src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.util.regex.Pattern;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.datatransfer.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.awt.geom.AffineTransform;
  28 import java.awt.image.*;
  29 import javax.swing.*;
  30
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.io.*;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 /**
  36  * DOCUMENT ME!
  37  *
  38  * @author $author$
  39  * @version $Revision$
  40  */
  41 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  42         MouseMotionListener, ActionListener
  43 {
  44   static String TOGGLE_LABELSCALE = "Scale Label to Column";
  45
  46   static String ADDNEW = "Add New Row";
  47
  48   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  49
  50   static String HIDE = "Hide This Row";
  51
  52   static String DELETE = "Delete This Row";
  53
  54   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  55
  56   static String OUTPUT_TEXT = "Export Annotation";
  57
  58   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  59
  60   boolean resizePanel = false;
  61
  62   Image image;
  63
  64   AlignmentPanel ap;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean resizing = false;
  69
  70   MouseEvent dragEvent;
  71
  72   int oldY;
  73
  74   int selectedRow;
  75
  76   int scrollOffset = 0;
  77
  78   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  79
  80   private boolean hasHiddenRows;
  81
  82   /**
  83    * Creates a new AnnotationLabels object.
  84    *
  85    * @param ap
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    */
  88   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  89   {
  90     this.ap = ap;
  91     av = ap.av;
  92     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  93
  94     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
  95     Image temp = null;
  96
  97     if (url != null)
  98     {
  99       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 100     }
 101
 102     try
 103     {
 104       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 105       mt.addImage(temp, 0);
 106       mt.waitForID(0);
 107     } catch (Exception ex)
 108     {
 109     }
 110
 111     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 112             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 113     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 114     g.rotate(Math.toRadians(90));
 115     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 116     image = (Image) bi;
 117
 118     addMouseListener(this);
 119     addMouseMotionListener(this);
 120     addMouseWheelListener(ap.annotationPanel);
 121   }
 122
 123   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 124   {
 125     this.av = av;
 126   }
 127
 128   /**
 129    * DOCUMENT ME!
 130    *
 131    * @param y
 132    *          DOCUMENT ME!
 133    */
 134   public void setScrollOffset(int y)
 135   {
 136     scrollOffset = y;
 137     repaint();
 138   }
 139
 140   /**
 141    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 142    * y
 143    *
 144    * @param y
 145    *          coordinate position to search for a row
 146    */
 147   void getSelectedRow(int y)
 148   {
 149     int height = 0;
 150     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 151             .getAlignmentAnnotation();
 152     selectedRow = -2;
 153     if (aa != null)
 154     {
 155       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 156       {
 157         selectedRow = -1;
 158         if (!aa[i].visible)
 159         {
 160           continue;
 161         }
 162
 163         height += aa[i].height;
 164
 165         if (y < height)
 166         {
 167           selectedRow = i;
 168
 169           break;
 170         }
 171       }
 172     }
 173   }
 174
 175   /**
 176    * DOCUMENT ME!
 177    *
 178    * @param evt
 179    *          DOCUMENT ME!
 180    */
 181   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 182   {
 183     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 184             .getAlignmentAnnotation();
 185
 186     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 187     {
 188       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 189               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 190
 191       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 192       {
 193         return;
 194       }
 195
 196       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 197       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 198     }
 199     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 200     {
 201       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 202       repaint();
 203     }
 204     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 205     {
 206       aa[selectedRow].visible = false;
 207     }
 208     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 209     {
 210       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 211     }
 212     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 213     {
 214       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 215       {
 216         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 217         {
 218           aa[i].visible = true;
 219         }
 220       }
 221     }
 222     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 223     {
 224       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 225               new AlignmentAnnotation[]
 226               { aa[selectedRow] }, null, null);
 227     }
 228     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 229     {
 230       SequenceI cons = null;
 231       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 232       {
 233         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 234       }
 235       else
 236       {
 237         cons = av.getConsensusSeq();
 238       }
 239       if (cons != null)
 240       {
 241         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 242       }
 243
 244     }
 245     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 246     {
 247       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 248     }
 249
 250     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 251     ap.addNotify();
 252     ap.repaint();
 253     // validate();
 254     // ap.paintAlignment(true);
 255   }
 256
 257   /**
 258    * DOCUMENT ME!
