src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileReader;
  25 import java.io.Reader;
  26 import java.util.Vector;
  27
  28 import org.exolab.castor.mapping.Mapping;
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  30
  31 public class EmblFile
  32 {
  33   Vector entries;
  34
  35   Vector errors;
  36
  37   /**
  38    * @return the entries
  39    */
  40   public Vector getEntries()
  41   {
  42     return entries;
  43   }
  44
  45   /**
  46    * @param entries
  47    *          the entries to set
  48    */
  49   public void setEntries(Vector entries)
  50   {
  51     this.entries = entries;
  52   }
  53
  54   /**
  55    * @return the errors
  56    */
  57   public Vector getErrors()
  58   {
  59     return errors;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * @param errors
  64    *          the errors to set
  65    */
  66   public void setErrors(Vector errors)
  67   {
  68     this.errors = errors;
  69   }
  70
  71   /**
  72    * Parse an EmblXML file into an EmblFile object
  73    *
  74    * @param file
  75    * @return parsed EmblXML or null if exceptions were raised
  76    */
  77   public static EmblFile getEmblFile(File file)
  78   {
  79     if (file == null)
  80       return null;
  81     try
  82     {
  83       return EmblFile.getEmblFile(new FileReader(file));
  84     } catch (Exception e)
  85     {
  86       System.err.println("Exception whilst reading EMBLfile from " + file);
  87       e.printStackTrace(System.err);
  88     }
  89     return null;
  90   }
  91
  92   public static EmblFile getEmblFile(Reader file)
  93   {
  94     EmblFile record = new EmblFile();
  95     try
  96     {
  97       // 1. Load the mapping information from the file
  98       Mapping map = new Mapping(record.getClass().getClassLoader());
  99       java.net.URL url = record.getClass().getResource("/embl_mapping.xml");
 100       map.loadMapping(url);
 101
 102       // 2. Unmarshal the data
 103       Unmarshaller unmar = new Unmarshaller(record);
 104       try
 105       {
 106         // uncomment to DEBUG EMBLFile reading
 107         if (((String) jalview.bin.Cache.getDefault(
 108                 jalview.bin.Cache.CASTORLOGLEVEL, "debug"))
 109                 .equalsIgnoreCase("DEBUG"))
 110           unmar.setDebug(jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled());
 111       } catch (Exception e)
 112       {
 113       }
 114       ;
 115       unmar.setIgnoreExtraElements(true);
 116       unmar.setMapping(map);
 117
 118       record = (EmblFile) unmar.unmarshal(file);
 119     } catch (Exception e)
 120     {
 121       e.printStackTrace(System.err);
 122       record = null;
 123     }
 124
 125     return record;
 126   }
 127
 128   public static void main(String args[])
 129   {
 130     File mf = null;
 131     if (args.length == 1)
 132     {
 133       mf = new File(args[0]);
 134     }
 135     if (!mf.exists())
 136     {
 137       mf = new File(
 138               "C:\\Documents and Settings\\JimP\\workspace-3.2\\Jalview Release\\schemas\\embleRecordV1.1.xml");
 139     }
 140     EmblFile myfile = EmblFile.getEmblFile(mf);
 141     if (myfile != null && myfile.entries != null
 142             && myfile.entries.size() > 0)
 143       System.out.println(myfile.entries.size() + " Records read. (" + mf
 144               + ")");
 145   }
 146 }