src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.util.MapList;
   9 import jalview.ws.datamodel.alphafold.MappableContactMatrix;
  10
  11 /**
  12  * Dummy contact matrix based on sequence distance
  13  *
  14  * @author jprocter
  15  *
  16  */
  17 public class SeqDistanceContactMatrix extends MappableContactMatrix<SeqDistanceContactMatrix> implements ContactMatrixI
  18 {
  19   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  20   private int width = 0;
  21
  22   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  23   {
  24     this.width = width;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public float getMin()
  29   {
  30     return 0f;
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public float getMax()
  35   {
  36     return width;
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public ContactListI getContactList(final int column)
  41   {
  42     if (column < 0 || column >= width)
  43     {
  44       return null;
  45     }
  46     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  47     {
  48
  49       int p = column;
  50
  51       // @Override
  52       // public Color getColorForScore(int column)
  53       // {
  54       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  55       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  56       // }
  57       // @Override
  58       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  59       // {
  60       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  61       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  62       // Color.magenta);
  63       // }
  64
  65       @Override
  66       public int getContactHeight()
  67       {
  68         return width;
  69
  70       }
  71
  72       @Override
  73       public int getPosition()
  74       {
  75         return p;
  76       }
  77
  78       @Override
  79       public double getContactAt(int column)
  80       {
  81         return Math.abs(column - p);
  82       }
  83     });
  84   }
  85   @Override
  86   public String getAnnotDescr()
  87   {
  88     return "Sequence distance matrix";
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public String getAnnotLabel()
  93   {
  94     return "Sequence Distance";
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public String getType()
  99   {
 100     return SEQUENCE_DISTANCE;
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public int getWidth()
 105   {
 106     return width;
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public int getHeight()
 111   {
 112     return width;
 113   }
 114   private List<BitSet> groups=null;
 115   @Override
 116   public void updateGroups(List<BitSet> colGroups)
 117   {
 118     groups = colGroups;
 119   }
 120   @Override
 121   public boolean hasGroups()
 122   {
 123     return groups!=null;
 124   }
 125   @Override
 126   public List<BitSet> getGroups()
 127   {
 128     return groups;
 129   }
 130
 131   HashMap<BitSet,Color> colorMap = new HashMap<>();
 132   @Override
 133   public Color getColourForGroup(BitSet bs)
 134   {
 135     if (bs==null) {
 136       return Color.white;
 137     }
 138     Color groupCol=colorMap.get(bs);
 139     if (groupCol==null)
 140     {
 141       return Color.white;
 142     }
 143     return groupCol;
 144   }
 145   @Override
 146   public void setColorForGroup(BitSet bs,Color color)
 147   {
 148     colorMap.put(bs,color);
 149   }
 150   @Override
 151   protected double getElementAt(int _column, int i)
 152   {
 153     return Math.abs(_column-i);
 154   }
 155
 156   @Override
 157   protected SeqDistanceContactMatrix newMappableContactMatrix(
 158           SequenceI newRefSeq, MapList newFromMapList)
 159   {
 160
 161     return new SeqDistanceContactMatrix(width);
 162   }
 163 }