      *
 102      * @return true if this object is valid according to the schema
 103      */
 104     public boolean isValid(
 105     ) {
 106         try {
 107             validate();
 108         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 109             return false;
 110         }
 111         return true;
 112     }
 113
 114     /**
 115      *
 116      *
 117      * @param out
 118      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 119      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 120      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 121      * object is an invalid instance according to the schema
 122      */
 123     public void marshal(
 124             final java.io.Writer out)
 125     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 126         Marshaller.marshal(this, out);
 127     }
 128
 129     /**
 130      *
 131      *
 132      * @param handler
 133      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 134      * marshaling
 135      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 136      * object is an invalid instance according to the schema
 137      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 138      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 139      */
 140     public void marshal(
 141             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 142     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 143         Marshaller.marshal(this, handler);
 144     }
 145
 146     /**
 147      * Sets the value of field 'id'.
 148      *
 149      * @param id the value of field 'id'.
 150      */
 151     public void setId(
 152             final java.lang.String id) {
 153         this._id = id;
 154     }
 155
 156     /**
 157      * Sets the value of field 'name'.
 158      *
 159      * @param name the value of field 'name'.
 160      */
 161     public void setName(
 162             final java.lang.String name) {
 163         this._name = name;
 164     }
 165
 166     /**
 167      * Sets the value of field 'sequence'.
 168      *
 169      * @param sequence the value of field 'sequence'.
 170      */
 171     public void setSequence(
 172             final java.lang.String sequence) {
 173         this._sequence = sequence;
 174     }
 175
 176     /**
 177      * Method unmarshal.
 178      *
 179      * @param reader
 180      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 181      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 182      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 183      * object is an invalid instance according to the schema
 184      * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
 185      */
 186     public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
 187             final java.io.Reader reader)
 188     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 189         return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.SequenceType.class, reader);
 190     }
 191
 192     /**
 193      *
 194      *
 195      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 196      * object is an invalid instance according to the schema
 197      */
 198     public void validate(
 199     )
 200     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 201         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 202         validator.validate(this);
 203     }
 204
 205 }