src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraXManager.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.util.List;
  24
  25 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  26 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  27
  28 /**
  29  * A class to help Jalview start, stop and send commands to ChimeraX.
  30  * <p>
  31  * Much of the functionality is common with Chimera, so for convenience we
  32  * extend ChimeraManager, however note this class is <em>not</em> based on the
  33  * Cytoscape class at
  34  * {@code https://github.com/RBVI/structureVizX/blob/master/src/main/java/edu/ucsf/rbvi/structureVizX/internal/model/ChimeraManager.java}.
  35  *
  36  * @author gmcarstairs
  37  *
  38  */
  39 public class ChimeraXManager extends ChimeraManager
  40 {
  41
  42   public ChimeraXManager(StructureManager structureManager)
  43   {
  44     super(structureManager);
  45   }
  46
  47   public boolean isChimeraX()
  48   {
  49     return true;
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Returns "POST" as the HTTP request method to use for REST service calls to
  54    * ChimeraX
  55    *
  56    * @return
  57    */
  58   protected String getHttpRequestMethod()
  59   {
  60     return "GET";
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Adds command-line arguments to start the REST server
  65    */
  66   protected void addLaunchArguments(List<String> args)
  67   {
  68     args.add("--cmd");
  69     args.add("remote rest start");
  70   }
  71
  72 }