src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.binding;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  28 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  29
  30 /**
  31  * Class Viewport.
  32  *
  33  * @version $Revision$ $Date$
  34  */
  35 public class Viewport implements java.io.Serializable
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _conservationSelected.
  44    */
  45   private boolean _conservationSelected;
  46
  47   /**
  48    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  49    */
  50   private boolean _has_conservationSelected;
  51
  52   /**
  53    * Field _pidSelected.
  54    */
  55   private boolean _pidSelected;
  56
  57   /**
  58    * keeps track of state for field: _pidSelected
  59    */
  60   private boolean _has_pidSelected;
  61
  62   /**
  63    * Field _bgColour.
  64    */
  65   private java.lang.String _bgColour;
  66
  67   /**
  68    * Field _consThreshold.
  69    */
  70   private int _consThreshold;
  71
  72   /**
  73    * keeps track of state for field: _consThreshold
  74    */
  75   private boolean _has_consThreshold;
  76
  77   /**
  78    * Field _pidThreshold.
  79    */
  80   private int _pidThreshold;
  81
  82   /**
  83    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  84    */
  85   private boolean _has_pidThreshold;
  86
  87   /**
  88    * Field _title.
  89    */
  90   private java.lang.String _title;
  91
  92   /**
  93    * Field _showFullId.
  94    */
  95   private boolean _showFullId;
  96
  97   /**
  98    * keeps track of state for field: _showFullId
  99    */
 100   private boolean _has_showFullId;
 101
 102   /**
 103    * Field _showText.
 104    */
 105   private boolean _showText;
 106
 107   /**
 108    * keeps track of state for field: _showText
 109    */
 110   private boolean _has_showText;
 111
 112   /**
 113    * Field _showColourText.
 114    */
 115   private boolean _showColourText;
 116
 117   /**
 118    * keeps track of state for field: _showColourText
 119    */
 120   private boolean _has_showColourText;
 121
 122   /**
 123    * Field _showBoxes.
 124    */
 125   private boolean _showBoxes;
 126
 127   /**
 128    * keeps track of state for field: _showBoxes
 129    */
 130   private boolean _has_showBoxes;
 131
 132   /**
 133    * Field _wrapAlignment.
 134    */
 135   private boolean _wrapAlignment;
 136
 137   /**
 138    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 139    */
 140   private boolean _has_wrapAlignment;
 141
 142   /**
 143    * Field _renderGaps.
 144    */
 145   private boolean _renderGaps;
 146
 147   /**
 148    * keeps track of state for field: _renderGaps
 149    */
 150   private boolean _has_renderGaps;
 151
 152   /**
 153    * Field _showSequenceFeatures.
 154    */
 155   private boolean _showSequenceFeatures;
 156
 157   /**
 158    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 159    */
 160   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 161
 162   /**
 163    * Field _showAnnotation.
 164    */
 165   private boolean _showAnnotation;
 166
 167   /**
 168    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 169    */
 170   private boolean _has_showAnnotation;
 171
 172   /**
 173    * Field _showConservation.
 174    */
 175   private boolean _showConservation;
 176
 177   /**
 178    * keeps track of state for field: _showConservation
 179    */
 180   private boolean _has_showConservation;
 181
 182   /**
 183    * Field _showQuality.
 184    */
 185   private boolean _showQuality;
 186
 187   /**
 188    * keeps track of state for field: _showQuality
 189    */
 190   private boolean _has_showQuality;
 191
 192   /**
 193    * Field _showIdentity.
 194    */
 195   private boolean _showIdentity;
 196
 197   /**
 198    * keeps track of state for field: _showIdentity
 199    */
 200   private boolean _has_showIdentity;
 201
 202   /**
 203    * Field _xpos.
 204    */
 205   private int _xpos;
 206
 207   /**
 208    * keeps track of state for field: _xpos
 209    */
 210   private boolean _has_xpos;
 211
 212   /**
 213    * Field _ypos.
 214    */
 215   private int _ypos;
 216
 217   /**
 218    * keeps track of state for field: _ypos
 219    */
 220   private boolean _has_ypos;
 221
 222   /**
 223    * Field _width.
