src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.analysis.*;
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class OrderCommand implements CommandI
  27 {
  28   String description;
  29
  30   SequenceI[] seqs;
  31
  32   SequenceI[] seqs2;
  33
  34   AlignmentI al;
  35
  36   public OrderCommand(String description, SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
  37   {
  38     this.description = description;
  39     this.seqs = seqs;
  40     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
  41     this.al = al;
  42     doCommand(null);
  43   }
  44
  45   public String getDescription()
  46   {
  47     return description;
  48   }
  49
  50   public int getSize()
  51   {
  52     return 1;
  53   }
  54
  55   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  56   {
  57     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
  58   }
  59
  60   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  61   {
  62     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
  63   }
  64 }