 259    *
 260    * @param e
 261    *          DOCUMENT ME!
 262    */
 263   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 264   {
 265     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 266             annotation.description, "       Annotation Name ",
 267             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 268             ap.alignFrame);
 269
 270     if (!dialog.accept)
 271     {
 272       return false;
 273     }
 274
 275     annotation.label = dialog.getName();
 276
 277     String text = dialog.getDescription();
 278     if (text != null && text.length() == 0)
 279     {
 280       text = null;
 281     }
 282     annotation.description = text;
 283
 284     return true;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * DOCUMENT ME!
 289    *
 290    * @param evt
 291    *          DOCUMENT ME!
 292    */
 293   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 294   {
 295     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 296     oldY = evt.getY();
 297   }
 298
 299   /**
 300    * DOCUMENT ME!
 301    *
 302    * @param evt
 303    *          DOCUMENT ME!
 304    */
 305   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 306   {
 307     int start = selectedRow;
 308     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 309     int end = selectedRow;
 310
 311     if (start != end)
 312     {
 313       // Swap these annotations
 314       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 315               .getAlignmentAnnotation()[start];
 316       if (end == -1)
 317       {
 318         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 319       }
 320       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 321               .getAlignmentAnnotation()[end];
 322
 323       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 324       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 325     }
 326
 327     resizePanel = false;
 328     dragEvent = null;
 329     repaint();
 330     ap.annotationPanel.repaint();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * DOCUMENT ME!
 335    *
 336    * @param evt
 337    *          DOCUMENT ME!
 338    */
 339   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 340   {
 341     if (evt.getY() < 10)
 342     {
 343       resizePanel = true;
 344       repaint();
 345     }
 346   }
 347
 348   /**
 349    * DOCUMENT ME!
 350    *
 351    * @param evt
 352    *          DOCUMENT ME!
 353    */
 354   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 355   {
 356     if (dragEvent == null)
 357     {
 358       resizePanel = false;
 359       repaint();
 360     }
 361   }
 362
 363   /**
 364    * DOCUMENT ME!
 365    *
 366    * @param evt
 367    *          DOCUMENT ME!
 368    */
 369   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 370   {
 371     dragEvent = evt;
 372
 373     if (resizePanel)
 374     {
 375       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 376       int dif = evt.getY() - oldY;
 377
 378       dif /= ap.av.charHeight;
 379       dif *= ap.av.charHeight;
 380
 381       if ((d.height - dif) > 20)
 382       {
 383         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 384                 d.height - dif));
 385         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 386         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 387                 d.width, d.height - dif));
 388         ap.paintAlignment(true);
 389       }
 390
 391       ap.addNotify();
 392     }
 393     else
 394     {
 395       repaint();
 396     }
 397   }
 398
 399   /**
 400    * DOCUMENT ME!
 401    *
 402    * @param evt
 403    *          DOCUMENT ME!
 404    */
 405   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 406   {
 407     resizePanel = evt.getY() < 10;
 408
 409     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 410
 411     if (selectedRow > -1
 412             && ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 413     {
 414       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment()
 415               .getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 416
 417       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 418       if (aa.description != null
 419               && !aa.description.equals("New description"))
 420       {
 421         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 422         // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 423         // tooltips
 424         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 425         // check to see if the description is an html fragment.
