src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.LinkedHashMap;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  38 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  39 import jalview.bin.Console;
  40 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  41 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  42 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  46 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  47 import jalview.io.DataSourceType;
  48 import jalview.structure.AtomSpec;
  49 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  50 import jalview.structure.StructureCommand;
  51 import jalview.structure.StructureCommandI;
  52 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  53 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  54
  55 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  56 {
  57   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  58
  59   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  60
  61   /*
  62    * Object through which we talk to Chimera
  63    */
  64   private ChimeraManager chimeraManager;
  65
  66   /*
  67    * Object which listens to Chimera notifications
  68    */
  69   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  70
  71   /*
  72    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  73    */
  74   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  75
  76   String lastHighlightCommand;
  77
  78   /**
  79    * Returns a model of the structure positions described by the Chimera format
  80    * atomspec
  81    *
  82    * @param atomSpec
  83    * @return
  84    */
  85   protected AtomSpec parseAtomSpec(String atomSpec)
  86   {
  87     return AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  92    *
  93    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't
  94    * reopen it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  95    *
  96    * @param pe
  97    * @return
  98    */
  99   public boolean openFile(PDBEntry pe)
 100   {
 101     String file = pe.getFile();
 102     try
 103     {
 104       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 105       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 106       boolean alreadyOpen = false;
 107
 108       /*
 109        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 110        */
 111       for (ChimeraModel open : oldList)
 112       {
 113         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 114         {
 115           alreadyOpen = true;
 116           modelsToMap.add(open);
 117         }
 118       }
 119
 120       /*
 121        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 122        * the model name(s) added by Chimera.
 123        */
 124       if (!alreadyOpen)
 125       {
 126         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 127         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 128       }
 129
 130       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 131
 132       if (getSsm() != null)
 133       {
 134         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 135       }
 136       return true;
 137     } catch (Exception q)
 138     {
 139       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 140               + q.toString());
 141       q.printStackTrace();
 142     }
 143     return false;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 148    * name matching PDB id
 149    *
 150    * @param pe
 151    * @param modelsToMap
 152    */
 153   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 154           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 155   {
 156     /*
 157      * Chimera: query for actual models and find the one with
 158      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 159      */
 160     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 161     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 162     for (ChimeraModel cm : newList)
 163     {
 164       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 165       {
 166         modelsToMap.add(cm);
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Constructor
 173    *
 174    * @param ssm
 175    * @param pdbentry
 176    * @param sequenceIs
 177    * @param protocol
 178    */
 179   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 180           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 181           DataSourceType protocol)
 182   {
 183     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 184     boolean chimeraX = ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType());
 185     chimeraManager = chimeraX
 186             ? new ChimeraXManager(new StructureManager(true))
 187             : new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 188     setStructureCommands(
 189             chimeraX ? new ChimeraXCommands() : new ChimeraCommands());
 190   }
 191
 192   @Override
 193   protected ViewerType getViewerType()
 194   {
 195     return ViewerType.CHIMERA;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell
 200    * it to start listening
 201    */
 202   public void startChimeraListener()
 203   {
 204     try
 205     {
 206       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 207       startListening(chimeraListener.getUri());
 208     } catch (BindException e)
 209     {
 210       System.err.println(
 211               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 212     }
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 217    * Chimera window.
 218    */
 219   @Override
 220   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 221   {
 222     super.closeViewer(closeChimera);
 223     if (this.chimeraListener != null)
 224     {
 225       chimeraListener.shutdown();
 226       chimeraListener = null;
 227     }
 228
 229     /*
 230      * the following call is added to avoid a stack trace error in Chimera
 231      * after "stop really" is sent; Chimera > 1.14 will not need it; see also
 232      * http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/17597
 233      */
 234     if (closeChimera && (getViewerType() == ViewerType.CHIMERA))
 235     {
 236       chimeraManager.getChimeraProcess().destroy();
 237     }
 238
 239     chimeraManager.clearOnChimeraExit();
 240     chimeraManager = null;
 241   }
 242
 243   /**
 244    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 245    * <ul>
 246    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 247    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 248    * <ul>
 249    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 250    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 251    * future if there is a need to select specific sub-models.
 252    *
 253    * @param pdbfnum
 254    * @return
 255    */
 256   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 257   {
 258     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 259     {
 260       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 261     }
 262
 263     /*
 264      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 265      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 266      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 267      * ChimeraManager.getModelList().
 268      */
 269     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 270     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 271     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 272   }
 273
 274   /**
 275    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 276    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 277    * running, else false.
 278    *
 279    * @return
 280    */
 281   public boolean launchChimera()
 282   {
 283     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 284     {
 285       return true;
 286     }
 287
 288     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 289     if (launched)
 290     {
 291       startExternalViewerMonitor(chimeraManager.getChimeraProcess());
 292     }
 293     else
 294     {
 295       log("Failed to launch Chimera!");
 296     }
 297     return launched;
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 302    *
 303    * @return
 304    */
 305   protected List<String> getChimeraPaths()
 306   {
 307     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 308   }
 309
 310   /**
 311    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 312    * started.
