src/jalview/controller/AlignViewController.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.BitSet;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  28 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39
  40 public class AlignViewController implements AlignViewControllerI
  41 {
  42   AlignViewportI viewport = null;
  43
  44   AlignmentViewPanel alignPanel = null;
  45
  46   /**
  47    * the GUI container that is handling interactions with the user
  48    */
  49   private AlignViewControllerGuiI avcg;
  50
  51   @Override
  52   protected void finalize() throws Throwable
  53   {
  54     viewport = null;
  55     alignPanel = null;
  56     avcg = null;
  57   };
  58
  59   public AlignViewController(AlignViewControllerGuiI alignFrame,
  60           AlignViewportI viewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  61   {
  62     this.avcg = alignFrame;
  63     this.viewport = viewport;
  64     this.alignPanel = alignPanel;
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI viewport,
  69           AlignmentViewPanel alignPanel)
  70   {
  71     this.alignPanel = alignPanel;
  72     this.viewport = viewport;
  73
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public boolean makeGroupsFromSelection()
  78   {
  79
  80     if (viewport.getSelectionGroup() != null)
  81     {
  82       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(
  83               viewport.getSequenceSelection(),
  84               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(
  85                       viewport.getGapCharacter()), viewport.getAlignment()
  86                       .getGroups());
  87       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
  88       viewport.clearSequenceColours();
  89       viewport.setSelectionGroup(null);
  90       // set view properties for each group
  91       for (int g = 0; g < gps.length; g++)
  92       {
  93         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());
  94         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());
  95         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);
  96         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
  97                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
  98         col = col.brighter();
  99         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))
 100           viewport.setSequenceColour(sq, col);
 101       }
 102       return true;
 103     }
 104     return false;
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public boolean createGroup()
 109   {
 110
 111     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 112     if (sg != null)
 113     {
 114       viewport.getAlignment().addGroup(sg);
 115       return true;
 116     }
 117     return false;
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public boolean unGroup()
 122   {
 123     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 124     if (sg != null)
 125     {
 126       viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);
 127       return true;
 128     }
 129     return false;
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public boolean deleteGroups()
 134   {
 135     if (viewport.getAlignment().getGroups() != null
 136             && viewport.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 137     {
 138       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 139       viewport.clearSequenceColours();
 140       viewport.setSelectionGroup(null);
 141       return true;
 142     }
 143     return false;
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert,
 148           boolean extendCurrent, boolean toggle, String featureType)
 149   {
 150     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 151     // need a decent query structure to allow all types of feature searches
 152     BitSet bs = new BitSet();
 153     int alw, alStart;
 154     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null ? viewport
 155             .getAlignment() : viewport.getSelectionGroup());
 156     alStart = sqcol.getStartRes();
 157     alw = sqcol.getEndRes() + 1;
 158     List<SequenceI> seqs = sqcol.getSequences();
 159     int nseq = 0;
 160     for (SequenceI sq : seqs)
 161     {
 162       int tfeat = 0;
 163       if (sq != null)
 164       {
 165         SequenceI dsq = sq.getDatasetSequence();
 166         while (dsq.getDatasetSequence() != null)
 167         {
 168           dsq = dsq.getDatasetSequence();
 169         }
 170         ;
 171         SequenceFeature[] sf = dsq.getSequenceFeatures();
 172         if (sf != null)
 173         {
 174           int ist = sq.findIndex(sq.getStart());
 175           int iend = sq.findIndex(sq.getEnd());
 176           if (iend < alStart || ist > alw)
 177           {
 178             // sequence not in region
 179             continue;
 180           }
 181           for (SequenceFeature sfpos : sf)
 182           {
 183             // future functionalty - featureType == null means mark columns
 184             // containing all displayed features
 185             if (sfpos != null && (featureType.equals(sfpos.getType())))
 186             {
 187               tfeat++;
 188               // optimisation - could consider 'spos,apos' like cursor argument
 189               // - findIndex wastes time by starting from first character and
 190               // counting
 191
 192               int i = sq.findIndex(sfpos.getBegin());
 193               int j = sq.findIndex(sfpos.getEnd());
 194               if (j < alStart || i > alw)
 195               {
 196                 // feature is outside selected region
 197                 continue;
 198               }
 199               if (i < alStart)
 200               {
 201                 i = alStart;
 202               }
 203               if (i < ist)
 204               {
 205                 i = ist;
 206               }
 207               if (j > alw)
 208               {
 209                 j = alw;
 210               }
 211               for (; i <= j; i++)
 212               {
 213                 bs.set(i - 1);
 214               }
 215             }
 216           }
 217         }
 218
 219         if (tfeat > 0)
 220         {
 221           nseq++;
 222         }
 223       }
 224     }
 225     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 226     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 227     {
 228       if (cs == null)
 229       {
 230         cs = new ColumnSelection();
 231       }
 232       else
 233       {
 234         if (!extendCurrent)
 235         {
 236           cs.clear();
 237         }
 238       }
 239       if (invert)
 240       {
 241         // invert only in the currently selected sequence region
 242         for (int i = bs.nextClearBit(alStart), ibs = bs.nextSetBit(alStart); i >= alStart
 243                 && i < (alw);)
 244         {
 245           if (ibs < 0 || i < ibs)
 246           {
 247             if (toggle && cs.contains(i))
 248             {
 249               cs.removeElement(i++);
 250             }
 251             else
 252             {
 253               cs.addElement(i++);
 254             }
 255           }
 256           else
 257           {
 258             i = bs.nextClearBit(ibs);
 259             ibs = bs.nextSetBit(i);
 260           }
 261         }
 262       }
 263       else
 264       {
 265         for (int i = bs.nextSetBit(alStart); i >= alStart; i = bs
 266                 .nextSetBit(i + 1))
 267         {
 268           if (toggle && cs.contains(i))
 269           {
 270             cs.removeElement(i);
 271           }
 272           else
 273           {
 274             cs.addElement(i);
 275           }
 276         }
 277       }
 278       viewport.setColumnSelection(cs);
 279       alignPanel.paintAlignment(true);
 280       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage("label.view_controller_toggled_marked",
 281                   new String[]{
 282                                 (toggle ? MessageManager.getString("label.toggled") : MessageManager.getString("label.marked")),
 283                                 (invert ? (Integer.valueOf((alw - alStart) - bs.cardinality()).toString()):(Integer.valueOf(bs.cardinality()).toString())),
 284                                 featureType, Integer.valueOf(nseq).toString()
 285                         }));
 286       return true;
 287     }
 288     else
 289     {
 290       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage("label.no_feature_of_type_found", new String[]{featureType}));
 291       if (!extendCurrent && cs != null)
 292       {
 293         cs.clear();
 294         alignPanel.paintAlignment(true);
 295       }
 296       return false;
 297     }
 298   }
 299 }