 426         if (desc.length() < 6
 427                 || (desc.substring(0, 6).toLowerCase().indexOf("<html>") < 0))
 428         {
 429           // clean the description ready for embedding in html
 430           desc = new StringBuffer(Pattern.compile("<").matcher(desc)
 431                   .replaceAll("&lt;"));
 432           desc.insert(0, "<html>");
 433         }
 434         else
 435         {
 436           // remove terminating html if any
 437           int i = desc.substring(desc.length() - 7).toLowerCase()
 438                   .lastIndexOf("</html>");
 439           if (i > -1)
 440           {
 441             desc.setLength(desc.length() - 7 + i);
 442           }
 443         }
 444         if (aa.hasScore())
 445         {
 446           desc.append("<br/>");
 447         }
 448
 449       }
 450       else
 451       {
 452         // begin the tooltip's html fragment
 453         desc.append("<html>");
 454       }
 455       if (aa.hasScore())
 456       {
 457         // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise doubles
 458         // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 459         desc.append(" Score: " + aa.score);
 460       }
 461
 462       if (desc.length() > 6)
 463       {
 464         desc.append("</html>");
 465         this.setToolTipText(desc.toString());
 466       }
 467       else
 468         this.setToolTipText(null);
 469     }
 470
 471   }
 472
 473   /**
 474    * DOCUMENT ME!
 475    *
 476    * @param evt
 477    *          DOCUMENT ME!
 478    */
 479   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 480   {
 481     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 482             .getAlignmentAnnotation();
 483     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 484     {
 485       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 486       {
 487         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 488         {
 489           if (evt.getClickCount() >= 2)
 490           {
 491             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 492             // click highlights/scrolls, second selects
 493             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 494             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 495             aa[selectedRow].groupRef); // );
 496             ap.paintAlignment(false);
 497             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 498             ap.av.sendSelection();
 499           }
 500           else
 501           {
 502             ap.seqPanel.ap.idPanel
 503                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 504                             .getSequences(null));
 505           }
 506           return;
 507         }
 508         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 509         {
 510           Vector sr = new Vector();
 511           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 512           if (evt.getClickCount() == 1)
 513           {
 514             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 515           }
 516           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 517           {
 518             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 519             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 520             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 521             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 522             ap.av.sendSelection();
 523             ap.paintAlignment(false);
 524             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 525           }
 526
 527         }
 528       }
 529     }
 530     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 531     {
 532       return;
 533     }
 534
 535     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(MessageManager.getString("label.annotations"));
 536     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 537     item.addActionListener(this);
 538     pop.add(item);
 539     if (selectedRow < 0)
 540     {
 541       if (hasHiddenRows)
 542       { // let the user make everything visible again
 543         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 544         item.addActionListener(this);
 545         pop.add(item);
 546       }
 547       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 548       return;
 549     }
 550     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 551     item.addActionListener(this);
 552     pop.add(item);
 553     item = new JMenuItem(HIDE);
 554     item.addActionListener(this);
 555     pop.add(item);
 556     item = new JMenuItem(DELETE);
 557     item.addActionListener(this);
 558     pop.add(item);
 559     if (hasHiddenRows)
 560     {
 561       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 562       item.addActionListener(this);
 563       pop.add(item);
 564     }
 565     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 566     item.addActionListener(this);
 567     pop.add(item);
 568     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 569     // property methods
 570     if (selectedRow < aa.length)
 571     {
 572       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 573       {
 574         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 575         {
 576           // display formatting settings for this row.
 577           pop.addSeparator();
 578           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 579           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 580                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 581           item.addActionListener(this);
 582           pop.add(item);
 583         }
 584       }
 585       else if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 586       {
 587         pop.addSeparator();
 588         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 589         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 590                 "Ignore Gaps In Consensus",
 591                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 592                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 593                         .getIgnoreGapsConsensus());
 594         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 595         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 596         {
 597           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 598           {
 599             if (aaa.groupRef != null)
 600             {
 601               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 602               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 603               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 604             }
 605             else
 606             {
 607               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 608             }
 609           }
 610         });
 611         pop.add(cbmi);
 612         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 613         if (aaa.groupRef != null)
 614         {
 615           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 616                   "Show Group Histogram",
 617                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 618           chist.addActionListener(new ActionListener()
 619           {
 620             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 621             {
 622               // TODO: pass on reference
 623               // to ap
 624               // so the
 625               // view
 626               // can be
 627               // updated.