 224    */
 225   private int _width;
 226
 227   /**
 228    * keeps track of state for field: _width
 229    */
 230   private boolean _has_width;
 231
 232   /**
 233    * Field _height.
 234    */
 235   private int _height;
 236
 237   /**
 238    * keeps track of state for field: _height
 239    */
 240   private boolean _has_height;
 241
 242   /**
 243    * Field _startRes.
 244    */
 245   private int _startRes;
 246
 247   /**
 248    * keeps track of state for field: _startRes
 249    */
 250   private boolean _has_startRes;
 251
 252   /**
 253    * Field _startSeq.
 254    */
 255   private int _startSeq;
 256
 257   /**
 258    * keeps track of state for field: _startSeq
 259    */
 260   private boolean _has_startSeq;
 261
 262   /**
 263    * Field _fontName.
 264    */
 265   private java.lang.String _fontName;
 266
 267   /**
 268    * Field _fontSize.
 269    */
 270   private int _fontSize;
 271
 272   /**
 273    * keeps track of state for field: _fontSize
 274    */
 275   private boolean _has_fontSize;
 276
 277   /**
 278    * Field _fontStyle.
 279    */
 280   private int _fontStyle;
 281
 282   /**
 283    * keeps track of state for field: _fontStyle
 284    */
 285   private boolean _has_fontStyle;
 286
 287   // ----------------/
 288   // - Constructors -/
 289   // ----------------/
 290
 291   public Viewport()
 292   {
 293     super();
 294   }
 295
 296   // -----------/
 297   // - Methods -/
 298   // -----------/
 299
 300   /**
 301      */
 302   public void deleteConsThreshold()
 303   {
 304     this._has_consThreshold = false;
 305   }
 306
 307   /**
 308      */
 309   public void deleteConservationSelected()
 310   {
 311     this._has_conservationSelected = false;
 312   }
 313
 314   /**
 315      */
 316   public void deleteFontSize()
 317   {
 318     this._has_fontSize = false;
 319   }
 320
 321   /**
 322      */
 323   public void deleteFontStyle()
 324   {
 325     this._has_fontStyle = false;
 326   }
 327
 328   /**
 329      */
 330   public void deleteHeight()
 331   {
 332     this._has_height = false;
 333   }
 334
 335   /**
 336      */
 337   public void deletePidSelected()
 338   {
 339     this._has_pidSelected = false;
 340   }
 341
 342   /**
 343      */
 344   public void deletePidThreshold()
 345   {
 346     this._has_pidThreshold = false;
 347   }
 348
 349   /**
 350      */
 351   public void deleteRenderGaps()
 352   {
 353     this._has_renderGaps = false;
 354   }
 355
 356   /**
 357      */
 358   public void deleteShowAnnotation()
 359   {
 360     this._has_showAnnotation = false;
 361   }
 362
 363   /**
 364      */
 365   public void deleteShowBoxes()
 366   {
 367     this._has_showBoxes = false;
 368   }
 369
 370   /**
 371      */
 372   public void deleteShowColourText()
 373   {
 374     this._has_showColourText = false;
 375   }
 376
 377   /**
 378      */
 379   public void deleteShowConservation()
 380   {
 381     this._has_showConservation = false;
 382   }
 383
 384   /**
 385      */
 386   public void deleteShowFullId()
 387   {
 388     this._has_showFullId = false;
 389   }
 390
 391   /**
 392      */
 393   public void deleteShowIdentity()
 394   {
 395     this._has_showIdentity = false;
 396   }
 397
 398   /**
 399      */
 400   public void deleteShowQuality()
 401   {
 402     this._has_showQuality = false;
 403   }
 404
 405   /**
 406      */
 407   public void deleteShowSequenceFeatures()
 408   {
 409     this._has_showSequenceFeatures = false;
 410   }
 411
 412   /**
 413      */
 414   public void deleteShowText()
 415   {
 416     this._has_showText = false;
 417   }
 418
 419   /**
 420      */
 421   public void deleteStartRes()
 422   {
 423     this._has_startRes = false;
 424   }
 425
 426   /**
 427      */
 428   public void deleteStartSeq()
 429   {
 430     this._has_startSeq = false;
 431   }
 432
 433   /**
 434      */
 435   public void deleteWidth()
 436   {
 437     this._has_width = false;
 438   }
 439
 440   /**
 441      */
 442   public void deleteWrapAlignment()
 443   {
 444     this._has_wrapAlignment = false;
 445   }
 446
 447   /**
 448      */
 449   public void deleteXpos()
 450   {
 451     this._has_xpos = false;
 452   }
 453
 454   /**
 455      */
 456   public void deleteYpos()
 457   {
 458     this._has_ypos = false;
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Returns the value of field 'bgColour'.
