src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 public class ChangeCaseCommand implements CommandI
  31 {
  32   String description;
  33
  34   public static int TO_LOWER = 0;
  35
  36   public static int TO_UPPER = 1;
  37
  38   public static int TOGGLE_CASE = 2;
  39
  40   int caseChange = -1;
  41
  42   SequenceI[] seqs;
  43
  44   List<int[]> regions;
  45
  46   public ChangeCaseCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  47           List<int[]> regions, int caseChange)
  48   {
  49     this.description = description;
  50     this.seqs = seqs;
  51     this.regions = regions;
  52     this.caseChange = caseChange;
  53     doCommand(null);
  54   }
  55
  56   public String getDescription()
  57   {
  58     return description;
  59   }
  60
  61   public int getSize()
  62   {
  63     return 1;
  64   }
  65
  66   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  67   {
  68     changeCase(true);
  69   }
  70
  71   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  72   {
  73     changeCase(false);
  74   }
  75
  76   void changeCase(boolean doCommand)
  77   {
  78     String sequence;
  79     int start, end;
  80     char nextChar;
  81     for (int[] r : regions)
  82     {
  83       start = r[0];
  84       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  85       {
  86         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  87         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  88
  89         if (r[1] > sequence.length())
  90         {
  91           end = sequence.length();
  92         }
  93         else
  94         {
  95           end = r[1];
  96         }
  97
  98         if (start > 0)
  99         {
 100           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
 101         }
 102
 103         if ((caseChange == TO_UPPER && doCommand)
 104                 || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
 105         {
 106           newSeq.append(
 107                   sequence.substring(start, end).toUpperCase(Locale.ROOT));
 108         }
 109
 110         else if ((caseChange == TO_LOWER && doCommand)
 111                 || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 112         {
 113           newSeq.append(
 114                   sequence.substring(start, end).toLowerCase(Locale.ROOT));
 115         }
 116
 117         else
 118         // TOGGLE CASE
 119         {
 120           for (int c = start; c < end; c++)
 121           {
 122             nextChar = sequence.charAt(c);
 123             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 124             {
 125               // TO UPPERCASE !!!
 126               nextChar -= ('a' - 'A');
 127             }
 128             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 129             {
 130               // TO LOWERCASE !!!
 131               nextChar += ('a' - 'A');
 132             }
 133             newSeq.append(nextChar);
 134           }
 135         }
 136
 137         if (end < sequence.length())
 138         {
 139           newSeq.append(sequence.substring(end));
 140         }
 141
 142         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 143       }
 144     }
 145   }
 146
 147 }