 628               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 629               ap.repaint();
 630               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 631             }
 632           });
 633           pop.add(chist);
 634           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 635                   "Show Group Logo",
 636                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 637           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 638           {
 639             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 640             {
 641               // TODO: pass on reference
 642               // to ap
 643               // so the
 644               // view
 645               // can be
 646               // updated.
 647               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 648               ap.repaint();
 649               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 650             }
 651           });
 652           pop.add(cprofl);
 653           final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 654                   "Normalise Group Logo",
 655                   aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 656           cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 657           {
 658             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 659             {
 660
 661               // TODO: pass on reference
 662               // to ap
 663               // so the
 664               // view
 665               // can be
 666               // updated.
 667               aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 668               // automatically enable logo display if we're clicked
 669               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 670               ap.repaint();
 671               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 672             }
 673           });
 674           pop.add(cproflnorm);
 675         }
 676         else
 677         {
 678           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 679                   "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 680           chist.addActionListener(new ActionListener()
 681           {
 682             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 683             {
 684               // TODO: pass on reference
 685               // to ap
 686               // so the
 687               // view
 688               // can be
 689               // updated.
 690               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 691               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 692               ap.repaint();
 693               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 694             }
 695           });
 696           pop.add(chist);
 697           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 698                   "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 699           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 700           {
 701             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 702             {
 703               // TODO: pass on reference
 704               // to ap
 705               // so the
 706               // view
 707               // can be
 708               // updated.
 709               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 710               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 711               ap.repaint();
 712               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 713             }
 714           });
 715           pop.add(cprof);
 716           final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 717                   "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 718           cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 719           {
 720             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 721             {
 722               // TODO: pass on reference
 723               // to ap
 724               // so the
 725               // view
 726               // can be
 727               // updated.
 728               av.setShowSequenceLogo(true);
 729               av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 730               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 731               ap.repaint();
 732               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 733             }
 734           });
 735           pop.add(cprofnorm);
 736         }
 737         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 738         consclipbrd.addActionListener(this);
 739         pop.add(consclipbrd);
 740       }
 741     }
 742     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 743   }
 744
 745   /**
 746    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 747    *
 748    * @param sq
 749    *          sequence to be copied to clipboard
 750    */
 751   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 752   {
 753     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 754     { sq };
 755     String[] omitHidden = null;
 756     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 757     { sq.getDatasetSequence() };
 758     if (dseqs[0] == null)
 759     {
 760       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 761       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 762               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 763
 764       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 765     }
 766     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 767     if (av.hasHiddenColumns())
 768     {
 769       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 770               sq.getLength(), seqs);
 771     }
 772
 773     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 774             omitHidden);
 775
 776     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 777             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 778
 779     Vector hiddenColumns = null;
 780     if (av.hasHiddenColumns())
 781     {
 782       hiddenColumns = new Vector();
 783       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 784       {
 785         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 786                 .elementAt(i);
 787
 788         hiddenColumns.addElement(new int[]
 789         { region[0], region[1] });
 790       }
 791     }
 792
 793     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 794     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 795         // sequence as special.
 796         hiddenColumns };
 797   }
 798
 799   /**
 800    * DOCUMENT ME!
 801    *
 802    * @param g1
 803    *          DOCUMENT ME!