 463    *
 464    * @return the value of field 'BgColour'.
 465    */
 466   public java.lang.String getBgColour()
 467   {
 468     return this._bgColour;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 473    *
 474    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 475    */
 476   public int getConsThreshold()
 477   {
 478     return this._consThreshold;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 483    *
 484    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 485    */
 486   public boolean getConservationSelected()
 487   {
 488     return this._conservationSelected;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Returns the value of field 'fontName'.
 493    *
 494    * @return the value of field 'FontName'.
 495    */
 496   public java.lang.String getFontName()
 497   {
 498     return this._fontName;
 499   }
 500
 501   /**
 502    * Returns the value of field 'fontSize'.
 503    *
 504    * @return the value of field 'FontSize'.
 505    */
 506   public int getFontSize()
 507   {
 508     return this._fontSize;
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 513    *
 514    * @return the value of field 'FontStyle'.
 515    */
 516   public int getFontStyle()
 517   {
 518     return this._fontStyle;
 519   }
 520
 521   /**
 522    * Returns the value of field 'height'.
 523    *
 524    * @return the value of field 'Height'.
 525    */
 526   public int getHeight()
 527   {
 528     return this._height;
 529   }
 530
 531   /**
 532    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 533    *
 534    * @return the value of field 'PidSelected'.
 535    */
 536   public boolean getPidSelected()
 537   {
 538     return this._pidSelected;
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 543    *
 544    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 545    */
 546   public int getPidThreshold()
 547   {
 548     return this._pidThreshold;
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 553    *
 554    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 555    */
 556   public boolean getRenderGaps()
 557   {
 558     return this._renderGaps;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 563    *
 564    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 565    */
 566   public boolean getShowAnnotation()
 567   {
 568     return this._showAnnotation;
 569   }
 570
 571   /**
 572    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 573    *
 574    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 575    */
 576   public boolean getShowBoxes()
 577   {
 578     return this._showBoxes;
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Returns the value of field 'showColourText'.
 583    *
 584    * @return the value of field 'ShowColourText'.
 585    */
 586   public boolean getShowColourText()
 587   {
 588     return this._showColourText;
 589   }
 590
 591   /**
 592    * Returns the value of field 'showConservation'.
 593    *
 594    * @return the value of field 'ShowConservation'.
 595    */
 596   public boolean getShowConservation()
 597   {
 598     return this._showConservation;
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Returns the value of field 'showFullId'.
 603    *
 604    * @return the value of field 'ShowFullId'.
 605    */
 606   public boolean getShowFullId()
 607   {
 608     return this._showFullId;
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Returns the value of field 'showIdentity'.
 613    *
 614    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
 615    */
 616   public boolean getShowIdentity()
 617   {
 618     return this._showIdentity;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Returns the value of field 'showQuality'.
 623    *
 624    * @return the value of field 'ShowQuality'.
 625    */
 626   public boolean getShowQuality()
 627   {
 628     return this._showQuality;
 629   }
 630
 631   /**
 632    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
 633    *
 634    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
 635    */
 636   public boolean getShowSequenceFeatures()
 637   {
 638     return this._showSequenceFeatures;
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Returns the value of field 'showText'.
 643    *
 644    * @return the value of field 'ShowText'.
 645    */
 646   public boolean getShowText()
 647   {
 648     return this._showText;
 649   }
 650
 651   /**
 652    * Returns the value of field 'startRes'.
 653    *
 654    * @return the value of field 'StartRes'.
 655    */
 656   public int getStartRes()
 657   {
 658     return this._startRes;
 659   }
 660
 661   /**
 662    * Returns the value of field 'startSeq'.
 663    *
 664    * @return the value of field 'StartSeq'.
