src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 /*
  24  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  25  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  26  *
  27  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  28  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  29  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  30  * version.
  31  *
  32  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  33  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  34  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  35  * details.
  36  *
  37  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  38  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  39  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  40  */
  41
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44
  45 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
  46 {
  47   int columnsDeleted;
  48
  49   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  50           int start, int end, AlignmentI al)
  51   {
  52     this.description = description;
  53
  54     int j, jSize = seqs.length;
  55
  56     int startCol = -1, endCol = -1;
  57     columnsDeleted = 0;
  58
  59     clearEdits();
  60
  61     boolean delete = true;
  62     for (int i = start; i <= end; i++)
  63     {
  64       delete = true;
  65
  66       for (j = 0; j < jSize; j++)
  67       {
  68         if (seqs[j].getLength() > i)
  69         {
  70           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  71           {
  72             if (delete)
  73             {
  74               endCol = i;
  75             }
  76
  77             delete = false;
  78             break;
  79           }
  80         }
  81       }
  82
  83       if (delete && startCol == -1)
  84       {
  85         startCol = i;
  86       }
  87
  88       if (!delete && startCol > -1)
  89       {
  90         this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
  91                 endCol
  92                 - startCol, al, false, null);
  93
  94         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  95         startCol = -1;
  96         endCol = -1;
  97       }
  98     }
  99
 100     if (delete && startCol > -1)
 101     {
 102       // This is for empty columns at the
 103       // end of the alignment
 104
 105       this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
 106               end
 107               - startCol + 1, al, false, null);
 108
 109       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
 110     }
 111
 112     performEdit(0, null);
 113   }
 114
 115   public int getSize()
 116   {
 117     // We're interested in the number of columns deleted,
 118     // Not the number of sequence edits.
 119     return columnsDeleted;
 120   }
 121
 122 }