src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 package jalview.datamodel;\r
  19 \r
  20 import jalview.io.*;\r
  21 import jalview.analysis.PCA;\r
  22 import jalview.jbgui.*;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 public class BinarySequence extends Sequence {\r
  28   int[] binary;\r
  29   double[] dbinary;\r
  30 \r
  31   public BinarySequence(SequenceI s) {\r
  32     super(s.getName(),s.getSequence(),s.getStart(),s.getEnd());\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public BinarySequence(String name, String sequence, int start, int end) {\r
  36     super(name,sequence,start,end);\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void encode() {\r
  40     // Set all matrix to 0\r
  41     dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  42     int nores = 21;\r
  43     for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  44       dbinary[i] = 0.0;\r
  45     }\r
  46 \r
  47     for (int i=0; i < getSequence().length(); i++ ) {\r
  48       int aanum = 20;\r
  49       try {\r
  50         aanum = ((Integer)ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence().substring(i,i+1))).intValue();\r
  51       } catch (NullPointerException e) {\r
  52         aanum = 20;\r
  53       }\r
  54       if (aanum > 20) {\r
  55         aanum = 20;\r
  56       }\r
  57 \r
  58       dbinary[i* nores + aanum] = 1.0;\r
  59 \r
  60     }\r
  61   }\r
  62 \r
  63   public void blosumEncode() {\r
  64 \r
  65     // Set all matrix to 0\r
  66     dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  67     int nores = 21;\r
  68     //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  69     //  dbinary[i] = 0.0;\r
  70     //}\r
  71 \r
  72     for (int i=0; i < getSequence().length(); i++ ) {\r
  73       int aanum = 20;\r
  74       try {\r
  75         aanum = ((Integer)ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence().substring(i,i+1))).intValue();\r
  76       } catch (NullPointerException e) {\r
  77         aanum = 20;\r
  78       }\r
  79       if (aanum > 20) {\r
  80         aanum = 20;\r
  81       }\r
  82 \r
  83       // Do the blosum thing\r
  84       for (int j = 0;j < 20;j++) {\r
  85         dbinary[i * nores + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];\r
  86       }\r
  87 \r
  88     }\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public String toBinaryString() {\r
  92     String out = "";\r
  93     for (int i=0; i < binary.length;i++) {\r
  94       out += (new Integer(binary[i])).toString();\r
  95       if (i < binary.length-1) {\r
  96         out += " ";\r
  97       }\r
  98     }\r
  99     return out;\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public double[] getDBinary() {\r
 103     return dbinary;\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public static void printMemory(Runtime rt) {\r
 107     System.out.println("DEBUG: Free memory = " + rt.freeMemory()); // log.\r
 108   }\r
 109 }\r