 665    */
 666   public int getStartSeq()
 667   {
 668     return this._startSeq;
 669   }
 670
 671   /**
 672    * Returns the value of field 'title'.
 673    *
 674    * @return the value of field 'Title'.
 675    */
 676   public java.lang.String getTitle()
 677   {
 678     return this._title;
 679   }
 680
 681   /**
 682    * Returns the value of field 'width'.
 683    *
 684    * @return the value of field 'Width'.
 685    */
 686   public int getWidth()
 687   {
 688     return this._width;
 689   }
 690
 691   /**
 692    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
 693    *
 694    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
 695    */
 696   public boolean getWrapAlignment()
 697   {
 698     return this._wrapAlignment;
 699   }
 700
 701   /**
 702    * Returns the value of field 'xpos'.
 703    *
 704    * @return the value of field 'Xpos'.
 705    */
 706   public int getXpos()
 707   {
 708     return this._xpos;
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Returns the value of field 'ypos'.
 713    *
 714    * @return the value of field 'Ypos'.
 715    */
 716   public int getYpos()
 717   {
 718     return this._ypos;
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Method hasConsThreshold.
 723    *
 724    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 725    */
 726   public boolean hasConsThreshold()
 727   {
 728     return this._has_consThreshold;
 729   }
 730
 731   /**
 732    * Method hasConservationSelected.
 733    *
 734    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
 735    */
 736   public boolean hasConservationSelected()
 737   {
 738     return this._has_conservationSelected;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Method hasFontSize.
 743    *
 744    * @return true if at least one FontSize has been added
 745    */
 746   public boolean hasFontSize()
 747   {
 748     return this._has_fontSize;
 749   }
 750
 751   /**
 752    * Method hasFontStyle.
 753    *
 754    * @return true if at least one FontStyle has been added
 755    */
 756   public boolean hasFontStyle()
 757   {
 758     return this._has_fontStyle;
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Method hasHeight.
 763    *
 764    * @return true if at least one Height has been added
 765    */
 766   public boolean hasHeight()
 767   {
 768     return this._has_height;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * Method hasPidSelected.
 773    *
 774    * @return true if at least one PidSelected has been added
 775    */
 776   public boolean hasPidSelected()
 777   {
 778     return this._has_pidSelected;
 779   }
 780
 781   /**
 782    * Method hasPidThreshold.
 783    *
 784    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 785    */
 786   public boolean hasPidThreshold()
 787   {
 788     return this._has_pidThreshold;
 789   }
 790
 791   /**
 792    * Method hasRenderGaps.
 793    *
 794    * @return true if at least one RenderGaps has been added
 795    */
 796   public boolean hasRenderGaps()
 797   {
 798     return this._has_renderGaps;
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Method hasShowAnnotation.
 803    *
 804    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
 805    */
 806   public boolean hasShowAnnotation()
 807   {
 808     return this._has_showAnnotation;
 809   }
 810
 811   /**
 812    * Method hasShowBoxes.
 813    *
 814    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
 815    */
 816   public boolean hasShowBoxes()
 817   {
 818     return this._has_showBoxes;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Method hasShowColourText.
 823    *
 824    * @return true if at least one ShowColourText has been added
 825    */
 826   public boolean hasShowColourText()
 827   {
 828     return this._has_showColourText;
 829   }
 830
 831   /**
 832    * Method hasShowConservation.
 833    *
 834    * @return true if at least one ShowConservation has been added
 835    */
 836   public boolean hasShowConservation()
 837   {
 838     return this._has_showConservation;
 839   }
 840
 841   /**
 842    * Method hasShowFullId.
 843    *
 844    * @return true if at least one ShowFullId has been added
 845    */
 846   public boolean hasShowFullId()
 847   {
 848     return this._has_showFullId;
 849   }
 850
 851   /**
 852    * Method hasShowIdentity.
 853    *
 854    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
 855    */
 856   public boolean hasShowIdentity()
 857   {
 858     return this._has_showIdentity;
 859   }
 860
 861   /**
 862    * Method hasShowQuality.
 863    *
 864    * @return true if at least one ShowQuality has been added
 865    */
 866   public boolean hasShowQuality()
 867   {
 868     return this._has_showQuality;
 869   }
 870
 871   /**
 872    * Method hasShowSequenceFeatures.