 804    */
 805   public void paintComponent(Graphics g)
 806   {
 807
 808     int width = getWidth();
 809     if (width == 0)
 810     {
 811       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 812     }
 813
 814     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 815     if (av.antiAlias)
 816     {
 817       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 818               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 819     }
 820
 821     drawComponent(g2, true, width);
 822
 823   }
 824
 825   /**
 826    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given cursor
 827    *
 828    * @param g Graphics2D instance (needed for font scaling)
 829    * @param width Width for scaling labels
 830    *
 831    */
 832   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 833   {
 834     drawComponent(g, false, width);
 835   }
 836
 837   private final boolean debugRedraw = false;
 838   /**
 839    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given cursor
 840    *
 841    * @param g Graphics2D instance (needed for font scaling)
 842    * @param clip - true indicates that only current visible area needs to be rendered
 843    * @param width Width for scaling labels
 844    */
 845   public void drawComponent(Graphics g, boolean clip, int width)
 846   {
 847     if (av.getFont().getSize() < 10)
 848     {
 849       g.setFont(font);
 850     }
 851     else
 852     {
 853       g.setFont(av.getFont());
 854     }
 855
 856     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 857     g.setColor(Color.white);
 858     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 859
 860     g.translate(0, scrollOffset);
 861     g.setColor(Color.black);
 862
 863     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 864     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 865     int y = 0;
 866     int x = 0;
 867     int graphExtras = 0;
 868     int offset = 0;
 869     Font baseFont = g.getFont();
 870     FontMetrics baseMetrics = fm;
 871     int ofontH = fontHeight;
 872     int sOffset=0;
 873     int visHeight = 0;
 874     int[] visr = (ap!=null && ap.annotationPanel!=null) ? ap.annotationPanel.getVisibleVRange() : null;
 875     if (clip && visr!=null){
 876       sOffset = visr[0];
 877       visHeight = visr[1];
 878     }
 879     boolean visible = true,before=false,after=false;
 880     if (aa != null)
 881     {
 882       hasHiddenRows = false;
 883       int olY=0;
 884       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 885       {
 886         visible = true;
 887         if (!aa[i].visible)
 888         {
 889           hasHiddenRows = true;
 890           continue;
 891         }
 892         olY=y;
 893         y += aa[i].height;
 894         if (clip) {if (y<sOffset)
 895         {
 896           if (!before)
 897           {
 898             if (debugRedraw) {
 899               System.out.println("before vis: "+i);
 900             }
 901           before=true;
 902           }
 903           // don't draw what isn't visible
 904           continue;
 905         }
 906         if (olY>visHeight)
 907         {
 908
 909           if (!after)
 910           {
 911             if (debugRedraw) {
 912               System.out.println("Scroll offset: "+sOffset+" after vis: "+i);
 913             }
 914           after=true;
 915           }
 916           // don't draw what isn't visible
 917           continue;
 918         }}
 919         g.setColor(Color.black);
 920
 921         offset = -aa[i].height / 2;
 922
 923         if (aa[i].hasText)
 924         {
 925           offset += fm.getHeight() / 2;
 926           offset -= fm.getDescent();
 927         }
 928         else
 929           offset += fm.getDescent();
 930
 931         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 932
 933         if (aa[i].graphGroup > -1)
 934         {
 935           int groupSize = 0;
 936           // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is computed efficiently for all visible labels
 937           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 938           {
 939             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 940             {
 941               groupSize++;
 942             }
 943           }
 944           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
 945           {
 946             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 947           }
 948           else
 949           {
 950             // scale font to fit
 951             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
 952             if (h < 9)
 953             {
 954               visible = false;
 955             }
 956             else
 957             {
 958               fontHeight = -8 + (int) h;
 959               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
 960               Font f = baseFont.deriveFont(AffineTransform
 961                       .getScaleInstance(s, s));
 962               g.setFont(f);
 963               fm = g.getFontMetrics();
 964               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 965             }
 966           }
 967           if (visible)
 968           {
 969             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 970             {
 971               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 972               {
 973                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
 974                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
 975
 976                 if (aa[gg]._linecolour != null)
 977                 {
 978
 979                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
 980                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
 981                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras
 982                                   + 3);
 983                 }
 984
 985                 g.setColor(Color.black);
 986                 graphExtras += fontHeight + 8;
 987               }
 988             }
 989           }
 990           g.setFont(baseFont);
 991           fm = baseMetrics;
 992           fontHeight = ofontH;
 993         }
 994         else
 995         {
 996           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 997         }
 998       }
 999     }
1000
1001     if (resizePanel)
1002     {
1003       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
1004     }
1005     else if (dragEvent != null && aa != null)
1006     {
1007       g.setColor(Color.lightGray);
1008       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
1009               dragEvent.getY() - scrollOffset);
1010     }
1011
1012     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
1013     {
1014       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
1015       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2, 18);
1016     }
1017   }
1018 }