src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 /**
  22  * A set of feature property constants used by jalview
  23  *
  24  * @author JimP
  25  *
  26  */
  27 public class FeatureProperties
  28 {
  29
  30   public static final String EXONPOS = "exon number";
  31
  32   public static final String EXONPRODUCT = "product";
  33
  34   /**
  35    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region
  36    * feature
  37    *
  38    * @param dbrefsource
  39    * @param string
  40    * @return
  41    */
  42   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)
  43   {
  44     return ((dbrefsource == null
  45             || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource
  46               .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS)) && type
  47             .equalsIgnoreCase("CDS"));
  48   }
  49 }