 873    *
 874    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
 875    */
 876   public boolean hasShowSequenceFeatures()
 877   {
 878     return this._has_showSequenceFeatures;
 879   }
 880
 881   /**
 882    * Method hasShowText.
 883    *
 884    * @return true if at least one ShowText has been added
 885    */
 886   public boolean hasShowText()
 887   {
 888     return this._has_showText;
 889   }
 890
 891   /**
 892    * Method hasStartRes.
 893    *
 894    * @return true if at least one StartRes has been added
 895    */
 896   public boolean hasStartRes()
 897   {
 898     return this._has_startRes;
 899   }
 900
 901   /**
 902    * Method hasStartSeq.
 903    *
 904    * @return true if at least one StartSeq has been added
 905    */
 906   public boolean hasStartSeq()
 907   {
 908     return this._has_startSeq;
 909   }
 910
 911   /**
 912    * Method hasWidth.
 913    *
 914    * @return true if at least one Width has been added
 915    */
 916   public boolean hasWidth()
 917   {
 918     return this._has_width;
 919   }
 920
 921   /**
 922    * Method hasWrapAlignment.
 923    *
 924    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
 925    */
 926   public boolean hasWrapAlignment()
 927   {
 928     return this._has_wrapAlignment;
 929   }
 930
 931   /**
 932    * Method hasXpos.
 933    *
 934    * @return true if at least one Xpos has been added
 935    */
 936   public boolean hasXpos()
 937   {
 938     return this._has_xpos;
 939   }
 940
 941   /**
 942    * Method hasYpos.
 943    *
 944    * @return true if at least one Ypos has been added
 945    */
 946   public boolean hasYpos()
 947   {
 948     return this._has_ypos;
 949   }
 950
 951   /**
 952    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 953    *
 954    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 955    */
 956   public boolean isConservationSelected()
 957   {
 958     return this._conservationSelected;
 959   }
 960
 961   /**
 962    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 963    *
 964    * @return the value of field 'PidSelected'.
 965    */
 966   public boolean isPidSelected()
 967   {
 968     return this._pidSelected;
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 973    *
 974    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 975    */
 976   public boolean isRenderGaps()
 977   {
 978     return this._renderGaps;
 979   }
 980
 981   /**
 982    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 983    *
 984    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 985    */
 986   public boolean isShowAnnotation()
 987   {
 988     return this._showAnnotation;
 989   }
 990
 991   /**
 992    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 993    *
 994    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 995    */
 996   public boolean isShowBoxes()
 997   {
 998     return this._showBoxes;
 999   }
1000
1001   /**
1002    * Returns the value of field 'showColourText'.
1003    *
1004    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1005    */
1006   public boolean isShowColourText()
1007   {
1008     return this._showColourText;
1009   }
1010
1011   /**
1012    * Returns the value of field 'showConservation'.
1013    *
1014    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1015    */
1016   public boolean isShowConservation()
1017   {
1018     return this._showConservation;
1019   }
1020
1021   /**
1022    * Returns the value of field 'showFullId'.
1023    *
1024    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1025    */
1026   public boolean isShowFullId()
1027   {
1028     return this._showFullId;
1029   }
1030
1031   /**
1032    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1033    *
1034    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1035    */
1036   public boolean isShowIdentity()
1037   {
1038     return this._showIdentity;
1039   }
1040
1041   /**
1042    * Returns the value of field 'showQuality'.
1043    *
1044    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1045    */
1046   public boolean isShowQuality()
1047   {
1048     return this._showQuality;
1049   }
1050
1051   /**
1052    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1053    *
1054    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1055    */
1056   public boolean isShowSequenceFeatures()
1057   {
1058     return this._showSequenceFeatures;
1059   }
1060
1061   /**
1062    * Returns the value of field 'showText'.
1063    *
1064    * @return the value of field 'ShowText'.
1065    */
1066   public boolean isShowText()
1067   {
1068     return this._showText;
1069   }
1070
1071   /**
1072    * Method isValid.