 313    *
 314    * @return
 315    */
 316   @Override
 317   public boolean isViewerRunning()
 318   {
 319     return chimeraManager != null && chimeraManager.isChimeraLaunched();
 320   }
 321
 322   /**
 323    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 324    *
 325    * @param command
 326    * @param getResponse
 327    */
 328   @Override
 329   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 330           boolean getResponse)
 331   {
 332     if (chimeraManager == null || command == null)
 333     {
 334       // ? thread running after viewer shut down
 335       return null;
 336     }
 337     List<String> reply = null;
 338     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 339     String cmd = command.getCommand().trim();
 340     List<String> lastReply = chimeraManager.sendChimeraCommand(cmd,
 341             getResponse);
 342     if (getResponse)
 343     {
 344       reply = lastReply;
 345       if (Console.isDebugEnabled())
 346       {
 347         Console.debug(
 348                 "Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 349       }
 350     }
 351     else
 352     {
 353       if (Console.isDebugEnabled())
 354       {
 355         Console.debug("Command executed: " + cmd);
 356       }
 357     }
 358
 359     return reply;
 360   }
 361
 362   @Override
 363   public synchronized String[] getStructureFiles()
 364   {
 365     if (chimeraManager == null)
 366     {
 367       return new String[0];
 368     }
 369
 370     return chimeraMaps.keySet()
 371             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do
 376    * this by sending an "rlabel" command to show the residue label at that
 377    * position.
 378    */
 379   @Override
 380   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 381   {
 382     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 383     {
 384       return;
 385     }
 386
 387     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 388     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 389     boolean first = true;
 390     boolean found = false;
 391
 392     for (AtomSpec atom : atoms)
 393     {
 394       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 395       String chain = atom.getChain();
 396       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 397       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 398       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 399       {
 400         if (first)
 401         {
 402           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 403         }
 404         else
 405         {
 406           cmd.append(",");
 407         }
 408         first = false;
 409         if (forChimeraX)
 410         {
 411           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber()).append("/").append(chain)
 412                   .append(":").append(pdbResNum);
 413         }
 414         else
 415         {
 416           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber()).append(":")
 417                   .append(pdbResNum);
 418           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 419           {
 420             cmd.append(".").append(chain);
 421           }
 422         }
 423         found = true;
 424       }
 425     }
 426     String command = cmd.toString();
 427
 428     /*
 429      * avoid repeated commands for the same residue
 430      */
 431     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 432     {
 433       return;
 434     }
 435     if (!found)
 436     {
 437       // not a valid residue label command, so clear
 438       cmd.setLength(0);
 439     }
 440     /*
 441      * prepend with command
 442      * to unshow the label for the previous residue
 443      */
 444     if (lastHighlightCommand != null)
 445     {
 446       cmd.insert(0, ";");
 447       cmd.insert(0, lastHighlightCommand);
 448       cmd.insert(0, "~");
 449
 450     }
 451     if (cmd.length() > 0)
 452     {
 453       executeCommand(true, null, new StructureCommand(cmd.toString()));
 454     }
 455
 456     if (found)
 457     {
 458       this.lastHighlightCommand = command;
 459     }
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 464    */
 465   public void highlightChimeraSelection()
 466   {
 467     /*
 468      * Ask Chimera for its current selection
 469      */
 470     StructureCommandI command = getCommandGenerator().getSelectedResidues();
 471
 472     Runnable action = new Runnable()
 473     {
 474       @Override
 475       public void run()
 476       {
 477         List<String> chimeraReply = executeCommand(command, true);
 478
 479         List<String> selectedResidues = new ArrayList<>();
 480         if (chimeraReply != null)
 481         {
 482           /*
 483            * expect 0, 1 or more lines of the format either
 484            * Chimera:
 485            * residue id #0:43.A type GLY
 486            * ChimeraX:
 487            * residue id /A:89 name THR index 88
 488            * We are only interested in the atomspec (third token of the reply)
 489            */
 490           for (String inputLine : chimeraReply)
 491           {
 492             String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 493             if (inputLineParts.length >= 5)
 494             {
 495               selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 496             }
 497           }
 498         }
 499
 500         /*
 501          * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 502          * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 503          */
 504         List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 505                 selectedResidues);
 506
 507         /*
 508          * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 509          * selections)
 510          */
 511         getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 512
 513       }
 514     };
 515     new Thread(action).start();
 516   }
 517
 518   /**
 519    * Converts a list of Chimera(X) atomspecs to a list of AtomSpec representing
 520    * the corresponding residues (if any) in Jalview
 521    *
 522    * @param structureSelection
 523    * @return
 524    */
 525   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 526           List<String> structureSelection)
 527   {
 528     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 529     for (String atomSpec : structureSelection)
 530     {
 531       try
 532       {
 533         AtomSpec spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 534         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 535         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 536         atomSpecs.add(spec);
 537       } catch (IllegalArgumentException e)
 538       {
 539         Console.error("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 540       }
 541     }
 542     return atomSpecs;
 543   }
 544
 545   /**
 546    * @param modelId
 547    * @return
 548    */
 549   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 550   {
 551     /*
 552      * Work out the pdbfilename from the model number
 553      */
 554     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 555     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 556     {
 557       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 558       {
 559         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 560         {
 561           pdbfilename = pdbfile;
 562           break findfileloop;
 563         }
 564       }
 565     }
 566     return pdbfilename;
 567   }
 568
 569   private void log(String message)
 570   {
 571     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 576    * features visible in Jalview.