1073    *
1074    * @return true if this object is valid according to the schema
1075    */
1076   public boolean isValid()
1077   {
1078     try
1079     {
1080       validate();
1081     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1082     {
1083       return false;
1084     }
1085     return true;
1086   }
1087
1088   /**
1089    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1090    *
1091    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1092    */
1093   public boolean isWrapAlignment()
1094   {
1095     return this._wrapAlignment;
1096   }
1097
1098   /**
1099    *
1100    *
1101    * @param out
1102    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1103    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1104    *           marshaling
1105    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1106    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1107    */
1108   public void marshal(final java.io.Writer out)
1109           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1110           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1111   {
1112     Marshaller.marshal(this, out);
1113   }
1114
1115   /**
1116    *
1117    *
1118    * @param handler
1119    * @throws java.io.IOException
1120    *           if an IOException occurs during marshaling
1121    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1122    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1123    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1124    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1125    *           marshaling
1126    */
1127   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1128           throws java.io.IOException,
1129           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1130           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1131   {
1132     Marshaller.marshal(this, handler);
1133   }
1134
1135   /**
1136    * Sets the value of field 'bgColour'.
1137    *
1138    * @param bgColour
1139    *          the value of field 'bgColour'.
1140    */
1141   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1142   {
1143     this._bgColour = bgColour;
1144   }
1145
1146   /**
1147    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1148    *
1149    * @param consThreshold
1150    *          the value of field 'consThreshold'.
1151    */
1152   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1153   {
1154     this._consThreshold = consThreshold;
1155     this._has_consThreshold = true;
1156   }
1157
1158   /**
1159    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1160    *
1161    * @param conservationSelected
1162    *          the value of field 'conservationSelected'.
1163    */
1164   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1165   {
1166     this._conservationSelected = conservationSelected;
1167     this._has_conservationSelected = true;
1168   }
1169
1170   /**
1171    * Sets the value of field 'fontName'.
1172    *
1173    * @param fontName
1174    *          the value of field 'fontName'.
1175    */
1176   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1177   {
1178     this._fontName = fontName;
1179   }
1180
1181   /**
1182    * Sets the value of field 'fontSize'.
1183    *
1184    * @param fontSize
1185    *          the value of field 'fontSize'.
1186    */
1187   public void setFontSize(final int fontSize)
1188   {
1189     this._fontSize = fontSize;
1190     this._has_fontSize = true;
1191   }
1192
1193   /**
1194    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1195    *
1196    * @param fontStyle
1197    *          the value of field 'fontStyle'.
1198    */
1199   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1200   {
1201     this._fontStyle = fontStyle;
1202     this._has_fontStyle = true;
1203   }
1204
1205   /**
1206    * Sets the value of field 'height'.
1207    *
1208    * @param height
1209    *          the value of field 'height'.
1210    */
1211   public void setHeight(final int height)
1212   {
1213     this._height = height;
1214     this._has_height = true;
1215   }
1216
1217   /**
1218    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1219    *
1220    * @param pidSelected
1221    *          the value of field 'pidSelected'.
1222    */
1223   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1224   {
1225     this._pidSelected = pidSelected;
1226     this._has_pidSelected = true;
1227   }
1228
1229   /**
1230    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1231    *
1232    * @param pidThreshold
1233    *          the value of field 'pidThreshold'.
1234    */
1235   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1236   {
1237     this._pidThreshold = pidThreshold;
1238     this._has_pidThreshold = true;
1239   }
1240
1241   /**
1242    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1243    *
1244    * @param renderGaps
1245    *          the value of field 'renderGaps'.
1246    */
1247   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1248   {
1249     this._renderGaps = renderGaps;
1250     this._has_renderGaps = true;
1251   }
1252
1253   /**
1254    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1255    *
1256    * @param showAnnotation
1257    *          the value of field 'showAnnotation'.
1258    */
1259   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1260   {
1261     this._showAnnotation = showAnnotation;
1262     this._has_showAnnotation = true;
1263   }
1264
1265   /**
1266    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1267    *
1268    * @param showBoxes
1269    *          the value of field 'showBoxes'.
1270    */
1271   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1272   {
1273     this._showBoxes = showBoxes;
1274     this._has_showBoxes = true;
1275   }
1276
1277   /**
1278    * Sets the value of field 'showColourText'.
1279    *
1280    * @param showColourText
1281    *          the value of field 'showColourText'.
1282    */
1283   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1284   {
1285     this._showColourText = showColourText;
1286     this._has_showColourText = true;
1287   }
1288
1289   /**
1290    * Sets the value of field 'showConservation'.
1291    *
1292    * @param showConservation
1293    *          the value of field 'showConservation'
1294    */
1295   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1296   {
1297     this._showConservation = showConservation;
1298     this._has_showConservation = true;
1299   }
1300
1301   /**
1302    * Sets the value of field 'showFullId'.
1303    *
1304    * @param showFullId
1305    *          the value of field 'showFullId'.
1306    */
1307   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1308   {
1309     this._showFullId = showFullId;
1310     this._has_showFullId = true;
1311   }
1312
1313   /**
1314    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1315    *
1316    * @param showIdentity
1317    *          the value of field 'showIdentity'.
1318    */
1319   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1320   {
1321     this._showIdentity = showIdentity;
1322     this._has_showIdentity = true;
1323   }
1324
1325   /**
1326    * Sets the value of field 'showQuality'.
1327    *
1328    * @param showQuality
1329    *          the value of field 'showQuality'.
1330    */
1331   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1332   {
1333     this._showQuality = showQuality;
1334     this._has_showQuality = true;
1335   }
1336
1337   /**
1338    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1339    *
1340    * @param showSequenceFeatures
1341    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
1342    */
1343   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1344   {
1345     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1346     this._has_showSequenceFeatures = true;
1347   }
1348
1349   /**
1350    * Sets the value of field 'showText'.
1351    *
1352    * @param showText
1353    *          the value of field 'showText'.
1354    */
1355   public void setShowText(final boolean showText)
1356   {
1357     this._showText = showText;
1358     this._has_showText = true;
1359   }
1360
1361   /**
1362    * Sets the value of field 'startRes'.
1363    *
1364    * @param startRes
1365    *          the value of field 'startRes'.
1366    */
1367   public void setStartRes(final int startRes)
1368   {
1369     this._startRes = startRes;
1370     this._has_startRes = true;
1371   }
1372
1373   /**
1374    * Sets the value of field 'startSeq'.
1375    *
1376    * @param startSeq
1377    *          the value of field 'startSeq'.
1378    */
1379   public void setStartSeq(final int startSeq)
1380   {
1381     this._startSeq = startSeq;
1382     this._has_startSeq = true;
1383   }
1384
1385   /**
1386    * Sets the value of field 'title'.
1387    *
1388    * @param title
1389    *          the value of field 'title'.
1390    */
1391   public void setTitle(final java.lang.String title)
1392   {
1393     this._title = title;
1394   }
1395
1396   /**
1397    * Sets the value of field 'width'.
1398    *
1399    * @param width
1400    *          the value of field 'width'.
1401    */
1402   public void setWidth(final int width)
1403   {
1404     this._width = width;
1405     this._has_width = true;
1406   }
1407
1408   /**
1409    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1410    *
1411    * @param wrapAlignment
1412    *          the value of field 'wrapAlignment'.
1413    */
1414   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1415   {
1416     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1417     this._has_wrapAlignment = true;
1418   }
1419
1420   /**
1421    * Sets the value of field 'xpos'.
1422    *
1423    * @param xpos
1424    *          the value of field 'xpos'.
1425    */
1426   public void setXpos(final int xpos)
1427   {
1428     this._xpos = xpos;
1429     this._has_xpos = true;
1430   }
1431
1432   /**
1433    * Sets the value of field 'ypos'.
1434    *
1435    * @param ypos
1436    *          the value of field 'ypos'.
1437    */
1438   public void setYpos(final int ypos)
1439   {
1440     this._ypos = ypos;
1441     this._has_ypos = true;
1442   }
1443
1444   /**
1445    * Method unmarshal.
1446    *
1447    * @param reader
1448    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1449    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1450    *           marshaling
1451    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1452    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1453    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1454    */
1455   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1456           final java.io.Reader reader)
1457           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1458           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1459   {
1460     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(
1461             jalview.binding.Viewport.class, reader);
1462   }
1463
1464   /**
1465    *
1466    *
1467    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1468    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1469    */
1470   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1471   {
1472     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1473     validator.validate(this);
1474   }
1475
1476 }