 577    * <p>
 578    * The syntax is: setattr r &lt;attName&gt; &lt;attValue&gt; &lt;atomSpec&gt;
 579    * <p>
 580    * For example: setattr r jv_chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 581    *
 582    * @param avp
 583    * @return
 584    */
 585   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 586   {
 587     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 588
 589     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 590             avp);
 591     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 592             .setAttributes(featureValues);
 593     if (commands.size() > 10)
 594     {
 595       sendCommandsByFile(commands);
 596     }
 597     else
 598     {
 599       executeCommands(commands, false, null);
 600     }
 601     return commands.size();
 602   }
 603
 604   /**
 605    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open
 606    * the file as a commands script. For use when sending a large number of
 607    * separate commands would overload the REST interface mechanism.
 608    *
 609    * @param commands
 610    */
 611   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 612   {
 613     try
 614     {
 615       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 616       tmp.deleteOnExit();
 617       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 618       for (StructureCommandI command : commands)
 619       {
 620         out.println(command.getCommand());
 621       }
 622       out.flush();
 623       out.close();
 624       String path = tmp.getAbsolutePath();
 625       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 626               .openCommandFile(path);
 627       executeCommand(false, null, command);
 628     } catch (IOException e)
 629     {
 630       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 631               + e.getMessage());
 632     }
 633   }
 634
 635   /**
 636    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 637    * the structure viewer
 638    *
 639    * @return
 640    */
 641   protected String getCommandFileExtension()
 642   {
 643     return ".com";
 644   }
 645
 646   /**
 647    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 648    * residues.
 649    *
 650    * <pre>
 651    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 652    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 653    * or
 654    *     residue id #0:6.A isHelix None
 655    * </pre>
 656    *
 657    * @param attName
 658    * @param residues
 659    * @return the number of features added
 660    */
 661   protected int createFeaturesForAttributes(String attName,
 662           List<String> residues)
 663   {
 664     int featuresAdded = 0;
 665     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 666
 667     for (String residue : residues)
 668     {
 669       AtomSpec spec = null;
 670       String[] tokens = residue.split(" ");
 671       if (tokens.length < 5)
 672       {
 673         continue;
 674       }
 675       String atomSpec = tokens[2];
 676       String attValue = tokens[4];
 677
 678       /*
 679        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 680        */
 681       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 682               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 683       {
 684         continue;
 685       }
 686
 687       try
 688       {
 689         spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 690       } catch (IllegalArgumentException e)
 691       {
 692         Console.error("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 693         continue;
 694       }
 695
 696       String chainId = spec.getChain();
 697       String description = attValue;
 698       float score = Float.NaN;
 699       try
 700       {
 701         score = Float.valueOf(attValue);
 702         description = chainId;
 703       } catch (NumberFormatException e)
 704       {
 705         // was not a float value
 706       }
 707
 708       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 709       spec.setPdbFile(pdbFile);
 710
 711       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 712
 713       /*
 714        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 715        */
 716       SearchResultsI sr = getSsm()
 717               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 718
 719       /*
 720        * expect one matched alignment position, or none
 721        * (if the structure position is not mapped)
 722        */
 723       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 724       {
 725         SequenceI seq = m.getSequence();
 726         int start = m.getStart();
 727         int end = m.getEnd();
 728         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 729                 start, end, score, featureGroup);
 730         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 731         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 732         if (seq.addSequenceFeature(sf))
 733         {
 734           featuresAdded++;
 735         }
 736       }
 737     }
 738     return featuresAdded;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 743    * Chimera attributes
 744    *
 745    * @return
 746    */
 747   protected String getViewerFeatureGroup()
 748   {
 749     // todo pull up to interface
 750     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 751   }
 752
 753   @Override
 754   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 755   {
 756     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 757     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 758     {
 759       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 760     }
 761     return "";
 762   }
 763
 764   /**
 765    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 766    * any which were added from Jalview
 767    *
 768    * @return
 769    */
 770   public List<String> getChimeraAttributes()
 771   {
 772     List<String> attributes = new ArrayList<>();
 773     StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 774             .listResidueAttributes();
 775     final List<String> reply = executeCommand(command, true);
 776     if (reply != null)
 777     {
 778       for (String inputLine : reply)
 779       {
 780         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 781         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 782         {
 783           String attName = lineParts[1];
 784           /*
 785            * exclude attributes added from Jalview
 786            */
 787           if (!attName.startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 788           {
 789             attributes.add(attName);
 790           }
 791         }
 792       }
 793     }
 794     return attributes;
 795   }
 796
 797   /**
 798    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 799    *
 800    * @return
 801    */
 802   @Override
 803   public String getSessionFileExtension()
 804   {
 805     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 806   }
 807
 808   @Override
 809   public String getHelpURL()
 810   {
 811     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 812   }
 813 }